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问题 测序文件中提取基因序列

从公共数据库中的下载的二代基因组测序文件（双端测序：.fastq_1，.fastq_2文件），下载后多个样本后，如何从这些测序文件中提取特定某个基因序列信息进行后续分析特异性分析。

文章 linux 编码转换

...件 将内容转换成16进制： :%!xxd 转换回来： :%!xxd -r  2. iconv  # 将UTF-8编码的wx.txt文件转换为GB2312编码的test01.txticonv -f UTF-8 -t GB2312 wx.txt -o test01.txt

文章 无法访问zenodo

...均无法访问zenodo网站 解决方法： 1. 找到ip：188.185.79.172 查询ip的网址：站长工具 - 站长之家 (chinaz.com) 2. 进入C:\WINDOWS\system32\drivers\etc，修改host权限 3、打开hosts文件并加入zenodo的ip地址，保存 4、打开命令行cmd，刷新DNS w...

文章 Rocky 9.1电脑安装

1.开机，按DEL键进入BIOS 2.点启动菜单，选择USB启动，注意选择第一个，不要用最后一个，否则安装会一直报错。 3.安装Rochy9.1，这里直接回车安装即可，不需要删除多余字符。 4.之后就是正常设置安装系统了，可参考R...

文章 让AI帮你处理数据，绘制图表！让你强到可怕！

...充分利用时代红利来辅助我们的研究。今天要给大家推荐2场超实用的直播小课-《让AI帮你绘图》和《让AI帮你处理数据》（限时优惠仅需0.99元），课程围绕 AI等人工智能在多组学数据分析中的强大应用展开，帮你轻松搞定多个...

文章 R语言按列合并文件，并保持其中一个文件的原有顺序

...data.frame(name=c("小亮","小欣","小明","小红"),english=c(95,77,59,42)) 用merge()函数将两个数据框合并，最终生成结果顺序发生了变化，且无论math和english顺序是否变化，得到的是一样的结果 c <- merge(math,english)c name math english 1 小亮 64 ...

问题 fastq文件前面的预处理

fastq_1 fastq_2 这是不是就一定要吧剪辑比列较乱的地方都切去？ _1是不是反了，要整过来呀？

问题 TCGAbiolinks下载“Copy Number Variation”在提取矩阵时报错（在下载miRNA和甲基化数据时也遇到这个问题）， expdat变量不是SummarizedExperiment这个类型，导致assay(expdat)不能提取，请问怎么解决

...rix=assay(expdat)Error in (function (classes, fdef, mtable)  :   unable to find an inherited method for function ‘assay’ for signature ‘"spec_tbl_df", "missing"’

问题 泛基因家族分析

...应该怎么处理。具体问题如下：1.两个tsv文件有啥差异。2.shell中的26Pan-genes.list文件对应哪一个文件？是last.gene.pair文件，但是我看内容格式都不大一样。

问题 如何进行go的注释和富集

老师，新年好！ 我想知道有什么简便的方法（我不会R   本地blast） 1、如何用线上blastp  进行swissprot注释？ 2、如何查找一批基因的GI号？

问题 swissport功能注释

...，进行nr注释，可以比对到近缘物种的叶绿体上（见下图2），但是将整条contig拿出来做nr注释，就得没有该叶绿体基因的注释信息（见下图3）。那么，该怎么合理的解释这种现象呢？

问题 轨迹分析出现killed报错

运行代码 Rscript $scripts/cell_trajectory_monocle2.r -g mycelltype \   -i subset.Mesophyll.qs -p monocle2 \   --order.gene.select.method monocle  --heatmap.gene 20 \   --heatmap.clusters 4 出现killed，代码运行不了

文章 利用Hiplot网站进行热图绘制

...分组信息的颜色，用于区分不同的样本组。 --颜色画板2：设置基因分类信息的颜色，用于区分不同的基因组。 --字体：设置热图里文字及数字的字体。 --图片导出：常用导出格式为pdf、png、jpeg、pptx。 --宽度/高度：设置输出...

文章 GWAS与遗传进化中的一些名词解释

...象而导致得到 SNP 可以用来解释用筷子吃饭的习惯的结论[2]。 Single nucleotide polymorphism （SNP）单核苷酸多态性：在基因组中特定位置发生的单核苷酸（即A，C，G或T）变异。SNP 通常以两种不同的形式存在（例如，A与T）。这些不同...

文章 三分钟让你理解什么是敏捷开发，这才是敏捷开发......

...础，也是需要与涉及项目团队成员沟通需求的基础。 1.2 项目启动会 在立项会上顺利从老板那里获得资源后，项目可以真正开始启动了，这时就需要召开一个项目启动会，将项目涉及的各个团队召集到一起，给大家讲一...