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文章 兰花发育中器官发生的时空图谱数据下载示例

...h.gov/sos1/sra-pub-zq-38/SRR018/18292/SRR18292615/SRR18292615.lite.1#for i in SRR18292615 SRR18292616 SRR18292617;do echo "fasterq-dump --split-3 -O ./ $i.lite.1";echo "pigz $i.lite.1_1.fastq";echo "pigz $i.lite.1_2.fastq";echo "ln -s $i.lite.1_1.fastq.gz ${i}_S1_L001_R1_001.fastq.gz";echo "ln -s $i...

问题 位点注释老师出错，跑不出想要的VCF+txt文件,使用annotate_variation.pl不会报错

...的annotated_variants.refGene.exonic_variant_function.orig文件内容：line3523389 nonsynonymous SNV Os10g0100200:Os10t0100200-01:exon1:c.G87C:p.W29C chr10 44989 44989 G C . . .，但是总是报错：NOTICE: Running with system command <coding_change.pl  /work/my_reseq/innovation.re...

文章 使用Dockerfile制作生物信息分析基础镜像

... Dockerfile 是一个文本文件，其内包含了一条条的 指令(Instruction)，每一条指令构建一层，因此每一条指令的内容，就是描述该层应当如何构建。 还以之前定制 centos7 镜像为例，这次我们使用 Dockerfile 来定制。 在一个空白目...

文章 敏捷实践经验分享，企业如何在敏捷开发中实施DoD

...成。   为了避免这个问题，在敏捷软件开发中，常用Definition of Done“完成的定义”来表示工作是否已完成，不同的活动有不同的完成定义。首先要知道，所有的DoD都不是一成不变的，在随着时间的推移、经验的积累、成员的变...

文章 环境因子分析

...多0值的群落物种数据时，推荐使用） ```{r} otu = decostand(otu, "hellinger") # 将环境因子进行log+1自然对数转化，使得环境因子数据更均一 env = log1p(env)     ``` ## 3 环境因子之间相关性分析(pearson) ```{r} #相关性分析 env_cor...

文章 代谢组数据上传NGDC！简单又快捷！

...数据中心。 2020年中心开发了8个全新数据库 (2019nCoVR，Aging Atlas，BrainBase，CGIR，GTDB，LncExpDB，scMethBank和TransCirc)，更新和丰富了多个核心数据库资源 (BioProject，BioSample，GSA，GWH，GVM，GEN和生物多样性资源等)，涉及疾病、衰老、调...

文章 Python 操作 读取 写出 Excel 文件 提高工作效率

...如 xlrd & xlwt & xlutils 、 XlsxWriter 、 OpenPyXL ，而在 Windows 平台上可以直接调用 Microsoft Excel 的开放接口，这些都是比较常用的工具，还有其他一些优秀的工具这里就不一一介绍，接下来我们通过一个表格展示各工具之间的特...

文章 corrplot包绘制相关性图，简单又好看！

... local({r <- getOption("repos") r["CRAN"] <- "http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/" options(repos=r)}) # 依赖包列表：自动加载并安装 package_list <- c("dplyr","corrplot","RColorBrewer","devtools") # 判断R包加载是否成功来决定是否安装后再加载 for(p in pack...

文章 桑基图绘制

...的分支的宽度对应数据流量的大小，因1898年Matthew Henry Phineas Riall Sankey绘制的“蒸汽机的能源效率图”而闻名，此后便以其名字命名为“桑基图”。 载入数据 rm(list=ls())data("iris")iris$Class <- ifelse(iris$Petal.Width>1.2,"A","B")iris$...

文章 绘制全基因组甲基化图谱

...ble",required=F,default=8,                help="the font size of x and y label [optional, default:8]",                metavar="size")parser$add_argument("-t", "--title.size", type="double",required=F,default=12,                help="the point size [optional, default: 12]",  ...

文章 为什么华为、百度纷纷选择OKR,放弃KPI?

...KR”绩效管理方法。 一、什么是OKR OKR全称是Objectives and Key Results，即目标与关键成果法。它是一套定义和跟踪目标及其完成情况的管理方法，旨在确保员工紧密协作，把精力聚焦在能促进组织成长的、可衡量的贡献上。 OK...

文章 IF=8.7 | T2T康乃馨基因组揭示了相同基因在不同单倍型基因组中的表达差异

...s caryophyllus) genome reveals the correlation between genome architecture and gene expression”的基因组组装+基因表达水平相关性分析的文章 研究背景 康乃馨（Dianthus caryophyllus）是一种极具商业价值的花卉，因其丰富的颜色和形态以及出色的储藏...

文章 混合线性模型中BLUE值 VS BLUP值

混合线性模型中BLUE值 VS BLUP值 最佳线性无偏预测(best linear unbiased prediction， 简称BLUP)，又音译为“布拉普”[1]，是统计学上用于线性混合模型对随机效应进行预测的一种方法。最佳线性无偏预测由C.R. Henderson提出。随机效应的最...

文章 MutMap+和mutmap分析差异（BSA）

...池的好处是可以用于后续假阳性排除：参考文献 https://link.springer.com/article/10.1007/s00122-019-03396-z为了方便分析，作者定义了一个参数SNP-index，突变体类型的SNP所占的比例（也就是上图中右下角图示）相对于野生型亲本，如果没有...

文章 IF=13.8 | 饮食调节山羊肠道微生物的纤维素利用效率

... BMC Plant Biology杂志发表了一篇题为“Dietary selection of distinct gastrointestinal microorganisms drives fiber utilization dynamics in goats ”的宏基因组分析文章。” 01 — 研究背景 整个生物界的生物资源是有限的, 反刍动物(如羊)能够利用人...