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文章 enrichGSEA_pip.r GSEA富集分析

...e width of pic inches [default 5] 参数说明: -a 输入差异基因分析所以的结果; 必须含有log2FC这列差异倍数信息,用于GSEA排序; -g 指定 gmt文件  基因集: 更多GSEA功能富集数据下:http://software.broadinstitute.org/gsea/downloads.jsp#msigdb ...

文章 怎样才能选到靠谱的抗体?挑选抗体的4大秘诀分享

...发货速度超快,一般下单12h内发货,并且还有技术人员24h在线提供技术支持,让你在购买抗体的最后一环也放心便捷。 综上所述:买抗体要环环相扣才能看走眼。 学霸姐姐只能帮你到这里了,如果你的实验顺,如自己...

文章 蛋白质组学数据定量搜库 | MaxQuant软件的使用

...搜索引擎- Andromeda。 MaxQuant支持标记定量和非标定量,2.0版本后的MaxQuant还支持DIA的数据分析。MaxQuant具备非线性质量校正和Match Between Runs功能,可以增加蛋白鉴定数量和提高定量准确性。  MaxQuant软件的下与安装:https://www.om...

文章 2019国自然解读:关于CRISPR/Cas9的项目数据怎么样?

...定猪抗传染性胃肠炎病毒(TGEV)侵染功能基因及其调控作用分析 负责人:包文斌 申请单位:扬州大学 研究类型:面上项目 项目批准号:31972535 金额:58万 以上就是2019年度国自然基金中关于CRISPR技术相关的金额排名前5位的项...

文章 IF=4.3 | 衰老水稻种子的转录组代谢组联合分析

... germination vigor and seedling morphogenesis”的转录组代谢组联合分析文章。” 01 — 研究背景 种子活力是种子发芽和出苗率、幼苗生长潜势、植株抗逆能力和生产潜力的总和 。随着种子贮藏时间的增加,老化现象可避免,种子...

文章 进化树中bootstrap值设置

Evolview这款在线软件在进化树修饰方面非常出色。在设置Bootstrap值的显示方式上也是非常的优秀。 设置方法 1.使用进化树“(A:0.1,(B:0.2,(C:0.3,(D:0.4,E:0.5)40:0.6)80:0.05)100:0.1)90:0.43;”进化树必须含有bootstrap值。 2.点击 “Basic > sho...

文章 trimAL | 多序列比对中剪切掉保守部分的参数

在生信分析时,经常会做一下蛋白多序列比对。对于比对结果中,一些保守的列,我们可以选择剪切掉。再进行之后的分析,比如构建进化树,进化树的构建会容易很多。 剪切序列时有一个非常好用的软件是trimAL: http://trimal...

问题 老师好!我在运用课程代码进行Treemix分析后,会生成:cov.gz,modelcov.gz,treeout.gz等相关文件,现在我想知道:在混合事件的情况下,覆盖方差的比例和估计的混合比例,这个应该怎么进行计算统计呀?我清楚这个解释比例是怎么计算的?谢谢老师!

文章 代谢组数据上传NGDC!简单又快捷!

...021”为题在国际学术期刊《核酸研究》(Nucleic Acids Research)在线发表。 NGDC常用数据库 生物项目数据库(BioProject):是收集与共享生物学研究项目信息的资源库,涵盖的项目类型包括常规组学研究的基因组、转录组、表观组和宏...

问题 老师,您好,我们是做忙果基因家族分析的,用的是linux(用拟南芥的数据我们都能做出结果),但忙果注释文件gff总是报错,对我们学农的来说,对脚本真是一窍通啊,根本知道该怎么修改,老师叫我们把gff文件改成拟南芥的格式,用linux做,我们的基因id,mRNAid,蛋白id都是一样的,我们想都改成与基因id一致的,我该怎么改啊,老师可以帮忙看看文件吗

问题 生存分析

用课程里面的代码,为什么生存分析每次跑出来的模型里面,构成模型的基因都一样啊?

问题 根据覆盖度及比对率如何剔除样品、gatk VariantFiltration过滤

...下图),想请教老师平均覆盖度和比对率多少适合做后续分析呢? 老师,我看之前的问答,gatk VariantFiltration做过滤会很慢,我的raw.vcf.gz文件有319G,我尝试了一下,18个小时了才得到1.1G的raw.gatk.vcf.gz文件 我的服务器是500G的,-...

问题 GFF文件格式标准

求助求助!从头组装的基因组,给回来的gff文件中只有mRNA和CDS,想在转录组中进行定量分析,有没有什么办法可以把gene和exon补上呢?

问题 你好,我安装gwas的镜像报错failed to register layer: ApplyLayer exit status 1 stdout: stderr: lchown /biosoft/emmax-beta-07Mar2010: invalid argument。docker是最新版本10.14,安装其他镜像如转录组的和重测序的都没有问题 。

问题 WGCNA分析中,灰色模块基因数若过多是说明划分模块有问题么?

我有100多个样品,选择5万左右的基因进行WGCNA分析,软阈值选择后符合R平方大于0.8,采用blockwise方法划分模块,但是最后发现有近一半的基因属于灰色模块。这正常么?能说明什么问题