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问题 野生型亲本,抗性混池

...out  --max-missing 1 --minDP 4  --maxDP 1000  --minQ 30  --min-alleles 2  --max-alleles 2  |gzip - > merge.snp.clean.vcf.gz;mutplot -v merge.snp.clean.vcf.gz -r SZCTP1 -b SZCTR5  --N-bulk 29 -m 0.3 --out merge_pl。怎么几乎所有染色体都有定位啊?

问题 老师我想请问一下有关基因家族成员鉴定出来命名的问题,麻烦老师指导一下

...问题,有文献上会说we named these identified genes according to their homologous genes in Arabidopsis 这句话意思是命名是根据自己研究的物种中的A基因家族成员与拟南芥中的A基因家族成员的同源性命名的吗?意思是与拟南芥中的A1同...

问题 关于基因受选择计算

...--vcf sample.vcf --weir-fst-pop population_1.txt --weir-fst-pop population_2.txt --out P_1_2 --fst-window-size 10000 --fst-window-step 1000 然后选取结果中top1%的区段和我基因区段做overlap,然后去看是否受到选择是对的么? 另外,如果用π和tajimaD都是需要分...

文章 运行命令makeblastdb建库时报错,生成pdb-lock 空文件。

运行命令makeblastdb -in all.pep.fa -dbtype prot -title all.pep.fa 时卡住报错,生成all.pep.fa.pdb-lock 空文件。 解决:makeblastdb 工具版本问题,从2.13.0版本改成2.6.0版本,就可以正常运行

文章 gtfToGenePred报错

...题原因: 该gtf从gff3转换而来,使用到的软件是cufflinks-2.2.1/gffread,用这个版本的gffread进行转换的时候不会产生第三列没有transcript的行 解决方法: 采用v0.12.7版本的gffread,使用以下命令进行转换的时候,可以保留transcript这个t...

问题 重测序

...时候用并行命令运行 nohup ParaFly -c  gatk.sh -CPU 4 > gatk.sh2.o& ,每条命令是gatk --java-options '-Xmx100g' HaplotypeCaller -R /work/ref/GCF_001704415.2_ARS1.2_genomic.fna       -I /work/3.map/result/SRR1999390.sorted.dedup.bam     -O SRR1999390.g.vcf.gz --max-alternat...

问题 老师您好,想咨询GEO问题

...图,那么数据信息是不是现成的已经经过标准化的数据?2.2.如果这3个GSE系列不在同一GPL,可以在GEO2R后可以直接求交集吗?3.单个GSE***中都有实验组和对照组,但是有的GSE中是配对样本,有的是非配对样本,这些GSE系列可以放在...

问题 NCBI中下载SRA数据不成功

看了组学大讲堂里面的几篇贴子,用了2种方法都没有成功下载数据 第一种,按照操作方法获得了SRR List文件: 按照规律生成ftp下载地址: 粘到迅雷中发现都是空的。   第二种方法是获得了SraRunInfo.csv文件,如下: 在bi...

文章 BiocManager::install("metagenomeSeq") 报错:77 -fpic -g -O2 -c blkest.f -o blkest.o

...oft/R/R-v3.6.1/lib64/R/library/glmnet’ERROR: dependency ‘KernSmooth’ is not available for package ‘gplots’* removing ‘/share/work/biosoft/R/R-v3.6.1/lib64/R/library/gplots’ERROR: dependencies ‘glmnet’, ‘gplots’ are not available for package ‘metagenomeSeq’* removing ‘/sha...

问题 老师,我想问一下BSA分析实操课程中qtlplot这个命令是一个脚本吗 qtlplot -v qtlseq.RS-blast.clean.vcf.gz -r HitomeboreWT --bulk1ID S-bulk --bulk2ID R-bulk --N-bulk1 20 --N-bulk2 20 -m 0.3 --out qtlseq_SR-blast

问题 老师,使用非ensemble数据库的蛋白质序列和基因组染色体fasta文件脚本要怎么进行修改呢?

...库里的pep和toplevel文件下载之后解压总是提示unexpected end of file, 就从其他数据库下载了pep和toplevel的文件, 在除重复的hmmer搜索的转录本ID,多个转录本ID保留一个作为基因的代表的时候,得到了异常的结果,请问我是应该如何...

文章 从GTF中提取lncRNA的编号和名称

... (<$fh1>) { chomp; my @array = split /\t/, $_; if($array[2]eq $biotype){ $biotype_list{$array[0]} = 1; } } close $fh1; open my $out, ">${biotype}_info.txt" or die; print $out "Gene_id\tGene_id_info\tgene_name\tbiotype\n"; open my $fh2, $gtf or die; while (<$fh2&...

文章 vcf文件annovar的注释结果绘制瀑布图maftools分析

...ldver hg38 -out  154 -remove -protocol \ refGene,cosmic70,nci60,esp6500siv2_all,clinvar_20210501,1000g2015aug_all,1000g2015aug_eas,1000g2015aug_sas,avsnp150,gwasCatalog,ljb26_all,cytoBand,dgvMerged,phastConsElements100way,genomicSuperDups -operation g,f,f,f,f,f,f,f,f,f,f,r,r,r,r -nastring . -vcfinp...

文章 内参基因的筛选

...标准: 1.    高度或中度表达,排除太高或太低 2.    表达水平不受任何外源因素影响 3.    不存在假基因     由于时空的变化,RNA的表达水平并不恒定的,细胞周期的不同阶段内以及不同类型的细胞或组织...

问题 《基因家族分析》get_gene_weizhi.pl和get_gene_gff.pl运行结果为空

... 下载了野蔷薇(Rosa multiflora)的基因组注释gff3文件RMU_r2.0.braker1.gff3, 前期鉴定出的蛋白ID(即基因)ID的txt文件RmPMTID_gene.txt, get_gene_weizhi.pl脚本成功运行,但是结果为空,与其相近的get_gene_gff.pl也是如此(见下图) 猜想可...