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文章 2024最新版《基因家族分析实操》直播培训开始报名了！

...乏该类文章。 目前来看，基因家族分析加qPCR+亚细胞定位实验基本就可以发到二区期刊，如果有更多的功能验证实验比如转基因等，那就可以冲一区文章了。 这也充分说明基因家族分析仍是性价比最高的发文思路！ 当...

文章 UbuntuLinux系统环境变量配置

...登录时，你看到的提示信息，比如日期、时间信息的显示格式与系统环境的LANG是相关的，缺省LANG=en_US，如果系统环境LANG=zh_CN，则提示信息是中文的，否则是英文的。  对于用户的SHELL初始化而言是先执行/etc/profile, 再读取文件/...

文章 GEO、TCGA多数据库联合挖掘胰腺导管腺癌预后关键基因

...富集分析，结果如下图所示，GO分析结果显示有丝分裂、细胞分裂显著富集，KEGG分析结果显示细胞周期最为显著(见下图）。 基于GSE62165数据库数据进行GSEA分析，同样发现细胞周期、DNA复制、错配修复等显著富集（见下图）。 ...

文章 转录本组装软件StringTie的使用说明

...] [-h] {-B | -b <dir_path>}   选项:     --version : 输出软件的版本信息     -G 参考序列的基因注释文件 (GTF/GFF3)     -l 输出转录本的名称前缀 (default: STRG)     -f 最少转录本的比例 (default: 0.1)     -m 组装转录本的最小长度 ...

文章 jcvi微共线区域(Microsynteny)可视化

...区块信息的block文件包含绘图参数的layout.csv文件 bed文件格式：(各列对应信息如下) block文件格式：每一列为各物种的同源基因ID(最佳匹配，通过compara 参数--iter=1指定)，点表示该同源基因在物种中没有被注释到，可以通过该文...

文章 施一公：如何提高英文的科研写作能力

...晚8点左右开始写、通宵，第二天早晨10点完成一篇按照《细胞》杂志格式的论文，包括abstract, introduction, results, discussion,仔细阅读一遍后于下午4点半完成网上投稿。这篇文章最终发表在12月份《自然》的子刊《结构与分子生物学...

文章 转录组扫盲篇

转录组（transcriptome）广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的集合，包括信使RNA、核糖体RNA、转运RNA、非编码RNA以及小RNA等，不过咱们常说的转录组或者RNA-seq，一般是指狭义上的“转录组”，即指在某一生理条件下所...

文章 cytoscape-cytoHubba插件的安装与使用

...ps-App Manager，点击install from file 找到cytoHubba的存放路径，打开之后就安装好了 3.cytoHubba插件使用 打开cytoscape导入网络之后，在Apps点击cytoHubba 1、首先选择左边的cytoHubba进入工作页面 2、选target network择待分析的网络 3、点击cal...

文章 200+篇基因家族分析文献免费领取！

...个性化分析，求人不如求己，一切痛点都能解决： 1. 单细胞/空间转录组正在大火，高分文章必备，0基础学单细胞/空间转录组分析，做更牛的个性化分析，绘更漂亮的图，点这个链接：单细胞/空间转录组分析实操  2. 2区文章...

文章 samtools使用

...；最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam（默认的）格式。 bam文件优点：bam文件为二进制文件，占用的磁盘空间比sam文本文件小；利用bam二进制文件的运算速度快。 view命令中，对sam文件头部（序列ID）的输入(-t或-T）和输...

问题 大家好，我在安装完cytospace软件和Java后，点一下之后总报错，javax.imageio.IIOException: Can't read input file!请问一下这是什么原因

javax.imageio.IIOException: Can't read input file! at javax.imageio.ImageIO.read(Unknown Source) at org.cytoscape.launcher.internal.Launcher.showSplashPanel(Launcher.java:87) at org.cytoscape.launcher.internal.Launcher.main(Launcher.java:56) at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native...

文章 序列比对Muscle和ClustalW的区别

...scle和align by clustalW两种方法，那它们有什么区别，使用时怎么选择呢？ClustalW的基本原理是首先做序列的两两比对，根据该两两比对计算两两距离矩阵，是一种经典的比对方法，使用范围也比较广泛。Muscle的功能仅限于多序列比...

文章 RIP实验技术

...内蛋白与RNA互作的重要技术。该技术先用甲醛等试剂交联细胞内的“蛋白-RNA”互作复合物，裂解细胞后，用靶蛋白特异的抗体（或标签抗体）做免疫沉淀，获得“靶蛋白-RNA”互作复合物，去交联分离其中的RNA；针对预测的靶蛋...

文章 100个接收基因家族分析类论文的期刊汇总！速领！

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文章 R语言包安装方法，设置国内镜像加快安装速度

...stall("DESeq2")# 3. 安装 GitHub 包（自动识别 "用户名/仓库名" 格式）pak::pkg_install("tidyverse/ggplot2")R 包源码安装，依赖的包需要自己手动下载源码安装：R CMD INSTALL mypackage.tar.gz或者在R终端：>install.packages("/path/to/mypackage.tar.gz", repos = N...