...用肿瘤外显子体细胞检测分享的方法，用的工具流程参考GATK官方推荐的方法。 肿瘤数据及人类hg38参考基因组准备： 手头没有数据的可以使用GATK官网提供的示例数据，下载地址如下: https://console.cloud.google.com/storage/browser/gatk-be...
GEO数据库下载的表达矩阵转换成genesymbol时报错。perl脚本。请问perl脚本的问题出在哪？需要怎么修改。 脚本如下： use strict;use warnings;print STDERR "gene symbol column number: ";my $geneSymbolCol=<STDIN>;chomp($geneSymbolCol);$geneSymbolCol--;my $expF...
Python3 configparse模块（配置）： python 变量作用域问题（经典坑）：https://blog.csdn.net/sinat_41264944/article/details/81383469 Python中常见字符串去除空格的方法总结：https://www.cnblogs.com/fandx/p/9311755.html Python 读取写入配置文件 —— ConfigPars...
1.按照水稻的文章在Rice Resource Center获取了33个水稻的基因组文件 2.使用cat ../id.txt|while read ind;do ；agat_sp_keep_longest_isoform.pl --gff ./${ind}.gff.gz -o ./${ind}.longest_isoform.gff获取longest_isoform.gff发生报错
...法是被广泛应用的方法之一。 1.Scrum简介 Scrum是一个增量的、迭代的开发过程,名称来自英式橄榄球的争球。Scrum的整个开发周期包括若干个小的迭代周期,每个小的迭代周期称为一个冲刺(SPrint),每个冲刺的长度一般为2到4周...
perl $Bin/vcf2map.pl -i $vcf -P $p -M $m -Pd 10 -Md 10 -o pop.genotype.gz该命令运行后显示Can't open perl script "/work/scripts//vcf2map.pl": No such file or directory 切换到scripts中授权chmod a+x vcf2map.pl后再回到01.PrepareData运行上述命令还是不行 使用绝对路径 p...
...网发布了2019年度最佳科学图像Top10, 这10张图片见证了整个2019年科学界的重大的事件， 微观的、宏观的、绝美的、鲜艳的、勇敢的...... 每一张图片背后，都有深远的意义，一起来跟学霸姐姐瞅瞅? 1，黑洞 这个自然不必说，...
...原因，解决方法也很简单，在biolinux界面的最右上方有一个 "En" 的按钮，点一下选择第二个即可。这里是把英式键盘改为我们平时用的美式键盘。 此外，我们在网易云课堂上有各种教学视频，有兴趣可以了解一下： 1. 文章...
... TIR1/AFBs （生长素受体蛋白）是属于F-box 蛋白大家族中一个小亚家族 ，是生长素信号转导通路上游最为关键的信号分子之一，在调控作物生长过程中起着重要作用；今天就通过一篇2019年2月20日在线发表在genes（IF=3.191）上的文章...
请问老师在上课做26个玉米基因组的基因家族成员鉴定等分析时，用的是docker run -it -m 3G -v/home/us132/pan-gene-family:/work localhost/omicsclass/pan-gene-family:v1.0镜像，而做泛基因集列表时用的是docker run -it --rm --name pangene --group-add keep-groups -v ...
...加高灵敏的Blastp程序，对于发现远亲物种的相似蛋白或某个蛋白家族的新成员非常有效。当你使用标准的Blastp比对失败时，或比对的结果仅仅是一些假基因或推测的基因序列时（"hypothetical protein" or "similar to..."），你可以选择PSI-...
...到这里，小编能想到的方法也介绍完了，如果哪位读者有更好的方法不妨分享一下，大家共同学习进步，如有不到之处敬请各位见谅。 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简...
对于组装结果，常常会有一些GAP，我们需要用一代测序去填洞。这样就需要我们提取GAP左右的序列设计引物，这样可以用PCR把GAP扩增出来然后进行一代测序。往往GAP很多的时候手动设计引物就太麻烦了，这里我介绍一个批量查找...
...llet.GRASgene.uniq.list -fam GRAS ， 生成的PAV_gene.list 还是996个成员，Yugu1_T2T.genome每个基因单独一个编号，生成的Fam_gene.list也是，后面无法做结构变异与基因结构和保守结构域分析，麻烦老师帮忙看看哪里还有问题？谢谢！
之前在linux系统执行以下命令： ls file |xargs sed -i 's/\n//g' 然而却发现没有任何效果，百度之后发现 sed是按行处理文本数据的，每次处理一行数据后，都会在行尾自动添加trailing newline。 如果非要使用sed命令，实现替换file文本...