文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-UM葡萄膜黑色素瘤(GSE139829)

数据介绍： 来自谷歌翻译： 葡萄膜黑色素瘤 (UM) 是一种高度转移性癌症，与皮肤黑色素瘤相比，它对检查点免疫疗法基本上没有反应。在这项研究中，我们使用来自 8 个原发性样本和 3 个转移性样本的 59,915 个肿瘤和非肿瘤细...

文章 iTOL绘制好看的系统发育树

...字体等常规编辑，更能导入不同的注释信息，展示更多的数据信息。iTOL网站地址：http://itol.embl.de/login.cgi iTOL使用方法 使用iTOL需要先注册，然后就可以登录。 之后导入进化树文件，如MEGA软件生成的Newick文件，Sample project中...

问题 请问一下做WGCNA时，出现这种问题如何解决呢？用的是课程的数据

traitColors = numbers2colors(datTraits, signed = FALSE) Warning message: In numbers2colors(datTraits, signed = FALSE) : (some columns in) 'x' are constant. Their color will be the color of NA. > # Plot the sample dendrogram and the colors underneath.

问题 甲基化数据注释表看不懂怎么办？ 如何理解每一列对应的生物学含义？提前感谢！

这是下载下来的表格！

问题 使用RNA-seq有参转录组课程提供的demo数据，进行参考基因组索引建立后与老师得到的结果不一致

如题，使用RNA-seq有参转录组课程提供的demo数据，进行参考基因组索引建立后与老师得到的结果不一致，请问是什么原因？我得到的没有5和6，而且1和2是空文件。

文章 STRING蛋白互作网络图绘制及子网络分析

...PTEN相关的差异基因（lncRNA、mRNA、miRNA），接着通过各种数据库来分析预测基因之间的相互作用来构建ceRNA网络。 互作网络的绘制 为了使大家能更简便快捷地绘制出精美的互作图，这里我们给大家提供一个绘制网络图的R脚本...

文章 单细胞转录组数据标准化：

...序深度的归一化，从而促进更相似的细胞间比较。然而，数据需要进一步缩放，以稳定基因表达水平和方差之间的关系。ScaleData 采用简单的基因水平居中和缩放，这意味着每个基因的均值中心为零，表达值按标准差缩放。生成...

问题 tassel导入表型数据和Q文件，一直报错格式有误

ERROR net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin - Problem loading file: /home/liuyunxiu/GWAS/intersection_data/sorted_shared.corrected.Q.   Error: Unrecognized format for a phenotype. [pool-2-thread-2] ERROR net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin - Problem loading file: /home/liuyunxiu/GWAS/...

问题 基因组数据版本更新导致无法根据旧的蛋白ID或基因locus提取相应序列，如何解决？

...该蛋白进行blastp， 由于文献是2015年的， 根据文献补充数据给出的蛋白ID和locus号（下图左），已经无法匹配现有的蛋白序列文件（下图右）了，老版本蛋白序列文件已经删除，只剩cds和gff文件。 新版本的基因和蛋白ID命名与...

问题 请问老师，9个g 的重测序数据能不能用自己电脑的linux 系统进行分析啊，进行snp 变异检测！！！

问题 你好，老师，能用R语言软件分析GEO数据库中关于lncRNA、microRNA及DNA甲基化表达芯片吗？

问题 【NCBI传数据aspera】老师请教一下，在Mac的终端里，这段命令没有反应，也想不到解决办法了。

问题 hisat2软件做转录组数据比对时出现的一个报错，百思不得其解，求各位大佬帮忙看下

问题 用tassel软件输入的表型数据是质量性状时输入格式是和数量性状一样吗？用0和1进行赋值

问题 老师，我看您之前分享过一个HGMD数据库的下载链接，但是现在似乎失效了，请问能再次分享一下吗？