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文章 Shell字符串截取(非常详细)

...如果想从字符串左边开始计数,那么截取字符串具体格式如下: ${string: start :length} 其中,string 是要截取字符串,start 是起始位置(从左边开始,从 0 开始计数),length 是要截取长度(省略话表示直到字符串末尾...

问题 老师,我想问下您知道有什么软件可以把ped格式转换fasta(了使用自己序列数据),再进行后续建树工作呢?

我用PGDspider,转换后是这个样子,如果设置序列放在一行,又会导致相同ID有两条序列现象,导致比对不成功,您有什么建议吗?

文章 mcscanX基因组内共线分析输出结果解读

mcscanX可以分析基因组内共线性,分析详情见:mcscanX安装与使用;会输出很多文件,这里给大家解释一下,方便从结果文件中找到想要信息: 1.T.tandem  基因组内所有串联重复基因对 2.T.collinearity  基因组内所有共线性...

文章 计算串联重复基因KaKs时候,aln文件一定要通过脚本转换axt文件么?这两种文件格式是否可以直接通过修改扩展名来实现?

    最近有关计算KaKs输入文件,有人提出了问题:是不是可以通过修改后缀名称aln变axt来改变文件,变成软件可识别格式?     答案是不可以,因aln文件跟axt文件格式是不一样,因此只能通过命令转化。    ...

文章 论文重复部分如何自动修改?!

...免费次数基本已经够用了。 Plagiarisma主界面如下,主要功能均已文字标注: Plagiarisma最常用功能是Check Plagiarism、Article Rewriter、Grammar Check这三个功能,下面重点介绍一下。 1. Check Plagiarism 如上图,查重时可以在文本框输入...

文章 SNP检测Massarray法怎么样?中高通量大样本适用吗?

...体活检、传染性疾病等各个领域。 检测原理 massarray法基于基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术(Matrix Assisted Laser Desorption /Ionization-Time of Flight, MALDI-TOF),该技术完美地整合了PCR技术高灵敏度、芯片技术高通量和质谱技...

文章 RDA CCA 分析

...含标准全因子RDA: tb-RDA(Transformation-basedredundancy analysis,基于转化冗余分析) 偏RDA(Partial canonical ordination,偏冗余分析) db-RDA(Distance-basedredundancy analysis,基于距离冗余分析)(CAP) 非线性RDA等多种模式。 实际数据分析中,...

文章 字节跳动核心竞争力到底是什么?

...成度。 2.逐渐成项目或者领域Owner 完成日常业务代码,系统异常定期巡检和hotfix,发现系统潜在不足发起技术优化,日常业务数据、报表数据监控,对业务系统发展提出个人规划或建议等。 具体要求 1.整个团队每...

文章 最全进化树构建知识点大盘点

... (4)进化树构建方法: 前期序列处理好之后,我们基于序列间差异就可以构建进化树了,构建进化树有很多方法:① Distance-based methods 距离法:距离法理论基础是最小进化原理(minimum evolution,ME),这类方法首先构...

文章 PBJ:转录组揭示植物中磷再转运分子机制

...个生物学重复,共6个sample,进行RNA-seq。  结果分析 基于磷含量变化以及测序数据,对水稻灌浆过程中处于磷饥饿状态下旗叶中磷再运转进行相关分析。 (1)磷含量测定 水稻灌浆早期,旗叶中磷浓度基本维持稳定,...

文章 QIIME1格式转换

faprotaxs数据库注释得到过程报告如何转化成绘物种分类功能热图所需输入文件? 1.对过程报告整理: grep 'OTU' -B 1 faprotax_report.txt | grep -v -P '^--$' > faprotax_report.clean perl otu.pl -iclean faprotax_report.clean -o1 func_otu.txt -o2 func_nums....

文章 eclipse设置编码格式UTF-8

在使用eclipse编写代码时,由于编码格式问题,经常会出现中文乱码问题。避免这种情况,我们可以修改下他默认编码格式。 方法如下: 在菜单导航栏上Window-->Preferences 打开"首选项"对话框,左侧导航树,导航到 Genera...

文章 分分钟教你绘制基因结构图!GSDS

...线绘制基因结构工具Gene Structure Dispaly Server,简单好用功能还挺强大。运用它能够绘制清晰基因结构,清晰明了地展示外显子、内含子及UTR位置。还可以联合其他数据绘制进化树-基因结构图,展现基因结构与系统进化关系...

问题 让公司给构建好图形泛基因组,只有vcf格式文件,要拿它作参考去基于二代重测序数据call snp,需要vcf 文件转化成啥格式呢?转化后用什么软件去call snp 呢?

文章 转录组差异基因什么要进行聚类分析

...需通过R来运行。K-means聚类方法,均采用是R语言相关代码和函数实现.