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文章 R语言的小tip

...量的值 assign():为字符串变量的字符串赋值 I():输出pdf格式与png格式的图表时,两种格式中的字体大小不一致时,在使用size参数时,将字号用函数I()引起来 0-1标准化是指将数据按比例缩放,使之落入0-1区间:x=(x-min)/(max-...

文章 素材需求:两个提供精美生物插图的网站推荐!

一、biorender https://biorender.com/ 有丰富的图标和模板 二、smart.servier https://smart.servier.com/ 包括四部分插图:解剖学和人体、细胞生物学、医学、一般 下图是细胞生物学中的一些插图

问题 老师,gff文件保留最长转录本有蓝色那一行的可以输出成功,上面没有那行输出的就是空白文件,我想知道没有蓝色那行的gff文件是不是可以自己照着格式写一行

问题 WGCNA计算MEdiss时报错

...了 但不知道为什么就是运行不下去 一直报错 换了数据格式也是报错的,不知道为什么,用自己的数据文件格式跟课堂给的数据格式对照过,没有问题,也把数据替换进示例文件中,都是这一步报错,运行不下去,请求老师指...

问题 老师们,想问一下我有留下来的snp数据,需要用snp2caps分析酶切位点,这个软件如何使用

导入了最新的内切酶,我的Excel数据导入哪里

文章 eclipse当中R插件StatET安装

... 交互环境设置: 选择菜单栏中的 Windows>Preferences ,打开配置窗口,展开StatET,将上面安装的R的路径添加进去,如下图: 设置R语言终端: 打开终端: 截图字号有些小:eclipse 设置字体大小: https://jingyan.baidu.com/article...

文章 Pacbio三代无参全长转录组(Iso-Seq) 的转录本合并策略

...缺点: 1. 优点:     1.1    合并速度快,而且cd-hit这软件也是比较经典的一款软件,在转录组分析中经常用到     1.2     结果容易理解: 该软件就只是简单的基于序列的相似性,进行转录本的合并,转录本的ID都不会变...

文章 生物专业由冷转热?你还敢选生物专业吗?

...继续往下问...... 但是多半会在内心悄么惋惜一句: “怎么好端端的一个人,就选择了生物这个专业?” 是生物行业不好吗? 并不,生物行业好,且一直都好。 全球各学科论文中,生物类文章占居了大半江山, 近几年生物...

文章 Python学习-利用Python对植物基因组注释文件(gff3格式)进行处理

1.平常从下载的植物基因组注释文件,以gff3格式为            上面是从JGI上下载的玉米基因组的注释文件(gff3格式),第一例通常为基因的定位信息。1则表示位于玉米的1号染色体上,第二例表示注释的版本信息,第三列通...

问题 老师,我用自己的电脑跑代码,跑到构建进化树时显示错误,但是我把所有的软件都关掉了也一样,重启也一样,这个是什么原因呢

问题 请问老师,使用annovar进行注释出现报错,如下:Error: invalid record found in exonic_variant_function file (exonic format error)

...运行,这一次添加完报错信息是:在输出文件时无法识别格式invalid record found in annovar outputfile:。是不是软件没有更新?annovar/2019Oct24/annotate_variation.pl 我用的是这一版。还是说有一些低质量没有过滤的snp导致了识别错误,我上一...

文章 python操作大文件删除某行

...单,不过如果一个文件很大以至于无法读到内存里,又该怎么操作呢 其实我们可以使用 open() 方法把需要修改的文件打开为两个文件,然后逐行读入内存,找到需要删除的行时,用后面的行逐一覆盖,具体代码为: #输入你需...

文章 LeafCutter可变剪切注释

...后就能得到最关键的文件leafcutter_ds_cluster_significance.txt 格式如下 status  loglr   df      p       cluster p.adjustSuccess 2.64193838435494        2       0.0712230779654073      chrChr01:clu_19321_NA   0.214269156212565Success 2.12197496142517     ...

问题 老师,数据框操作中,红色框内部分并未加$符,为什么他也是输出向量格式的结果呢,而且为什么会有结果内为什么会有黄框内的非提取数字出现呢?

问题 老师您好,我根据课程步骤的指令,改不了文件的格式,我能找到format_fa_for_qiime.pl文件,还把它放到了操作的文件夹,但是电脑找不到这个文件,是什么原因呢