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文章 几个样品的转录组文章很难发了？这篇文章一定能给您启示

...hiza fordiscovery of genes associated with the biosynthesis of tanshinones and phenolicacids[J]. Scientific Reports, 2017, 7(1):10554.

文章 2020年转录组文章到底有多难发？一文说明白！

...Genomics上题为：Transcriptome analysis reveals rapid defence responses in wheat induced by phytotoxic aphid Schizaphis graminum feeding 的文章，详细地论述下2020年转录组文章到底有多难发？怎么发？下面我们先看下这篇文章具体内容：实验简介：文章研究...

文章 天天加班,为什么团队研发效能还是那么低?

...时间范围内为版本时间。另外0到1的项目呢，开发人员all in在这个这里，导致没办法继续做迭代的工作。 这个第三种有点像第一和第二种的结合 这样的研发方式：四不像 你是哪一种？ 如何提升团队研发效能 互联网产品...

文章 python 版本的MCScanX分析物种之间分共线性

... jcvi安装比较简单，在命令行直接运行下列命令： pip install jcvi 2. 数据下载 运行MCscan需要序列以及坐标文件，分别是fasta格式以及BED格式的，例如，可以从Phytozome下载cds的序列文件以及gff文件，再由gff文件生成BED文件。当...

文章 转录组如何与其他实验手段结合？（第二篇文献）

...细致，下面听我娓娓道来：积雪草酸是由香树脂醇α-amyrin在C-2α, C-23 和C-28三个位置进行3次羟基化形成的。（红色框内） 前人已经报道细胞色素P450亚家族CYP716中CYP716A83和CYP716A86单氧酶催化了C-28位置的羟基化，CYP716C11负责C-2α...

文章 快速解读：3-5分的蛋白质组学文章思路

...大家重点介绍一下转录组测序分析的相关知识。 Question and Answer 1、什么是转录组测序？ 转录组广义上指在某一生理条件下，细胞内所有转录组产物的集合，包括：mRNA、ncRNA、rRNA等；狭义上指所有mRNA的集合。 转录组测序的研...

文章 快速解读：3-5分的蛋白质组学文章思路

...大家重点介绍一下转录组测序分析的相关知识。 Question and Answer 1、什么是转录组测序？ 转录组广义上指在某一生理条件下，细胞内所有转录组产物的集合，包括：mRNA、ncRNA、rRNA等；狭义上指所有mRNA的集合。 转录组测序的研...

文章 cactus 软件：从基因组比到泛基因组分析​

...链（如hal2vg）转换为变异图（Variation Graph）。 2.2 结合minigraph-cactus流程直接构建泛基因组。 02 下载安装方法 下载： 软件github：https://github.com/ComparativeGenomicsToolkit/cactus 选择的是Pre-compiled Binaries Linux Tarball这个版本： wget https...

文章 超大基因组，超长染色体，凤丹牡丹基因组怎一个难字了得！

...ns（IF=17.69）上发表了题为“Genomic basis of the giga-chromosomes and giga-genome of tree peony Paeonia ostii”的研究论文。该研究公布了凤丹牡丹的高质量参考基因组，解析了凤丹牡丹巨大基因组的形成与维持机制；结合448份材料的GWAS分析解析...

文章 已知目标基因，如何进行局部共线性绘图？

...“A high-quality genome assembly highlights rye genomic characteristics and agronomically important genes”，在这篇文章中，作者构建了一个高质量的威宁黑麦基因组，并对黑麦优良性状的遗传和分子基础进行了解析。 作者关注的黑麦种子贮藏蛋白...

文章 非负矩阵分解（cNMF）

...序，比如2022年7月发表在《Nature Genetics》题为Single-nucleus and spatial transcriptome profiling of pancreatic cancer identifies multicellular dynamics associated with neoadjuvant treatment的文章中，研究者使用共识非负矩阵分解（cNMF）从头学习了跨不同肿瘤的...

文章 高质量黑麦基因组组装揭示重要农艺性状基因

...t al.A high-quality genome assembly highlights rye genomic characteristics and agronomically important genes[J].Nature Genetics[2023-09-27].DOI:10.1038/s41588-021-00808-z.

文章 跨物种进化研究必备的‘单拷贝直系同源基因’如何查找

...为例，详细介绍Orthomcl的使用。 辅助模块 Orthomcl需要的linux详细配置，简单叙述。 　　系统：unix 　　BLAST：我们推荐NCBI的 BLAST， 　　Database：oracle 或 mysql，下文我们选择mysql来进行阐述. 　　Hardware：内存4G，硬盘100G 　　M...

文章 从技术雷达看​DevOps的十年——容器技术和微服务

...构师需要掌握新的技能，特别是领域驱动设计(Domain-Driven-Design，DDD)以及端口-适配器模式，采用六边形架构来描述微服务架构，就会使你对整个架构的理解更加清晰。除了开发、基础设施、架构问题以外。微服务的测试是一个更...

文章 ANNOVAR注释变异VCF结果说明

...要对这些变异进行注释，ANNOVAR利用 ANNOVAR（http://www.openbioinformatics.org/annovar/）（Wang K et al.2010）软件对 SNP 进行注释，其中包括 dbSNP 数据库、千人基因组计划和其他已有的数据库的注释信息，注释内容涵盖变异的位置信息，类型...