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文章 非负矩阵分解（cNMF）

...序，比如2022年7月发表在《Nature Genetics》题为Single-nucleus and spatial transcriptome profiling of pancreatic cancer identifies multicellular dynamics associated with neoadjuvant treatment的文章中，研究者使用共识非负矩阵分解（cNMF）从头学习了跨不同肿瘤的...

文章 高质量黑麦基因组组装揭示重要农艺性状基因

...t al.A high-quality genome assembly highlights rye genomic characteristics and agronomically important genes[J].Nature Genetics[2023-09-27].DOI:10.1038/s41588-021-00808-z.

文章 跨物种进化研究必备的‘单拷贝直系同源基因’如何查找

...为例，详细介绍Orthomcl的使用。 辅助模块 Orthomcl需要的linux详细配置，简单叙述。 　　系统：unix 　　BLAST：我们推荐NCBI的 BLAST， 　　Database：oracle 或 mysql，下文我们选择mysql来进行阐述. 　　Hardware：内存4G，硬盘100G 　　M...

文章 从技术雷达看​DevOps的十年——容器技术和微服务

...构师需要掌握新的技能，特别是领域驱动设计(Domain-Driven-Design，DDD)以及端口-适配器模式，采用六边形架构来描述微服务架构，就会使你对整个架构的理解更加清晰。除了开发、基础设施、架构问题以外。微服务的测试是一个更...

文章 ANNOVAR注释变异VCF结果说明

...要对这些变异进行注释，ANNOVAR利用 ANNOVAR（http://www.openbioinformatics.org/annovar/）（Wang K et al.2010）软件对 SNP 进行注释，其中包括 dbSNP 数据库、千人基因组计划和其他已有的数据库的注释信息，注释内容涵盖变异的位置信息，类型...

问题 得到INDEL,在做注释的时候报错。

NOTICE: Running with system command <coding_change.pl  /public/home/majieyu/perl5/ppgwas/reseq/reseq_demo//5.var_ann/indel.refGene.exonic_variant_function.orig /public/home/majieyu/perl5/ppgwas/reseq/reseq_demo//ref/unknown_refGene.txt /public/home/majieyu/perl5/ppgwas/reseq/reseq_demo//ref/unkn...

文章 envfit()的线性拟合：非约束排序（PCA、CA、PCoA、NMDS）

...<- read.delim('phylum_table.txt', row.names = 1, sep = '\t', stringsAsFactors = FALSE, check.names = FALSE) #读取环境数据env <- read.delim('env_table.txt', row.names = 1, sep = '\t', stringsAsFactors = FALSE, check.names = FALSE)   主成分分析（PCA...