问题 R语言下载GSE数据一直在报错

> gset <- getGEO('GSE95394', destdir=".", + AnnotGPL = T, ## 注释文件 + getGPL = T) ## 平台文件 Found 1 file(s) GSE95394_series_matrix.txt.gz Failed to open file C:\Program Files\R\GSE95394_series_matrix.txt.gz.curltmp.File stored at: ./GSE95394_se...

文章 blast+在linux上的用法

...ds -out dbname -title dbtitle -logfile filename 参数说明: -dbtype：数据库类型，prot或nucl -parse_seqids：解析序列标识（建议加上） -out：数据库名 -title：数据库名（略） -logfile：日志文件，默认输出到屏幕更多参数 makeblastdb -help 蛋白序...

文章 常用软件在线使用

...简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...

文章 eggNOG批量注释基因组数据库

数据库下载：   http://eggnog5.embl.de/download/emapperdb-5.0.2/ http://eggnog5.embl.de/download/ $ md5sum eggnog.db eggnog_proteins.dmnd   #下载完成之后核对md5值065763df8f1593dc6d08c5ce06401fcf  eggnog.db64fefa838833a6f3e220a06fb9d403cd  eggnog_proteins.dmnd 利用docker...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-结直肠癌 CRC(GSE178341)

数据介绍：来自谷歌翻译：对癌症的免疫反应差异很大，特别是与错配修复缺陷（MMRd）的结直肠癌肿瘤相比，错配修复良好的肿瘤表现出免疫细胞的存在和活性升高。为了了解免疫反应模式以及这些类型结直肠癌之间的主要差...

文章 tassel 软件做GWAS关联分析多年多点表型数据整理格式

...e 2, Traits data collected in multiple environments: 参考文献中示例数据：https://www.nature.com/articles/ng.3807#Sec32https://static-content.springer.com/esm/art%3A10.1038%2Fng.3807/MediaObjects/41588_2017_BFng3807_MOESM68_ESM.xlsx

文章 InterProScan-蛋白质预测

InterPro是一个数据库，它集成了许多数据库关于蛋白质功能的预测信息，概述了蛋白质所属的家族及其包含的结构域和位点。InterProScan是InterPro数据库提供给用户的一个软件包，以集成的方式从InterPro数据库中进行结果检索。InterP...

问题 老师，请问一下我在进行WGCNA分析时，将原始数据的基因顺序打乱后，分析得到的关键基因就变了，请问一下这是怎么回事啊？

老师，请问一下我在进行WGCNA分析时，将原始数据的基因位置改变之后，分析得到的关键基因就变了，请问一下这是怎么回事啊？

问题 老师们，想问一下我有留下来的snp数据，需要用snp2caps分析酶切位点，这个软件如何使用

导入了最新的内切酶，我的Excel数据导入哪里

问题 请问circos在配置文件中如何设置link,来凸显出我想要的数据的颜色？

请问各位大虾 比如我想要第一条染色体上的A 和第二条染色体上的B 这两个基因， 想用红色去表示， 如何修改配置文件？？？

问题 请问怎么用RNAseq获得的counts数据，再计算相应的FPRM值呢？求较详细方法或建议。谢谢了

问题 做基因家族成员鉴定时，如何从NCBI数据库里下载转录组unigene的蛋白质序列文件？

问题 您好，我再用ftp上传数据到NCBI上出现了和您一样的问题，请问您解决了没有呢？

问题 大佬们，想咨询个问题，如何从公司测回来的转录组数据找出自己想要的某个功能的差异基因呀？

问题 老师！求解答！在TCGA数据基因ID转换中出错！!

> Ensembl_ID_TO_Genename <- get_map("../gencode.v34.annotation.gff3")  Treat input as file |--------------------------------------------------| |==================================================| Warning message: In data.table::fread(input, header = FALSE) :   Stopped early on line 26...