...表达分析，分布是： 1. 编码蛋白基因的差异表达分析 2. 长链非编码RNA的差异表达分析 3. miRNA 的差异表达分析 这些分析都是针对每一类分子单独进行的分析，其实这3类分子之间可能存在一定的调控关系，这就是ceRNA调控网...
使用单细胞转录组学课程中的代码使用monocle2进行轨迹分析报错，之前使用镜像3.0的时候没有问题，自从换成4.0后就出现了以下问题。 这是我的代码：Rscript $scripts/cell_trajectory_monocle2.r --rds ../05.Find_Markers/CD4.added.celltype.rds \ -g my...
老师我做存在缺失分析部分，awk -F"\t" '{if($0!~/^Fam_N/){for(i=2;i<=27;i++){print $1"\t"$i}}}' PAV_gene.list |sed "s/;$//"|awk -F"\t" '{gsub(";","\n"$1"\t",$0);print}'|awk -F"\t" '{if($2!=""){print}}' > Fam_gene.list这一步，得到的泛基因编号为什么不是连续的呢？...
...数量的软限制： 发现进程最大允许读取的文件数量是1024（默认值） 非root用户可以对文件读取的软限制进行临时修改： ulimit -n 3000 修改后： 如果想要永久修改需要管理员权限，更改系统配置文件： sudo vi /etc/security/limi...
...基因组的大小的增加而增多，比如在人类基因组中大约有2600多个含有DNA结合域的蛋白质，其中大部分具有转录因子功能。 转录因子的结构 转录因子一般由 DNA 结合区、转录调控区(包括激活区或抑制区)、寡聚化位点以及核定位...
proovread 是在2014年发表在Bioinformatics 上的一款Pacbio序列纠错软件，其基本的原理是利用高准确度的二代短序列，不停的迭代比对，对pacbio的序列进行纠正。 目前该软件已经在github 上公开,并不断的更新。 1. 软件的安装 安装方...
...ordinate进行排序，意思就是按照染色体编号进行排序。 2. 按照参考基因组进行重新排序 gatk ReorderSam -I 样本.bam -O 样本.sorted.bam -SD 参考基因组的GATK索引 注：ReorderSam 会出现未能排序的情况 附： （1） GATK 两个sort的区别官...
我在后台运行命令的时候，总是出现错误，但是把命令粘贴到屏幕又可以运行。我运行的命令是2.sh，出现的错误如下：
基于WSL2的docker不同于之前基于Hyper-V的方式，之前我们可以在docker desktop中直接修改镜像的存放位置。现在使用基于WSL2的docker软件没有给出调整镜像存放位置的功能，需要我们手动的来调整。以下是具体操作的步骤。 Docker下载...
老师，我在做2个基因组共线性分析时，得到的结果不对，但我找不到原因，您帮我看看，谢谢！
... 下面是我的樱桃dna.fa文件： 综上，我的问题有2个： 1. gene_weizhi.txt第二列并不是某一条染色体，我想是我的樱桃基因组数据组装的原因，我想请问，这种情况还能继续往下做分析吗？第二列数据是代表什么呢...
...。在etc/image.generic.conf文件中，定义了参照的radius radius of inscribed circle in imageradius = 1500p 所以我们在配置文件中定义的radius = 0.80r， 实际等于0.8 * 1500 = 1200 像素。 染色体之间的间距通过spacing 这个block 进行定义，defau...
...设置工作目录 setwd(work_dir) # 下载临床数据的结果 DataDirectory <- paste0(work_dir,"/GDC/",gsub("-","_",project)) # 查询可以下载的数据 query <- GDCquery(project = project, data.category = data_category, data.type = data_type, ...
...中运行Cibersort共需要三个文件，分别是（1）官方提供的22种细胞基因集“LM22.txt”；（2）自己的表达矩阵；（3）Cibersort代码。 （1）LM22.txt获取方法： 在Cibersort论文中（https://www.nature.com/articles/nmeth.3337#MOESM207）下载Supplementry...
2个组织部分，在不同处理下，具有4次生物学重复的组学分析。 利用什么分析方法，可以在一张图中得到：不同处理，这两部分组织的之间的关系（聚类）