问题 老师，我的结构变异文件是5个梨品种，转录组数据中与sv相同的品系，只有3个，这个影响吗？

问题 文献给的下载基因组网站下载不了花生基因组数据，ensemble下载的信息又不全，咋整啊，老师?

问题 tassel导入表型数据和Q文件，一直报错格式有误

ERROR net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin - Problem loading file: /home/liuyunxiu/GWAS/intersection_data/sorted_shared.corrected.Q.   Error: Unrecognized format for a phenotype. [pool-2-thread-2] ERROR net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin - Problem loading file: /home/liuyunxiu/GWAS/...

问题 WGCNA计算MEdiss时报错

...生成了 但不知道为什么就是运行不下去 一直报错 换了数据格式也是报错的，不知道为什么，用自己的数据文件格式跟课堂给的数据格式对照过，没有问题，也把数据替换进示例文件中，都是这一步报错，运行不下去，请求老...

问题 请问老师基因家族表达量通过NCBI SRA数据库下载转录组需要下载三次重复分析吗？

一个样品三次重复，只用下载其中一个分析获得表达量，还是三个都下载获得平均表达量。

问题 老师你好，我想问一下亚基因家族没有pfam号的话，使用blastall，那比对率要设置多少合适呢？

...一下比对率，这个阈值设多少合适呢？或者有什么更好的筛选办法吗？谢谢

问题 构建自己的富集数据库报错

#sheep_data library(BiocManager) BiocManager::install('clusterProfiler') aBiocManager::install("AnnotationHub") BiocManager::install("biomaRt") library(AnnotationHub) library(biomaRt) hub <- AnnotationHub::AnnotationHub() query(hub, "Ovis") sheep<-hub[["AH85595"]] length(keys(sheep))...

问题 用TBtools做基因结构，使用他人电脑同样的数据能做出来，但我的电脑就是做不出来

...ols做基因结构，已更新到最新版本，使用他人电脑同样的数据能做出来，但我的电脑就是做不出来。请问各位老师应该怎么解决 7月 20, 2022 5:28:57 下午 biocjava.GUIexcutors.JIGplotToolkit.AmazingGeneViewGUIPanel$19$1 run 严重: null java.lang.NullPoi...

问题 16s分析导入数据遇到同样的问题，请问您解决了吗?

There was a problem importing /work/omicsclass/ampliseq-q2/qiime2_2022.8/data_2/manifest.ckd.txt:   /work/omicsclass/ampliseq-q2/qiime2_2022.8/data_2/manifest.ckd.txt is not a(n) PairedEndFastqManifestPhred33V2 file:   Filepath on line 3 and column "forward-absolute-filepath" could not be fo...

文章 AI助手帮我整理GEO数据库中样本信息表格

...作为得力助手，能够显著提高工作效率。接下来，我将以数据整理为例，和大家分享一些经验，希望能起到抛砖引玉的作用。 在生物信息学领域，从 GEO（Gene Expression Omnibus）数据库下载数据是常见操作。然而，一个普遍存在的...

文章 melt函数对数据进行整合

reshape2包melt函数对数据进行整合，比较常见的就是利用ggplot2包进行图片绘制的过程中往往需要对数据进行整合，melt()的使用方法如下：加载R包以及案例数据 library('reshape2') dat  type  sample1  sample2  sample1  sample21    A 6.33...

问题 在进行二代测序数据的nt比对时出现了以下报错请问应该怎么解决

Warning: [blastn] Examining 5 or more matches is recommended BLAST Database error: No alias or index file found for nucleotide database [/home/yuanqing/shili/dir/nt] in search path [/home/yuanqing/shili/jia::]

文章 年龄相关性黄斑变性AMD

...效率低下。但随着“基因组学”方法的应用,涌现的海量数据为我们提供了非常重要的研究平台,极大地提高了搜寻出某种疾病相关基因的效率。通过应用生物信息学技术,我们能够从这些大量数据中发掘出重要的信息,帮助我们阐...

文章 全外显子测序疾病相关基因变异位点过滤标准及参考文献

...因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...

问题 黄老师，用的你在github上的qtlseq，运用原始数据，从cleanreads开始运行qtlseq，出现以下错误，请问该如何解决

qtlseq是用conda安装的