接上个问题：老师为啥基因组gff文件没有内含子序列呢？另外gene为啥和mRNA一样长啊，不应该gene更长吗？
手动提取gff文件长这样 TBtools长这样 ？？？
...，下载链接:https://cytoscape.org/download.html 我下载的cytoscape版本为3.10: 下载后解压安装发现如下报错： 怀疑是java版本的问题，使用cytoscape提供的环境自查脚本“windows.bat”，脚本这里下载： https://cytoscape.org/troubleshooting.html ...
gff3文件（如下图）里，ID，parent后面的序列登录号后缀不一样。是因为这个问题吗？一直不知道怎么解决。 用的命令是：perl ../script/get_gene_exon_from_gff.pl -in1 Carb_anhydrase_removed_redundant_and_confirmed_IDlist.txt -in2 ../Phaeodactylum_tricornutum.A...
...rror: 'NoneType'object has no attribute 'rownames' 解决办法，降低版本： rpy2 (3.5.10) and numpy (1.24.3)
...结果数据里一层一层筛选出关键的研究结果。转录组后续分析及实验无思路，无法完成整个科研闭环！ 解决以上两个问题，一是要真正读懂转录组结果，要知其然更要知其所以然；二是要多读文献，而且是好文献吆！为此，组...
...最前沿。 北京时间7月12日，张锋实验室在《Science》在线发表了一篇题为“A cytosine deaminase for programmable single-base RNA editing”的论文。文章表示：他们又开发出一种名为RESCUE的系统，可实现从C到U的RNA编辑。 同时，文...
.../lib64/R/etc/Makeconf:209: qs_functions.o] Err # 安装已知兼容的版本组合 install.packages("https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/stringfish/stringfish_0.16.0.tar.gz", repos = NULL) install.packages("https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/qs/qs_0.26.3.tar.gz", repos = ...
老师好，我正在进行PAV分析，公司帮我整理的这几个数据和shell中的数据对应不上，我应该怎么处理。具体问题如下：1.两个tsv文件有啥差异。2.shell中的26Pan-genes.list文件对应哪一个文件？是last.gene.pair文件，但是我看内容格...
报这个错误，不知道什么原因啊？
老师您好，我的VCF文件中，REF都是碱基序列，和课程的不一样，这是正常的吗，会影响后续分析吗？ 我的： 课程：
...59 注释信息的获取可以进行探针和基因的对应，方便后续分析。通过exprs()、pData()和fData()获得的数据都可以利用write.table等进行文件保存。 利用GDS Accession GDS数据同样可以利用getGEO()函数下载soft文件。例如GDS5881： > gds = getGE...
最近，有老师反应转录组分析结果中，有两个GO分析文件中同一GO term的基因数量不一样，如下图黄色部分所示： 这里来解释一下，第一个表是做差异表达基因GO分类时用到的统计结果，每个GO term 的基因数量都包含其子节点...
您好，我在做GWAS分析的时候，使用了MLM、FarmCPU和Blink三种模型，从QQ-plot图看，MLM拟合较好且膨胀系数为1.02，但FarmCPU和Blink都出现了较早的上偏，膨胀系数都大于1.2。我已经将PCA前5个主成分作为协变量进行群体结构校正了，请...
...bcftools merge合并的结果，缺失率太大，导致用plink进行pca分析时因缺失率太高无法进行，survivor merge 1000 1 1 0 0 50，合并后样本名减少，并且计算Fst为几个固定值。不知道要如何处理，希望能收到答复。谢谢