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文章 基因编辑iPSCS敲除技术原理与潜在的治疗应用

...类型。诱导多能细胞最早是在2006年由日本医师和研究员Shinya Yamanaka及其同事描述的。最初的实验是通过使用小鼠细胞进行的。然而，第二年，Yamanaka成功地从人成年成纤维细胞中获得了iPS细胞。在此之前，只能从早期人类胚胎...

文章 R语言计算两组数据相关性及对应p值的方法——psych包和Hmisc包

...函数的帮助文档也写到了 a numeric matrix with at least 5 rows and at least 2 columns (if y is absent). For print, x is an object produced by rcorr. 另外的一个知识点：如果想要用某个包里的函数，有两种办法， 第一种办法是先使用library()函数加载这个...

文章 linux用户管理命令介绍

本文总结了Linux添加或者删除用户和用户组时常用的一些命令和参数。1、建用户：adduser phpq                             //新建phpq用户passwd phpq                               //给phpq用户设置密码 2、...

文章 Bowtie2使用方法与参数详细介绍

对参考序列构建indexbowtie2-build genome.fasta index尝试使用前10000个reads进行比对bowtie2 -u 10000 -p 8 -x index -1reads1.fq -2 reads2.fq -S out.sam使用8个线程进行比对bowtie2 -p 8 -x index -1 reads1.fq -2reads2.fq -S out.sam比对的sam结果中添加了read group信...

文章 植物学家奇思妙想-改造基因组培育辣味番茄！

...西维索萨联邦大学的Emmanuel Rezende Naves等人在Cell子刊Trends In Plant Science（影响因子12.149）杂志发表了题为：Capsaicinoids: Pungency beyond Capsicum的论文，论文中作者详细梳理了辣椒素的生物合成机制，比较了辣椒和番茄的相似性，认为...

文章 几个样品的转录组文章很难发了？这篇文章一定能给您启示

...hiza fordiscovery of genes associated with the biosynthesis of tanshinones and phenolicacids[J]. Scientific Reports, 2017, 7(1):10554.

文章 2020年转录组文章到底有多难发？一文说明白！

...Genomics上题为：Transcriptome analysis reveals rapid defence responses in wheat induced by phytotoxic aphid Schizaphis graminum feeding 的文章，详细地论述下2020年转录组文章到底有多难发？怎么发？下面我们先看下这篇文章具体内容：实验简介：文章研究...

文章 天天加班,为什么团队研发效能还是那么低?

...时间范围内为版本时间。另外0到1的项目呢，开发人员all in在这个这里，导致没办法继续做迭代的工作。 这个第三种有点像第一和第二种的结合 这样的研发方式：四不像 你是哪一种？ 如何提升团队研发效能 互联网产品...

文章 python 版本的MCScanX分析物种之间分共线性

... jcvi安装比较简单，在命令行直接运行下列命令： pip install jcvi 2. 数据下载 运行MCscan需要序列以及坐标文件，分别是fasta格式以及BED格式的，例如，可以从Phytozome下载cds的序列文件以及gff文件，再由gff文件生成BED文件。当...

文章 转录组如何与其他实验手段结合？（第二篇文献）

...细致，下面听我娓娓道来：积雪草酸是由香树脂醇α-amyrin在C-2α, C-23 和C-28三个位置进行3次羟基化形成的。（红色框内） 前人已经报道细胞色素P450亚家族CYP716中CYP716A83和CYP716A86单氧酶催化了C-28位置的羟基化，CYP716C11负责C-2α...

文章 快速解读：3-5分的蛋白质组学文章思路

...大家重点介绍一下转录组测序分析的相关知识。 Question and Answer 1、什么是转录组测序？ 转录组广义上指在某一生理条件下，细胞内所有转录组产物的集合，包括：mRNA、ncRNA、rRNA等；狭义上指所有mRNA的集合。 转录组测序的研...

文章 快速解读：3-5分的蛋白质组学文章思路

...大家重点介绍一下转录组测序分析的相关知识。 Question and Answer 1、什么是转录组测序？ 转录组广义上指在某一生理条件下，细胞内所有转录组产物的集合，包括：mRNA、ncRNA、rRNA等；狭义上指所有mRNA的集合。 转录组测序的研...

文章 cactus 软件：从基因组比到泛基因组分析​

...链（如hal2vg）转换为变异图（Variation Graph）。 2.2 结合minigraph-cactus流程直接构建泛基因组。 02 下载安装方法 下载： 软件github：https://github.com/ComparativeGenomicsToolkit/cactus 选择的是Pre-compiled Binaries Linux Tarball这个版本： wget https...

文章 eQTL结果使用coloc共定位分析

...现假阳,后面还需要算ld,所以需要一个完整的vcf文件,用plink转换成bed,这里不多赘述 02 — 计算coloc.abf 大规模数据计算共定位,计算压力非常大,所以我们可以用coloc.abf来进行一下粗筛,找到有可能的位点,首先是根据...

文章 超大基因组，超长染色体，凤丹牡丹基因组怎一个难字了得！

...ns（IF=17.69）上发表了题为“Genomic basis of the giga-chromosomes and giga-genome of tree peony Paeonia ostii”的研究论文。该研究公布了凤丹牡丹的高质量参考基因组，解析了凤丹牡丹巨大基因组的形成与维持机制；结合448份材料的GWAS分析解析...