...变结果（MAF）的oncoplot（瀑布图）。瀑布图可直观展示多个维度的数据，对于组学突变分析结果的展示比较有优势，肿瘤相关的文章使用这种图也十分常见。 比如2021年发表在Mol Ther Nucleic Acids上的文章《m6A-related lncRNAs are potential...
...子光学图谱（Bionano）和高密度遗传图谱等技术构建了一个高质量的威宁黑麦基因组精细物理图谱。构建的威宁黑麦基因组大小为7.74 Gb，scaffold N50达到了1.04 Gb，并将93.67%的序列挂载到了7条染色体上，下图是使用crocs工具绘制的7...
...定基因家族成员时，如果此类基因家族的典型结构域有2个比如说A,B，我看文献上已鉴定出来的此类家族一般成员同时含A，B;或者含A;或者B就说明是属于这个基因家族的，但是鉴定的时候有时候会出现A，B，C这种情况应该怎么办...
...nc 列为 exonic 或 exonic;splicing 时，该列才有结果。按照每个转录本进行注释（例如，NADK:NM_001198995:exon10:c.1240_1241insAGG:p.G414delinsEG，其中，NADK 表示该变异所在的基因名称，NM_001198995 表示该变异所在的转录本 ID，exon10 表示该变异...
...可以用intersect 并集可以用union 譬如针对A,B两个向量： > A=LETTERS[1:10]> B=LETTERS[5:15]##交集 > intersect(A,B)[1] "E" "F" "G" "H" "I" "J" ##并集 > union(A,B) [1] "A" "B" "C" "D" "E" "F" "G" "H" "I" "J" "K" "L" "M" "N" "O" 这两个函...
使用方法: $Rscript scripts/corr_network.r -h usage: scripts/corr_network.r [-h] -g GENE_DATA -p P_DATA -r R_DATA [-P P_VALUE] [-R R_VALUE] [-H HEIGHT] [-W WIDTH] [-o OUTDIR] [-f PREFIX] Network diagram of correlation：https://www.omi...
...-T -o gtf文件 1.2. 构建注释库，前缀保持一致 # 用 gtfToGenePred 工具将 GTF file 转换 GenePred filegtfToGenePred -genePredExt gtf文件 库前缀_refGene.txt# 用retrieve_seq_from_fasta.pl生成 transcript FASTA fileretrieve_seq_from_fasta.pl --format refGene --seqfile fa --outfi...
...有患者在样本采集前均签署了知情同意书。总共使用了 4 个癌旁组织（N）、4 个早期甲状腺癌（乳头状甲状腺癌）样本、4 个局部晚期甲状腺癌样本和 4 个间变性甲状腺癌样本进行空间转录组学分析。4 个癌旁组织样本中的 3 个...
...菌，取未处理的作为对照组（CK），对照组和处理组各三个生物学重复。 02/研究方法 作者主要采用了三种实验技术：第一种是蛋白质组学分析（iTRAQ）；第二种是显微镜检测（明视野显微镜和荧光显微镜）；第三种是酶活检测...
...[输入文件...] 其中每个[选项]所代表的意思如下： -e script: 允许直接在命令行中提供编辑脚本。-f script-file: 从指定的文件中读取编辑脚本。-n: 仅打印经过sed处理的行，而不打印原始文件中的未修改行。-i: 直接修改文件内容，...
Kaplan-Meier法是现如今生信分析最常用的方法之一，先通过计算出活过一定时期的患者再活过下一时期的概率（即生存概率），然后将逐个生存概率相乘，得到相应时段的生存率。基于这一方法，绘制出KM生存曲线能够直观展现分...
老师我在做KEGG富集分析的时候，用了459个下调的差异基因进行富集，结果得到的通路P值都＞0.05，老师这种情况会发生吗？原因是什么，我要怎么样调整参数才能得到p值小于0.05的通路？
...价值，目前广泛分布于亚洲、大洋洲和美洲，存在2000多个种，而在中国有超过7000年的驯化历史。目前对莲的研究集中于产量及观赏价值，对其种群历史以及与灭绝和适应相关的进化问题研究很少。 2022年武汉大学生命科学学院...
... print(p) 而由结果图片明显能知道shape有效的映射，仅6个，前六个因子有效，而之后的因子并不能出现其他shape（对应因子“0”、“1”，“2”...而不是数字0、1、2...） 故在进行数据整理的过程中需要注意基于shape进行映射对...
...和John T. Curtis的名字命名的主要基于OTUs的计数统计比较两个群落微生物的组成差异。与unifrac距离包含的信息完全不一样相比于jaccard距离Bray-Curtis则包含了OTUs丰度信息。其中S_(A,i)和S_(B,i)表示第i个OTU分别在A群落和B群落中的计数...