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问题 docker从ENA数据库下载fasq数据时遇到困难

...era-fasp@fasq.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR180/069/SRR18033869/SRR18033869_2.fastq.gz ./，运行这个命令后报错。麻烦您能指导一下，谢谢安老师 [root@ddc2073137f4  10:50:56 /work]# ascp -QT -I 300m -P33001 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasq.sra.ebi....

文章 bioperl 直接读取输出gz压缩格式的fasta序列

...pen $FI, "<:gzip", "$ARGV[1]" or die "$!";open $FO, ">:gzip", "$ARGV[2]" or die "$!";$in  = Bio::SeqIO->new(-fh => $FI ,                               -format => 'Fasta');$out = Bio::SeqIO->new(-fh => $FO ,                               -format =...

文章 KEGG数据库-pathway注释信息下载

...KEGG数据库下载中前两部分： 1. KEGG 中蛋白序列的下载 2. 蛋白对应的pathway 相关注释 有了这两部分，我们就可以对不同物种的氨基酸序列进行注释分析。如果要对蛋白在pathway上进行可视化标注，那就需要下载pathway想的注释文...

问题 如何修改perl脚本从cds文件中提取上游序列呢？（有些cds中的scaffold可能不足1500）

...format => 'Fasta'); $out = Bio::SeqIO -> new(-file => ">$ARGV[2]",                                   -format => 'Fasta'); my %keep=() ; open IN,"$ARGV[0]" or die "$!"; my%ref=(); while ( my $seq = $in->next_seq() ) {      my($id,$sequence,$desc)=($seq->...

文章 细胞通讯cellchat结果介绍

...，多了几个优点：(1)考虑多种subunits/ cofactors/ 聚合物等 (2)附带注释database并支持可视化结果图 (3)支持物种为人或者小鼠； CellChat数据库介绍： CellChat细胞通讯数据库通过整合KEGG和文献，构建了细胞通讯数据库cellchatDB，数据库...

文章 linux系统中docker镜像下载失败解决办法

...mage configuration: Get https://production.cloudflare.docker.com/registry-v2/docker/registry/v2/blobs/sha256/32/32553cf29700c6ed61075229039777b6b09ed6d106745567c063f49beab8866f/data?verify=1719296353-%2B0jyVKM6njFdohYXHqG5y0u2zmw%3D: dial tcp 108.160.162.109:443: i/o timeout 以下镜像加速...

问题 基因ID、cds ID与蛋白ID三者均不一致

...系注释（图1）。cds的fa文件mRNA ID后也有gene的ID注释（图2）。gff文件中也可以看到，gene ID与mRNA ID不一致。所以这样就造成后续分析比较困难，比如分析到“去除重复的hmmer搜索的转录本ID”这一步就难进行下去。所以，请问老师...

文章 遗传图谱构建基础知识

...不完全连锁重组率r=0.5时，不连锁 LOD值 概念：LOD = Log of the likelihood odds ratio ，估计值在观察结果中出现的这种概率的可能性。用来反映重组率估计值的可靠性程度或作为连锁是否真实存在的一种判断尺度。计算公式：LOD=Log10(L(...

文章 cox回归PH假设检验

PH假设检验 英国统计学家D.R.Cox于1972年提出的比例风险回归模型（Proportional hazard regression model），简称Cox回归模型，有效地解决了对于生存资料进行多因素分析的问题。     但是Cox回归模型在应用时，有一个非常重要的前提...

文章 Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq ) 需要测序多少合适？

...序量的增加（测的cell 越多）覆盖到基因数量情况。 2. 转录本的覆盖情况 下图展示的是随着测序深度的增加，覆盖到的转录本情况。 从图中我们可以看出，三代转录组覆盖基因和转录本的情况并不好，随着数据量的增加...

文章 windows 中的docker如何设置容器的内存与计算资源 hyper-V

...多给。 如果没有 CPU，内存选项，这步就不用做了。 2.启动镜像的时候可设置 -m 参数 指定内存； 注意：这里的 -m 参数 指定值 不能超过上面给的内存，或者超过电脑的实际内存。      另外 windows系统也需要运行内存，...

文章 常用的蛋白标签的功能和优点有哪些？

...，这样就有利用研究人员对融合蛋白进行下游研究。   2）融合在N端的Flag，可以被肠激酶切除（DDDK），从而得到特异的目的蛋白。因此Flag标签现已广泛应用于蛋白表达、纯化、鉴定、功能研究及其蛋白相互作用等相关领域。 ...

文章 遗传图谱构建基础知识

...不完全连锁重组率r=0.5时，不连锁 LOD值 概念：LOD = Log of the likelihood odds ratio ，估计值在观察结果中出现的这种概率的可能性。用来反映重组率估计值的可靠性程度或作为连锁是否真实存在的一种判断尺度。计算公式：LOD=Log10(L(...

问题 老师，您好！全基因组选择，利用自己的SNP数据（芯片SNP）进行基因型数据处理，beagle.27Feb25.75f.jar处理完成后，得到的imputed_snp里面没有SNP标记信息。

....jar   gt=GENO.vcf   out=imputed_snp   nthreads=48 No genetic map is specified: using 1 cM = 1 Mb java.lang.IllegalArgumentException: Duplicate marker: 1 77806149        AX-90568401     C       T         at vcf.Markers.markerSet(Markers.java:127)         at vcf.Marke...

文章 宏基因组结果解读和个性化分析课程上架

...示物种丰度或功能分布内容包括：堆叠柱状图：使用ggplot2绘制物种丰度分布，设置颜色分组和图例，展示不同样本或组别的丰度模式使用ggalluvial绘制流动图：展示物种或功能在不同样本间的流动与分布，如何在图表中加入分组...