文章 Seqtk | 一个快速处理FASTA和TASTQ文件的工具

.../github.com/lh3/seqtk Seqtk工具命令： 操作举例： 01. 将FASTQ格式文件转换成FASTA格式； seqtk seq -a in.fq.gz > out.fa 02. 将FASTQ（Illumina 1.3+）格式文件转换成FASTA格式，并将质量低于20的碱基位点（base）转换成小写或N； seqtk seq -aQ64 -q...

文章 高分文章1

...org/10.1038/s41586-020-1969-6 02 2,658例癌症全基因组非编码体细胞驱动因素分析 文献：Analyses of non-coding somatic drivers in 2,658 cancer whole genomes 发表时间：2020.02 简介：分析了2,658个肿瘤基因组中非编码区的驱动点突变和结构变异。...

文章 快速了解转录调控家族的新贵-circRNAs

...加入注释信息，输出结果。 它的优点在于：1、采用了sam格式中的CIGAR值进行分析，从sam文件中扫描PCC信号。2、对于单外显子成环，或者“长外显子1-短外显子-长外显子2”形成的环形结构，CIRI可以很好的讲这两种情况分开。3、...

文章 dcaps标记设计软件——SNP_Primer_Pipeline

之前在做dcaps标记，开始只找到网站版的软件，后来发现一个不错的脚本软件——SNP_Primer_Pipeline 脚本代码：https://github.com/pinbo/SNP_Primer_Pipeline 利用其中的 getCAPS-with-user-input.py 可以同时做caps和dcaps标记引物设计，用法如下： p...

问题 单倍型报错

报错信息 分组格式 gff格式 vcf格式 表型格式 EVM0022117.recode.vcf 脚本如下： library(argparse) # 导入包# Add command line argumentsparser <- ArgumentParser(description='haplotype analysis plot')parser$add_argument( "-i", "--workdir", type="character",default=getwd(),...

问题 第一张图是geo直接下载的矩阵文件，是经校准的log数值，而在按照大讲堂标准化处理的课程，我标准化处理后形成的文件不是矩阵类型，而且每个基因的值是 “一串数字；个位数”的格式（如图二所示），请老师解释一下这种数值是什么意思，我应该如何转化成矩阵那样的数据呢？

文章 使用Copilot自动在Rstudio中写代码

...帮助你快速查找和理解相关信息。 Copilot 的激活使用 打开 Rstudio 的，Tools--->Global Options 下面就有 Copilot，再 ✔Enable Github Copilot--->Sign in 注意：这里需要有 github 账号，如果没有可以先注册 github 账号 之后会弹出网址，...

文章 将fasta序列多行变单行——使用 awk 或 seqkit 或 python

...下载的序列都是多行fasta序列，因此需要转换成单行fasta格式： 多行fasta文件例如test.fa： cat test.fa >seq1ATTAAAGGTTTATACCTTCCAATCTGTGTGGCTGTCACTCACACGAGTAACTCGTCTATC>seq2ATTAAAGGTTTATACCTTCCAATCTGTGTGGCTGTCACTC 方法一：使用awk加条件判断（比较...

文章 VIP-转录组数据鉴定病毒

...用转录组的测序方法。其实两者的思路差不多。以VIP这款软件为例。 VIP 是一个鉴定人类病毒的分析流程，主要支持两种分析模式： 1. 快速模式鉴定已知的病毒：这个模式是将转录组的测序数据与已知的病毒核酸序列进行比对...

文章 Putty修改配色方案

...搜索其他的配色方案。 使用的是修改注册表的方法。 1.打开注册表：运行——》regedit 2.找到对应的注册表文件，并导出：注册表地址 HKEY_CURRENT_USER\Software\SimonTatham\PuTTY\Sessions\ *可以看到putty的配置信息其实是存在注册表中...

文章 hmmer之hmmbuild用法

...列构建HMM模型； 使用hmmbuild构建HMM模型，输入为Stockholm格式或者FASTA格式的多重比对序列文件（如：tutorial/globins4.sto），命令如下： hmmbuild test.hmm test.fas，其中test.fas为多序列比对结果(ClustalW方法比对)，test.hmm则为产生的矩阵，...

文章 组学大讲堂云服务器conda环境配置：

...da 已经安装, 大家如果需要使用 conda 安装服务器上没有的软件可以运行以下命令配置一下： 1.添加conda命令到环境变量PATH中： echo 'export PATH=$PATH:/share/biosoft/conda/miniconda3/condabin/' >>~/.bashrc source ~/.bashrc #添加conda 生效 2.添...

问题 在01.phylo_tree ，文件格式转换这步，用您的docke或自安装 tassel-5 ，给vcf（23G)文件排序，排成tassel认可的序列，错误如下：Use -Xmx option in start_tassel.pl or start_tassel.batto increase heap size. Included with tassel standalone zip.

文章 SCP 安装成功的单细胞转录组 docker镜像使用 single-cell-v5

# 使用 seuratV4 .libPaths(c("/share/biosoft/R/Seurat4lib/", .libPaths()))library(Seurat)#library(velocyto.R)#library(SeuratWrappers)library(qs)# 加载 SCP之前设置python Sys.setenv(RETICULATE_AUTOCONFIGURE = "FALSE")library(reticulate)use_python("/share/biosoft/python/Python-v3.10.10/bin/p...

文章 推荐100个接收基因家族分析/泛基因家族分析文章的期刊，速领！

...的个性化分析，求人不如求己，一切痛点都能解决：1. 单细胞/空间转录组正在大火，高分文章必备，0基础学单细胞/空间转录组分析，做更牛的个性化分析，绘更漂亮的图，点这个链接：单细胞/空间转录组分析实操 2. 2区文章...