问题 请问老师NCBI和Pfam数据库查找基因家族保守结构域相关信息的问题。

我选择了一个基因在NCBI上面搜索，得到了对应的基因，identity conserved domain 得到  点击进去得到的跟您那个NB-ARC的例子不一样 显示这样的，我搜索的domain 是一个超家族的成员，那么再进去是这个超家族的pfam号，这个号可以用...

文章 lightPDF——在线PDF工具箱

...简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...

文章 RDA CCA 分析Hellinger转化问题

关于物种组成数据Hellinger的转化 一般而言，对于物种组成数据较少使用PCA这种线性模型去做，PCoA或NMDS等是比较推荐的。 如果仍要使用PCA的话，事实上，并不是说物种多度数据一定要作转化才行。如果物种多度数据比较均匀，...

问题 非模式物种数据库做GO KEGG注释，生成的pep文件为空。

我做的物种是水貂，一个非模式物种，有参考基因组。 按照课程中和的指示，下载了基因组信息（ensembel）。在进行GO 和KEGG注释时，使用蛋白序列作为基因代表序列用于同源注释出错，如下。 gff3文件内容： pep.all.fa文件内...

文章 TCGA数据中如何区分样本是癌症还是癌旁

...rived Xenograft Tissue    XCL99sample type 99  99SH 如果您对TCGA数据挖掘感兴趣，请学习我的TCGA系列课程： 《TCGA-生存分析》《TCGA-基因差异表达分析》《TCGA-转录因子调控》《TCGA-ceRNA调控网络分析》

文章 蛋白定量-Maxquant软件输出结果说明

... 结果解读 1.如果参数中路径没有额外设置，那么在原始数据同级目录下会得到搜库结果：其中，mqpar.xml是所有参数配置文件，若二次搜库，可直接导入MaxQuant中，无需重复设置。所以，一般建议保留下来，这样也可对结果的设...

文章 拟南芥叶单细胞分析流程

数据介绍：拟南芥叶处理DC3000和对照control两个样本： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE213622 数据下载 这里我们下载圆圈2的数据 wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE213nnn/GSE213622/suppl/GSE213622%5Fcoaker%5Fatpst%5Fsin...

文章 箱线图与分面--ggplot2

加载相应的R包与数据设置 library('ggplot2')########################画图library('reshape2')########################meltlibrary('grid') ########################分面A =rep( c("A","B","C","D"),each=2)B = c(6.332968,9.368328,6.674348,4.127901,5.192845,6.652865,7.829350,6.995062)C = c(5.3...

问题 请问从http://firebrowse.org/?cohort=BRCA&download_dialog=true 下载的甲基化数据，里面的甲基化探针cg号转换为基因名？

请问从http://firebrowse.org/?cohort=BRCA&download_dialog=true 下载的甲基化数据，里面的甲基化探针cg号转换为基因名？

文章 启动子序列提取-EPD真核生物启动子数据库！

...但是对于生信小白来说就难上青天了；不过还有一些在线数据库是可供我们查找提取启动子序列之用，常见的比如NCBI，ensembl，UCSC 等等；但小编觉得那些都不怎么好用，上周我们其实给大家分享过一个非常好用的植物启动子分...

文章 Linux下判断数值大小

...简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...

问题 你好老师，我想问下转录组数据，有五个不同的处理，每个处理3个重复，一共15个样本，可以做WGCNA吗？

问题 老师，我利用circos做基因共线性绘图时，第一步准备绘图数据文件时为什么生成的两个文件是空的？

问题 老师，我利用circos做基因共线性绘图时，第一步准备绘图数据文件时为什么生成的两个文件是空的？

问题 PASA组装转录本时候报错，既不能创建也不能删除数据库

DBD::mysql::db do failed: Can't drop database 'mydb_pasa'; database doesn't exist at /share/work/biosoft/PASApipeline/PASApipeline-v2.5.2/PerlLib/DB_connect.pm line 222. DBD::mysql::db do failed: Can't create database 'mydb_pasa'; database exists at /share/work/biosoft/PASApipeline/PASApipeline-v2....