问题 老师你好，在家族分析中，用get_gene_weizhi.pl脚本提取序列位置时，每次提取的都是空文件，后来发现蛋白的ID和基因的ID不同，不知道怎样解决希望老师指点一下，不胜感激！！

这是我提取的蛋白ID 这是GFF3文件

问题 在基因家族分析时，保留编码蛋白基因命令时出现 “bash: agat_sp_filter_feature_by_attribute_value.pl: command not found”

镜像版本是omicsclass/gene-family:latest

问题 dadi 分析

θ = 17446.42     nu1=0.0855   nu2= 0.0833   m12= 10.5131   m21= 5.9871   T= 0.0933          根据这个模型我计算出来了这些参数，物种是山羊， 我想知道这个T是不是指的基因交流时间？怎么计算出这个时间，还需要哪些参数？另外，n...

问题 在WGCNA分析中，利用动态剪枝法划分模块后，通过剪枝高度合并模块，发现某一模块基因大量增多，这可能是这一些模块相似性太高了，我想可不可以不进行模块合并，直接进行后面与模块进行关联

问题 老师，您好，微生物多样性分析课程里质控数据统计分汇总中的$scriptdir/qc_stat.qc脚本是样本名称吗，下载了公众号的文件，没找到scripts文件，这一步不知道怎么运行了

文章 R高效数据处理包—reshape2 长数据 vs 宽数据

...实际应用中，宽型数据更具可读性，长型数据则更适合做分析。因此，知道如何在它们之间进行转换非常有用。 reshape2包中两个主要的函数是： melt——将宽型数据融合成长型数据cast——将长型数据转成宽型数据 melt 接下来...

问题 使用ensembl下载的人gff3文件进行基因家族分析时，保留编码蛋白基因的命令无法识别人的gff3文件（描述中为日志）

[root@7f6d1fb335c2  10:35:58 /work/desaturase/01.data_prepare]# genome=Homo_sapiens.GRCh38.dna.toplevel.fa.gz [root@7f6d1fb335c2  10:36:17 /work/desaturase/01.data_prepare]# gff=Homo_sapiens.GRCh38.112.chr.gff3.gz [root@7f6d1fb335c2  10:36:31 /work/desaturase/01.data_prepare]# species=Homo_sapi...

文章 鉴定组装植物病毒——系统详尽的植物病毒学！

...应，主要是通过重测序、转录组、小RNA等发法鉴定病毒及分析植物对病毒的防卫反应； 16-18章阐述的是传染性cDNAs的构建方法； 19-20章主要描述植物病毒病的防控，值得一提的是第19章介绍利用小RNA干扰的方式降解目标病毒...

文章 利用samtools截取基因组上指定位置的序列

...构+motif—1张图全显示| 基因组间共线性图 | 多方法、多版本的微生物网络图绘制课程 | 热图竟然还能用Excel来画 | Cytoscape-网络图绘图技巧 | 怎么做一张好看的分类学树状图 |

文章 ggplot2不同几何对象所能对应的图形属性

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问题 MCScanX共线性图与拟南芥示例有些不一样

老师您好！我按照课程先做了小麦基因组的共线性分析 然后又进行了基因家族的共线性分析，基因家族成员大约有400多个，运行过程没有问题，但是最后得到的图片如下，基本看不到灰色的线,整个圈内都成了灰色的，family.ctl ...

问题 结构变异与保守结构域分析

老师，我在MEME网站上下载保守结构域图，发现点下载PDF下载下来的是前26行，没有后面80行，该怎么全部基因组的图呢？另外，我发现我的大多数基因组都相似，但和参考基因组（图上Yugu1_T2T.genome）不一样，是怎么回事呢， 在...

文章 运行命令makeblastdb建库时报错，生成pdb-lock 空文件。

运行命令makeblastdb -in all.pep.fa -dbtype prot -title all.pep.fa 时卡住报错，生成all.pep.fa.pdb-lock 空文件。 解决：makeblastdb 工具版本问题，从2.13.0版本改成2.6.0版本，就可以正常运行

文章 群体结构分析structure原理

1 为什么要分析群体结构structure？ Structure图在开发之初，就使用了与进化树或PCA截然不同的算法，所以能够解决后两者不能解决的问题。具体的算法思路我在下文会解释，我们先直接解读structure图形的意义。当然，我们也不能...

文章 饼图pie-ggplot2

...程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学...