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文章 IF=8.7 | T2T康乃馨基因组揭示了相同基因在不同单倍型基因组中的表达差异

...s caryophyllus) genome reveals the correlation between genome architecture and gene expression”的基因组组装+基因表达水平相关性分析的文章 研究背景 康乃馨（Dianthus caryophyllus）是一种极具商业价值的花卉，因其丰富的颜色和形态以及出色的储藏...

文章 混合线性模型中BLUE值 VS BLUP值

混合线性模型中BLUE值 VS BLUP值 最佳线性无偏预测(best linear unbiased prediction， 简称BLUP)，又音译为“布拉普”[1]，是统计学上用于线性混合模型对随机效应进行预测的一种方法。最佳线性无偏预测由C.R. Henderson提出。随机效应的最...

文章 MutMap+和mutmap分析差异（BSA）

...池的好处是可以用于后续假阳性排除：参考文献 https://link.springer.com/article/10.1007/s00122-019-03396-z为了方便分析，作者定义了一个参数SNP-index，突变体类型的SNP所占的比例（也就是上图中右下角图示）相对于野生型亲本，如果没有...

文章 两个诺贝尔奖强强联合--CRISPR基因编辑的ESC/iPSC应用于再生和个性化医学

...C-Derived Platelets Depleted of HLA Class I Are Inert to Anti-HLA Class I and Natural Killer Cell Immunity. Stem Cell Reports, Vol. 14, 49–59, January 14, 2020. Gene Correction of LGMD2A Patient-Specific iPSCs for the Development of Targeted Autologous Cell Therapy. Molecular Therapy, Vol. 27...

文章 IF=13.8 | 饮食调节山羊肠道微生物的纤维素利用效率

... BMC Plant Biology杂志发表了一篇题为“Dietary selection of distinct gastrointestinal microorganisms drives fiber utilization dynamics in goats ”的宏基因组分析文章。” 01 — 研究背景 整个生物界的生物资源是有限的, 反刍动物(如羊)能够利用人...

文章 deepseek绘图之--微生物堆叠柱状图

...deepseek输出上面写好的提示词,如果问题复杂可以打开deepthink 这样简单的就不需要了 初步生成绘图代 给了详细的代码,我们来到rstudio运行一下结果如下 这明显出了问题,柱子不一样高,检查中文注释得知,他先计算了相对丰度...

文章 医学突破的先锋--CRISPR介导的HeLa细胞基因编辑 | 源井生物

...信号都显示出突变的TERT细胞产生了严重的细胞衰老。Annexin V和PI染色也提供了细胞凋亡的证据：突变的TERT细胞比WTPE-Hela细胞具有更高的凋亡率；在体外肿瘤细胞中缺乏TERT单链则导致细胞的生长迟缓和加速死亡。 图1：Tert+/-...

文章 IF=4.9 | 多倍体割手密IAA基因家族分析鉴定

​“ 2024年7月国际分子科学杂志(International Journal of Molecular Sciences)发表了一篇题为“ Genome-Wide Analysis of the Auxin/Indoleacetic Acid(Aux/IAA) Gene Family in Autopolyploid Sugarcane(Saccharum spontaneum)”的文章，文章鉴定了甘蔗野生种割手密(Saccharum ...

文章 一文教你绘制九象限图

... local({r <- getOption("repos") r["CRAN"] <- "http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/" options(repos=r)}) # 依赖包列表：自动加载并安装 package_list <- c("ggplot2","ggrepel","dplyr","devtools") # 判断R包加载是否成功来决定是否安装后再加载 for(p in package_li...

文章 必须收藏！比较基因组学分析必备神器-OrthoVenn2

...Qingyou Xia, Yi Wang. OrthoVenn2: a web server for whole-genome comparison and annotation oforthologous clusters across multiple species, Nucleic Acids Research, Volume 47, Issue W1, 02 July 2019, Pages W52–W58, https://doi.org/10.1093/nar/gkz333. 日常科研中你我经会常遇到看不懂的...

文章 docker 工具高级用法

...操作命令： > docker ps #查看后台正在运行的容器 CONTAINER ID IMAGE COMMAND CREATED STATUS PORTS NAMES a6c1ce4f6ae9 omicsclass/ampliseq-q2:v1.4 "/bin/bash" 24 seconds ago Up ...

文章 孟德尔随机化(MR)

...给大家引入一个新的概念——孟德尔随机化 （Mendelian Randomization, MR） 孟德尔随机化是一种利用遗传变异作为工具变量（IV）的因果推断方法，模拟随机对照试验，来估计暴露因素（如xqtl）对结局性状（如疾病风险）的因果效...

文章 6个转录组发了BMC genomics，人家是怎么写的？

...的一篇3月12日见刊的题为“Transcriptomes analysis reveals novel insight into the molecular mechanisms of somatic embryogenesis in Hevea brasiliensis”转录组文章，内容难易适中，很有代表性，那就让我们一起看一看，6个转录组样本，每个重复3次，是如...

文章 R语言宽型与长型数据转换tidyr包

...th tidyrData Processing with dplyr & tidyrEasily tidy data with spread and gather functions

文章 同是转录组，人家发6分，你为什么发2分？

...成原因，作者分别于种子发芽后第6、7、8天（6 DAP, 7 DAP and 8 DAP；days after planting (DAP)）取腋芽组织进行转录组测序，通过对3个时间点基因表达情况进行主成分分析（PCA）发现phyB-1与野生型基因表达模式在6天和8天间分离现象明显...