... #配置高等植物线粒体基因组库get_organelle_config.py --add other_pt #配置其他植物质体基因组库get_organelle_config.py --add fungus_mt #配置真菌线粒体基因组库get_organelle_config.py --add animal_mt #配置动物线粒...
...果。但如果样品数目少，而且选择了gene_set作为Permumation type则需要使用更为严格的标准，比如FDR<0.05。 GSEA的优势 与常规基于超几何检验的基因功能富集分析方法相比，GSEA分析有如下的优点： 1. 不需要对基因进行差异显...
...utoffvalues一般默认即可；结果图片格式可以选择第三个PNG and EPS（矢量格式）；输出格式一般选择Standard 和Long；Method选项是区分蛋白序列中是否存在跨膜区域（TM regions），假如明确知道无跨膜区域，就选择不包括跨膜区域预测会...
...eq transcriptome analysis revealing novel insights into aluminum tolerance and accumulation in tea plant[J]. Planta, 2017(13):1-13.
...范围 0~1 dgvMerged：将变异位点与基因组变异数据库(Database of Genomic Variants，简称 DGV)中的 SV 进行比较，输出该变异位点处已经被报导的 SV gwasCatalog：检测变异位点是否在以往的 GWAS 研究中被报导，表示该变异位点与哪些疾病相关...
...否影响氨基酸的改变，变异的有害成度注释如SIFT, PolyPhen and Grantham prediction scores, phyloP conservation scores等等，是否为稀有变异最小等位基因MAF<1%（NCBI clinvar 注释）等等注释。 候选致病基因筛选： 根据变异的有害程度，以及是...
...后生成文件如下： 其中at.collinearity 为共线性结果，at.tandem为串联重复基因结果，这两个文件最重要； 2.结合基因家族分析基因加倍与复制 上面做完全基因组共线性分析后，可根据自己的基因家族信息，绘制基因家族圈图...
...置环境变量：export PATH=/share/work/biosoft/gcc/gcc-v6.4.0/bin/:$PATHexport LD_LIBRARY_PATH=/share/work/biosoft/gcc/gcc-v6.4.0/lib64/:$LD_LIBRARY_PATH我这里的LD_LIBRARY_PATH：注意把/share/work/biosoft/gcc/gcc-v6.4.0/lib64/添加进去：LD_LIBRARY_PATH=/share/work/biosoft/gcc/gcc-v6.4....
...SPR设计工具设计）并使用BbsI位点亚克隆到pX459中。使用Lipofectamine 2000将编码gRNA的pX459质粒和三种不同的单链ssODN共同转染到细胞中。产生的突变克隆清楚地表现出具有烷化剂耐受性和突变频率升高的MMR缺陷表型。然而，微卫星...
...习教室也会人满为患。用一位美国教授的话说：“Students of Tsinghua，no Saturday，no Sunday，no holiday！”就是这种精神铸造了清华的神话。不这样就很难考上清华。 有的同学可能会说：你说的很对，但是我们很难让自己坚持下去，...
...因的相关表达数据等；第四列是则是描述信息，第五列是Type。整个文件中。重要的是前四列内容。 针对非模式植物的基因，需要进行功能注释分类，得到对应的mapping文件。注释工作，可以利用网站提供的在线注释工具进行（...
...厚度 thickness=0.03r #染色体厚度</ideogram>karyotype=/share/circos/result/chr.info ##核型文件位置#######此处仅显示针对标签text进行设置<plots> <plot> type=text #限定plot为文本标签 color=red ...
...载地址： https://www.docker.com/get-docker 点击 Download Desktop and Take a Tutorial，并下载 Windows 的版本： 根据不同的平台下载对应的版本： 下载stable版本： 3、运行安装文件 双击下载的 Docker for Windows Installer 安装文件，一路 Next...
...：MADS和K结构域所对应的pfam数据库中的号分别为：PF00319 and PF01486，作者利用pfam号在小麦基因组中查找MADS-box家族基因，一共鉴定出201个 M-I-K-C 家族成员。家族成员根据进化树分成15个亚类，同时也添加了水稻和拟南芥当中的MADS-b...
... 0omicsclass/sratoolkit SRAtoolkit v2.10.3 and aspera v3.9.9.177872 0 下载镜像。 $ docker pull omicsclass/samtoolsUsing default tag: latestlatest: Pulling from omicsclass/samtoolsab5ef0e58194: Already exists417469905807: Already existsed...