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文章 施一公:如何提高英文的科研写作能力

...要逻辑严谨!其实,中文和英文论文皆如此! 更多生物信息课程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不...

文章 ConsensusClusterPlus 包对基因表达数据进行一致性聚类

...weightsFeatureFeature抽样时的权重verbose若为TRUE,可输出进度信息在屏幕上corUse设置如何处理缺失值:all.obs:假设不存在缺失数据——遇到缺失数据时将报错everything:遇到缺失数据时,相关系数的计算结果将被设为missingcomplete.obs:...

文章 R语言基础入门—数据框

...   Gary        843.25     2015-03-27 获取数据框行列信息 通过函数colnames()或names()可获取数据框的列名称,函数rownames()可获取数据框的行名称。 colnames(emp.data)names(emp.data)rownames(emp.data) 当我们执行上面的代码,它产生以下...

文章 蛋白质表达系统的类型及其优缺点

...研究也是基于其己被人们掌握的大量分子生物学及生理学信息。外源基因一般和表达载体一起整合到了酵母染色体上,随染色体一起复制和遗传,不会发生外源基因的丢失现象。   4. 蛋白表达方面:可以进行蛋白的糖基化,而...

文章 蛋白3D结构预测 3D Protein Structure Prediction

...Identity 要 ≥ 30%),配体(Ligands)和方法(Method)等等信息,其中个人建议根据不同的情况选择不同模板,首先覆盖率与相似性是最需要考虑的,一般情况下越高越好,但若遇到同家族蛋白或二级结构相似蛋白也可以进行一定...

文章 TCGA数据库中癌症最新缩写中英文对照表获取方法 Project号 与癌种之间对应关系

如果想获得最新的信息,可以通过R包TCGAbiolinks中的getGDCprojects()方法得到: if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE)){    install.packages("BiocManager")}BiocManager::install("TCGAbiolinks")library(TCGAbiolinks)getGDCprojects() 截止2019.10.17,TCGA数据库中...

文章 相关性分析及热图绘制-脚本使用

...置及说明初次使用脚本时,可以通过-h参数获得以下帮助信息。Rscript $scriptdir/corr.r -h usage: /share/work/fangs/scripts/tcga/corr.r [-h] -l lnc_data -g gene_data [-m method] [--filter] [-e exp] ...

问题 抱歉打扰,我在做circos时遇到了下面问题,看到了您也遇到相似问题,想知道您是如何解决的,期待您的回复。

...2345678910]/   #染色体反转 karyotype=./laccasechr.info  #染色体信息配置文件 show_tick_labels=yes show_ticks=yes spacing=10u <ticks>  #设置染色体刻度     color=black     format=%d     multiplier=1e-6     radius=1r     thickness=2p     <tick>...

文章 玉米遭受亚洲玉米螟为害时所诱导产生的直接和间接的防御反应及其生理生化和分子机制

...! 以上是小编的一些见解,不到之处,还望见谅!更多信息,请下载文献原文阅读! 日常科研中你我经会常遇到看不懂的图表,不会挖掘的数据,没有思路的文章,沟通不畅的个性化分析,求人不如求己,一切痛点都能解决...

文章 跟着文献学做图 | 用蛋白质序列做主成分分析(PCA)

...genvalues", col = heat.colors(50)) 输出对象pca1是一个包含各种信息的列表;特别需要注意的是: $eig:分析的特征值,表示各主成分(PC)所代表的方差量。 $li:分析的主成分;这些是总结遗传多样性的合成变量,通常使用散点图可视...

文章 最全进化树构建知识点大盘点

...离的估计值,K-L距离定义为一个模型被另一个模型替代后信息的丧失。因此,AIC值较小的模型更好;BIC(Bayesian Information Criterion, BIC):值越小,模型与数据拟合度越好;DT(Decision Tree,DT)将测量系统发生性能的相对分支长度...

文章 超大基因组,超长染色体,凤丹牡丹基因组怎一个难字了得!

...的基因组进化与育种研究提供了新见解。 图1 文章发表信息 凤丹牡丹基因组组装注释 通过近3Tb的Illumina测序、643.67Gb的PacBio和2.5Tb的Hi-C测序,研究者构建了染色体水平的凤丹牡丹基因组,其基因组大小为12.28Gb,contig N50=228Kb...

文章 免疫疫微环境(TIME)

...泛用于在许多癌症类型的研究。RNA-seq虽能提供基因表达信息,但并不能直接表征出免疫浸润情况,需要一定的算法进一步评估。 3.1 强大的TIMER2.0 TIMER2.0 (http://timer.cistrome.org/) 是TIMER软件的更新版本,作为一个可交互式web...

文章 农艺性状表型数据与环境关联互作分析R代码

...树分组差异统计检验.csv")write.csv(group.data,file="聚类树分组信息表.csv")g1.res=aggregate(group.data[,2:7],by=list(group.data$group),FUN=mean)g2.res=aggregate(group.data[,2:7],by=list(group.data$group),FUN=sd)write.csv(g1.res,file="聚类树分组统计平均值.csv")write.csv(g2.re...

文章 获取关系矩阵(WGCNA)

...数据标准化、WGCNA-加权基因共表达网络分析 更多生物信息课程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不...