构建一致性序列方法如下： 1.将vcf文件压缩 bgzip -c raw.filtered.snp.vcf > raw.filtered.snp.vcf.gz 2.建立索引 tabix raw.filtered.snp.vcf.gz 3.构建一致性序列 bcftools consensus -f Ghirsutum_527_v2.0.fa raw.filtered.snp.vcf.gz > new.fa
图1：我的基因组fasta序列；图2：longest_isoform.gff3文件；图三：运行报错；出来的CDS文件是空的。我是用的omicsclass/gene-family:v1.0。请问老师，这是情况该怎么解决呢?
...是否可以去掉不好的基因（如缺失、无功能注释的）？ 2.分析时，是否需要补充某些基因的功能注释，以及它们对应的KEGG通路？ 3.多组韦恩比对时，差异基因少或共有基因太少，怎么才能保证其富集通路的准确性？
老师你好。我正在准备以下三个表 请问： 1. gene_Function.annotation.xls的格式必须和示例文件一致吗？有的数据库我没有注释结果。 2.all_gene_fpkm_for_deg.xls 这个文件是指所有的基因表达量吧。那All.DEG_final.xls文件是啥内容？
...utils.pl 过滤掉indel附近的snp,all.varFilter.vcf.gz是173.01GB，#0.2：vcftools的结果文件clean.vcf是101.63GB，最后LD过滤之后剩余2.94GB，感觉过滤之后小了很多很多，这个大小差异是正确的吗？
老师，我运行下方程序报错，信息如图所示，这是为啥？ #差异表达家族基因与转录因子的共表达分析和作图 Rscript ../scripts/ppi_network.r TF_fpkm.xls WRKY_deg_fpkm.xls meta.2.txt WRKY 0.01 0.9
...据格式往往是行为基因表达数据、列为样本信息（如下图20*6）： 确保安装和加载包之后，正确读取文件，获取数值矩阵即可进行绘图： library(pheatmap)mat=read.table("F:/mat.txt",header = T,row.names = 1,sep="\t",check.names = F)dim(mat)pheatma...
...材料处理间差异表达基因就有一两万个，差异基因并集有2.5万个，需要再怎么筛选一下？ 样品是8组，24个样，可以用8组来分析吗，还是要用24个样分析？
...录组数据到SRA或GEO，请问一般传哪个数据库？ 2. 转录组数据上传，是只上传测序数据，还是上传测序+组装，还是测序+组装+表达量等？ 3. 上传测序数据，是上传raw reads么？还是clean reads？
请问老师，公司给返回的SNP 结果里SNP 和indel是2个文件，merge.SNP.gz, merge.indel.gz，处理merged.SNP.gz的时候还需要运行过滤indel附近的snp这一步吗？我试了一下merge.SNP.gz过滤前39G， 过滤完了还剩22G了，不知道这个结果对不对
...么选择cds序列进行分析？而不是整个基因组序列分析？ 2..blast进行复制基因查找，得到的结果只是Tandem duplication ？基因家族加倍与复制（MCScanX分析）可以分析得到segmental duplication 和Tandem duplication？
...家可以通过这个选项来选择结果图中是否显示标签。 （2）但有时候明明图片显示基因ID，结果导出之后却缺失了标签。是因为切换成了HTML模式，取消模式选项，就可以成功显示基因ID了。
目前有两个基因在同一个物种内， 1.相似性在50%左右。 2.它们存在于不同的染色体上 3.共线性分析查看两个基因上下游的基因也没有重合。 4.在发育树上的拓扑结构是与其他近缘物种分别处在两个分支。（近缘物种也有这两...
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...303-0 193 LEFT 135 156 0 YES 22 58.685 45.455 0.0 0.0 3.16 0.0 tctcccttggtactcaacaact agttgttgagtaccaagggaga 8.849723 4.48 2.64 L1SNP-dCAPS-Hpy166II,68-gtnnac-303-0 193 RIGHT 327 ...