问题 k-means

老师，用R语言如何对转录组差异基因进行k-means聚类分析，出那种折线图。我在网上百度到的Tcseq包等都是时序的，我的数据是分样本不涉及时序，不知道该怎么做k-means分析的折线图，求助。

问题 老师好，有关blastall参数的问题！

老师您好，目前本人再做MCscan共线性分析，目前根据视频吧图做了出来，但是线条数量比较少，在之前除了建立索引就剩下这条命令了。因此想了解一下会不会这条语句blastall -i fuck.fa -d fuck.fa -e 1e-10 -p blastp -b 5 -v 5 -m 8 -o fuck.blast...

问题 (WGCNA) 已有基因模块分析结果，如何将其继续转换成可以用于cytoscape作图的文件？

...在各个样本中归一化的数值）。 其实就是WGCNA课程里将分析数据转换成cytoscape绘图文件之前的分析结果都以excel展示了，如何把这些excel结果继续转换成用于cytoscape绘图的文件？ 先谢过各位老师！ 我这些文件里没有基因-基因...

文章 计算Kaks时批量提取多对基因的序列

基因家族分析中，在计算kaks时需要将每组串联重复基因序列提取出，然后分别进行多序列比对。 我们给大家提供的脚本只能一对一对的提取序列，那数量少还可以，可如果串联重复基因太多就有些麻烦了。这里提供一个批量提...

问题 利用进化树分析Gblocks提取出保守结构后面如何进行进化树分析

这是我提取出来的结果，不知道接下来如何分析

问题 我想请教一下16s高级扩增子分析中的，微生物共存网络的问题，在“确定物种间存在相互作用关系的阈值，将相关性R矩阵内不符合的数据转换为0”这步中，按照视频中给的代码进行操作后报错，原因是矩阵中有缺失值，请问这个缺失值如何处理，把他如何赋值为0？

文章 GGEbioplot分析种质资源在不同环境下的丰产性与稳定性

...io) GGEBiplot(Ontario) GGE 双标图定义 GGE 的意思是在主成分分析时， 分解的是G+GbyE，然后根据PC1和PC2作双标图，称为GGE Biplot。 1. 几种不同类型的GGE双标图 1.1 基本图形1 单纯的将PC1和PC2投射到双标图中，标清楚品种和地点。 1...

文章 monocle3手动选取细胞发育轨迹分析

接之前分析： 1.玉米根热胁迫单细胞转录组复现 2.玉米根单细胞转录组细胞类型注释代码 3.热胁迫处理玉米根单细胞转录组差异基因分析 4.单细胞拟时序分析monocle2-代码 5.单细胞转录组拟时序-monocle3分析代码 monocle3相对于m...

问题 基因家族鉴定所用的基因ID与转录组基因ID不一致

老师您好，我做有参转录组的基因ID与现在做基因家族鉴定的基因ID不一致，后续做基因家族成员转录表达模式分析的时候如何将基因ID一致化？

文章 转录组扫盲系列--reads如何比对到参考基因组上？

...-组学生物翻译（点此链接观看）。 数据下机后就是数据分析，在整个分析流程中我觉得最重要的步骤就是reads比对参考基因组，了解比对过程对于了解转录组的大有裨益！今天我就给大家介绍下reads是如何比对到参考基因组的...

问题 基因家族分析 scaffold 基因可以删除吗

基因家族分析后，90个基因中有一个定位在scaffold上，这个基因可以删除吗？不删除的话后续染色体定位和共线性分析作图不好看

文章 R及R包的更新、移除、卸载

...包的更新、卸载和删除 一、更新R version #查看现有R版本install.packages("installr")library("installr")updateR() #安装并加载installr包，并调用里面的函数updateR() 二、更新R包 1.更新所有R包 如果用的是Rstudio，要更新library里所有...

问题 基因家族分析-基因家族成员鉴定

老师， 在NCBI-CDD中， 如果显示结构域不完整， 是否将这些基因去除？

问题 全基因组关联分析GWAS教程中的beagle填充问题

命令为： cd $workdir  #回到工作目录mkdir 06.imputecd 06.impute beagle -Xmx10g -Djava.io.tmpdir=$TMPDIR gt=$vcf out=all.impute impute=true window=10 nthreads=5 具体报错为： java.lang.IllegalArgumentException: Sample Line68 has an inconsistent number of alleles. The first genotype...

文章 DEG_limma.R 差异基因分析limma

使用方法: $Rscript DEG_limma.R -h usage: DEG_limma.R [-h] -e filepath -m filepath -t treatname --control CONTROL --case CASE [-f fdr] [-c fc] [-s size] [-a alpha] [-X x.lab] [-Y y.lab] [-T title] [-H height] [-W width] [-o path] [-p prefi...