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文章 IF=5 | 健康犬的肠道微生物组和代谢组对膳食纤维的反应

...ms》发表了一篇题为“Response of the gut microbiome and metabolome to dietary fiber in healthy dogs”的文章。” 这项研究探讨了膳食纤维与肠道微生物群及其功能之间的相互作用。通过分析健康犬只摄入不同纤维来源和数量的12种食品后的粪便...

文章 fastqc质控报告查看

...p;shareId=400000000234009&courseId=1005231058 2.Basic Statistics Filename:文件名 File type: 文件类型 Encoding:测序平台的版本和相应的编码版本号 Total Sequences: total reads的数量 Sequence length: 测序长度 %GC: GC含量,表示整体序列的GC含量,...

文章 IF=8.78|非肿瘤数据挖掘思路(GWAS Catalog)

...publications and 294591 associations.GWAS Catalog data is currently mapped to Genome Assembly GRCh38.p13 and dbSNP Build 154.   参考文献:Andreassen OA, Djurovic S, Thompson WK, Schork AJ, Kendler KS, O’Donovan MC, Rujescu D, Werge T, van de Bunt M, Morris AP, et al. Improved detection of ...

文章 IF=11.8| 钟花樱的端粒到端粒基因组揭示了樱花亚属的基因组进化

2025年2月 GigaScience杂志发表了一篇题为“The telomere-to-telomere genome of flowering cherry (Prunus campanulata) reveals genomic evolution of the subgenus Cerasus”的基因组组装文章。 研究背景 Prunus campanulata(钟花樱桃)是一种具有重要观赏和遗传价值...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-BCC 基底细胞癌(GSE123813)

... --nUMI.min 500 \ --nUMI.max 40000 \ --nGene.min 250 \ --mito.gene.pattern "^MT.*-" \ --percent_mito 10 \ --log10GenesPerUMI 0.8 \ -o 01.qc -p GSE123813 --metadata GSE123813_bcc_all_metadata.txt.gz​ #降维聚类分析 Rscript $scripts/seurat_sc_cluster.r --rds 01.qc/GSE123...

文章 GEO数据挖掘生物信息文章解读(直肠癌)

...extracellular matrix (ECM) organization, platelet degranulation, response to wounding and extracellular matrix disassembly(下图A)等等。KEGG通路分析发现差异基因主要集中在以下通路:Complement and coagulation cascades, ECM-receptor interaction and Sphingolipid metabolism(...

文章 IF=5.6|GBM单细胞数据挖掘实践

...project GBM -p gbm --sep " " -o 01.read.gbm \ --nGene.min 50 --percent_mito 5代码运行完成结果展示, 不同样本基因数量分布,UMI分布,线粒体分布等:2.4 聚类分析:作者方法中说明的参数较少,不能完全复现文章内容,但是整体结果还是一致的代码一...

问题 GWAS分析排序后出现sortPositions: false keepDepth: false的报错并且没有结果输出是什么原因

...netics.plugindef.AbstractPlugin - Starting net.maizegenetics.analysis.data.FileLoadPlugin: time: Sep 13, 2024 20:33:20 [pool-1-thread-1] INFO net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin - FileLoadPlugin Parameters format: Hapmap sortPositions: false keepDepth: false [pool-1-thread-1] INFO net...

文章 2区SCI赏析—木麻黄中MYB基因家族鉴定及其在盐胁迫中的响应

...(2区,IF=3.497)题为“Genome-wide analysis of MYB transcription factors and their responses to salt stress in Casuarina equisetifolia.”的基因家族分析文章,看看它是如何发到2区期刊的。 文章简介 MYB是植物中最大的转录因子家族之一,是一类能与真...

文章 基因编辑iPSCS敲除技术原理与潜在的治疗应用

...e Park C Y, Kim D H, Son J S, et al. Functional Correction of Large Factor VIII Gene Chromosomal Inversions in Hemophilia A Patient-Derived iPSCs Using CRISPR-Cas9[J]. Cell Stem Cell, 2015, 17(2): 213-220. Burnight E R, Gupta M, Wiley L A, et al. Using CRISPR-Cas9 to Generate Gene-Corrected...

文章 Nature Medicine同期8篇论文,聚焦人工智能在医学领域的应用

...al intelligence 高效医学:人类与智能的融合 作者:Eric J. Topol;单位:Scripps研究所 通过在所有部门中使用标记的大数据以及显著增强的计算能力和云存储,已经实现了人工智能的使用,特别是深度学习。在医学方面,这开始...

文章 IF=4.3|棉花GT64基因家族的泛基因组分析及对黄萎病的表达响应

...题为“Pan-genome analysis of GT64 gene family and expression response to Verticillium wilt in cotton”的泛基因家族文章。” 该文章对8种棉花中GT64基因进行全面鉴定和系统分析,并研究了基因对黄萎病的表达响应。 01 — 家族成员鉴定 文章选取...

文章 微生物生态研究中常用数据库简介--转载

...21. [5]DeSantis T Z, Hugenholtz P, Larsen N, et al. Greengenes, a chimera-checked 16SrRNA gene database and workbench compatible with ARB[J]. Applied andenvironmental microbiology, 2006, 72(7): 5069-5072. [6]Kõljalg U, Nilsson R H, Abarenkov K, et al. Towards a unified paradigm forsequence‐base...

文章 IF=8.7 | T2T康乃馨基因组揭示了相同基因在不同单倍型基因组中的表达差异

...esearch杂志在线发表了一篇题为“The haplotype-resolved telomere-to-telomere carnation (Dianthus caryophyllus) genome reveals the correlation between genome architecture and gene expression”的基因组组装+基因表达水平相关性分析的文章 研究背景 康乃馨(Dianthus ...

文章 植物代谢通路注释+基因表达可视化神器--Mapman

...。 此后,在软件左侧右击Mappings——new mapping——from file,添加刚刚完成注释下载保存的mapping文件,完成添加,点击左侧添加的文件,在右侧中间窗口可以展示mapping文件的结构(如下图),每一个BIN都可以双击展开查看subBINs...