找到约 15 条结果

问题 LD绘图

...时候，用的参数是 PopLDdecay -InVCF  $workdir/00.filter/Europe-snp-2.vcf.gz \         -SubPop  ${i}_popid.txt -MaxDist 100 -OutStat ${i}.stat     Plot_OnePop.pl -inFile ${i}.stat.gz -output ${i}.ld 数据是50k的山羊SNP芯片，位点有43000个snp,做出来的图如下：感觉...

文章 从docker file 导入docker

例如导入NCBI安装好的sratoolkit工具的docker镜像，免去安装的麻烦：https://github.com/ncbi/docker/tree/master/sra-toolkit   目前最新的版本2.10.4：https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software

问题 gVCF文件转换成VCF格式时，已经在后台运行了很久了，突然程序关闭了，报错信息显示：

16:11:06.922 INFO  GenotypeGVCFs - Shutting down engine [2023年12月4日 下午04时11分06秒] org.broadinstitute.hellbender.tools.walkers.GenotypeGVCFs done. Elapsed time: 2,326.36 minutes. Runtime.totalMemory()=19664470016 java.lang.IllegalStateException: No likelihood sum exceeded zero -- m...

问题 indel引物设计

...老师帮我解答： 1.fa文件需要这个物种的全基因组么？ 2。indel的vcf文件怎么获得的？我有一个excel的文件，里面有indel位置、序列啥的。可以直接用这个转换成vcff文件用么？我咋转换不了

问题 mapman秩和检验表格解读

...的P值？类似我们的p-value值吗，越低显著性越高，是吗？2、Elements这项数据，有的和图中的方块数是相同的，有的值又比方块数少？{方块是20个，Elements是13}，这是为啥？望指教，谢谢！！ 

问题 学习中遇见的问题

...正在学习生物信息这门课程，按照模型在银杏中提取到了200多个目的蛋白mega_id_pep.fa，下一步准备在目的蛋白质中提取motif的过程中，使用meme命令，设置请见图片，命令运行后就一直停在一个地方不动了，大概有2个多小时了，不...

问题 如何用荧光定量验证转录组结果

 问大家一个比较小白的问题，用荧光定量2-△△CT法验证转录组log2FoldChange值，合格的标准必须是倍数一样吗，还是大小趋势相同就可以 我验证了六个差异基因，请大神帮我解答一下，谢谢

文章 GEO数据库的搜索下载数据技巧

...术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。它创建于2000年，收录了世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据，也就是说只要是目前已经发表的论文，论文中涉及到的基因表达检测的数据都可以通过这个数据库中找到。 ...

文章 提取指定基因的fasta序列

...733_c6_g37TRINITY_DN116733_c6_g70TRINITY_DN95808_c0_g7TRINITY_DN104586_c1_g2TRINITY_DN108413_c2_g23TRINITY_DN37223_c0_g1TRINITY_DN107955_c0_g8TRINITY_DN117047_c0_g2TRINITY_DN78058_c0_g1 这里是脚本代码： die "perl $0 <id><fa><OUT>" unless(@ARGV==3); use Math::BigFloat; u...

文章 把正在运行的任务提交后台

...行的任务提交到后台运行： 1.首先把任务暂停 ctrl+z 2.然后bg指令挂起 这时如果直接退出终端任务依然会停掉，所以 3.使用disown命令将任务从终端的管理中解除： disown %1#%1是指解除第一个任务的管理，想要直接释放所有任...

问题 老师，您好！我是集美大学水产学院的博士研究生，目前主要研究方向为坛藻类的基因组选择与分子育种，近期重点关注多模型整合优化在产量性状改良中的应用。

...tion for growth and wood properties in multi-generation hybrid populations of Populus deltoides》一文，深受启发。您团队系统评估 14 种基因组选择模型（含 BLUP 类、贝叶斯类、机器学习等），并结合 GWAS 辅助标记筛选提升预测准确率的研究思路，...

问题 基因家族成员命名和定位

...）只有Protein ID，请问：（1）Gene name是怎么命名的呢？（2）文章中Locus ID 指的是我的结果中的gene ID 吗？（3）Scaffold的位置信息应该怎么查找呢？另外，请问老师这些表格中的信息是一个个粘贴过来的吗？

问题 利用snp找caps标记时出错

老师你好，我在使用如下命令 perl script/dcaps.pl -vcf E-P-chr8-out.snp -fa Chr08.fa -len 300 -od out -m 1000 2>out.log 出错，请问该怎么解决

文章 用cmd来启用软件，这样桌面就简约了

1、第一步先将软件添加到路径中 2、第二步，win+r,输入cmd,此处以QQ为例 下次直接打开这个就行了，不用点其他的了 3、在win+r界面可以经常使用小软件，如，calc等等。。。。

文章 Maxquant报错

在使用最新版本Maxquant（MaxQuant 2.4.3.0）进行蛋白质搜库的时候，点击开始之后，会弹出一个弹窗，如下： 提示.NET Core SDK需要更新。 .net core 3.1更新教程： 进入下载网址：https://dotnet.microsoft.com/zh-cn/download/dotnet/3.1 选择所需版...