问题 GWAS课程中LD分析使用示例数据一直做不出来，检查很久都没有解决问题，麻烦老师进行解答。

问题 请问一下你们在动植物比较基因组中准备数据中使用的代码脚本运用到哪个软件，具体操作是什么？？

问题 binning物种注释的时候，gtdbtk软件和数据包已经更新，旧版的匹配不上，请问应该怎么更新一下软件，谢谢

问题 老师，进行结构变异分析时得到了tsv数据，请问需要转变为vcf文件吗？如果需要的话如何转变呢？

问题 老师，我的结构变异文件是5个梨品种，转录组数据中与sv相同的品系，只有3个，这个影响吗？

问题 文献给的下载基因组网站下载不了花生基因组数据，ensemble下载的信息又不全，咋整啊，老师?

问题 tassel导入表型数据和Q文件，一直报错格式有误

ERROR net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin - Problem loading file: /home/liuyunxiu/GWAS/intersection_data/sorted_shared.corrected.Q.   Error: Unrecognized format for a phenotype. [pool-2-thread-2] ERROR net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin - Problem loading file: /home/liuyunxiu/GWAS/...

问题 请问老师基因家族表达量通过NCBI SRA数据库下载转录组需要下载三次重复分析吗？

一个样品三次重复，只用下载其中一个分析获得表达量，还是三个都下载获得平均表达量。

问题 WGCNA计算MEdiss时报错

...生成了 但不知道为什么就是运行不下去 一直报错 换了数据格式也是报错的，不知道为什么，用自己的数据文件格式跟课堂给的数据格式对照过，没有问题，也把数据替换进示例文件中，都是这一步报错，运行不下去，请求老...

文章 AI助手帮我整理GEO数据库中样本信息表格

...作为得力助手，能够显著提高工作效率。接下来，我将以数据整理为例，和大家分享一些经验，希望能起到抛砖引玉的作用。 在生物信息学领域，从 GEO（Gene Expression Omnibus）数据库下载数据是常见操作。然而，一个普遍存在的...

问题 构建自己的富集数据库报错

#sheep_data library(BiocManager) BiocManager::install('clusterProfiler') aBiocManager::install("AnnotationHub") BiocManager::install("biomaRt") library(AnnotationHub) library(biomaRt) hub <- AnnotationHub::AnnotationHub() query(hub, "Ovis") sheep<-hub[["AH85595"]] length(keys(sheep))...

问题 用TBtools做基因结构，使用他人电脑同样的数据能做出来，但我的电脑就是做不出来

...ols做基因结构，已更新到最新版本，使用他人电脑同样的数据能做出来，但我的电脑就是做不出来。请问各位老师应该怎么解决 7月 20, 2022 5:28:57 下午 biocjava.GUIexcutors.JIGplotToolkit.AmazingGeneViewGUIPanel$19$1 run 严重: null java.lang.NullPoi...

文章 melt函数对数据进行整合

reshape2包melt函数对数据进行整合，比较常见的就是利用ggplot2包进行图片绘制的过程中往往需要对数据进行整合，melt()的使用方法如下：加载R包以及案例数据 library('reshape2') dat  type  sample1  sample2  sample1  sample21    A 6.33...

问题 16s分析导入数据遇到同样的问题，请问您解决了吗?

There was a problem importing /work/omicsclass/ampliseq-q2/qiime2_2022.8/data_2/manifest.ckd.txt:   /work/omicsclass/ampliseq-q2/qiime2_2022.8/data_2/manifest.ckd.txt is not a(n) PairedEndFastqManifestPhred33V2 file:   Filepath on line 3 and column "forward-absolute-filepath" could not be fo...

文章 年龄相关性黄斑变性AMD

...效率低下。但随着“基因组学”方法的应用,涌现的海量数据为我们提供了非常重要的研究平台,极大地提高了搜寻出某种疾病相关基因的效率。通过应用生物信息学技术,我们能够从这些大量数据中发掘出重要的信息,帮助我们阐...