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文章 Samtools截取基因组序列（Docker篇）

...      0omicsclass/sratoolkit          SRAtoolkit v2.10.3 and aspera v3.9.9.177872     0 下载镜像。 $ docker pull omicsclass/samtoolsUsing default tag: latestlatest: Pulling from omicsclass/samtoolsab5ef0e58194: Already exists417469905807: Already existsed...

文章 微生物组间差异分析之LEfSe

...的丰度信息的表格转化成LEfSe识别的格式。这一步会生成.in结尾的文件 第二步：这一步也是最关键的一步，统计显著差异的biomarker、统计子组组间差异、统计effect sizes（LDA score），会生成.res格式的文件。如下图所示 Step1：两组...

文章 研究miRNA必备的分析网站汇总！

...守的8mer和7mer位点来预测靶基因。 http://www.targetscan.org/miRandamiRanda是John等于2003年5月开发的第一个miRNA靶基因预测软件。miRanda适用范围广泛，不受物种限制，同时提供了 windows,linux,和macintosh多平台版本，可以下载到本地运行。 ht...

文章 最新研究：爱笑的人，论文质量一般不会太差......

...人。 这里就涉及到了一种研究方法——薄切片研究法(thin-slicing research methodology)， 薄切片研究法的大致意思就是：利用某个人行为的一个非常薄的切片(例如选择一张简介照片)去评估这个人的情绪， 比如：一个在简介照片上...

文章 一大波三代文章正在来袭！有没有你滴？

...明这些基因也可能参与丹参酮的合成。 isoform detection and prediction (IDP)分析共得到16241条isoform，其中包括10 323 multi-exon基因， 在这10323个multi-exon基因中有4165 (40%)发生了可变剪接，其中多于15%的发生了多于2种的可变剪接方式。...

文章 R语言中实现方差分析及其可视化

...内置数据PlantGrowth集为例。不同地块（ ‘ctrl’, ‘trt1’, and ‘trt2’）种植的植物的产量（weight）数据；解决的问题如下1.不同地块产量是否存在差异2.trt1与trt2是哪块差异更大 ##正态性检验my_data <- PlantGrowthshapiro.test(my_data$wei...

文章 Mapchart绘制基因染色体位置图

最近，MapGene2Chrom web v2（http://mg2c.iask.in/mg2c_v2.0/）偶有“歇菜”，让我们想简单的画画基因的染色体位置图都不方便。在这里，小编给 大家介绍一个比较早的软件Mapchart，来帮助我们解决这一烦恼。 Mapchart是Windows系统下，进行...

文章 基因/蛋白序列结构图绘制-IBS的使用

...主菜单栏download，IBS已经更新了4个版本，根据需求选择Windows或者Mac等版本，如果不是JAVA的运行环境，需要先安装运行JAVA（ https://www.java.com/ ）。 使用在线版则点击download右侧WEB SERVER即可。 IBS绘图 想要绘制基因或蛋白的序...

文章 BSA分析之MutMap分析原理详解！

...都是是纯合的。为了方便分析，作者定义了一个参数SNP-index，突变体类型的SNP所占的比例（也就是上图中右下角图示）。那么在突变位点，SNP-index为1，越往两侧，SNP-index越小，并最终接近于0.5。对SNP-index进行滑窗作图后，就会...

文章 IF=5.6|GBM单细胞数据挖掘实践

...astoma cell differentiation trajectory predicts the immunotherapy response and overall survival of patients. Aging (Albany NY). 2020 Sep 21;12(18):18297-18321. doi: 10.18632/aging.103695. Epub ahead of print. PMID: 32957084; PMCID: PMC7585071.延伸阅读GEO数据库挖掘—WGCNA鉴定骨肉瘤转...

文章 OTUtable标准化方法

1.抽平方法： single_rarefaction.py -i pick_de_novo_otus/otu_table_clean.biom -o pick_de_novo_otus/otu_table_clean_rare.biom -d 2032 2.css方法或者deseq2方法 normalize_table.py -i otu_table_clean.biom -a CSS -o otu_table_clean_css.biomnormalize_table.py -i otu_table_clean.biom -a DESeq...

文章 阿里云短信发送API笔记

...uest├── aliyunsdkdysmsapi #原aliyunsdkdysmsapi库│ ├── init.py│ └── request├── const.py #配置key、secret等参数├── demo_sms_api.py #通过mns获取队列回执├── demo_sms_query.py #短信发送状态查询├── demo_sms_se...

文章 木薯KUP基因家族分析-基因组质量差也挡不住基因家族鉴定分析

...容解读： 1. 木薯中KUP基因家族鉴定 首先，作者从UniPort and RGAP蛋白质收录数据库网站中分别下载拟南芥和水稻中KUP家族基因的蛋白序列作为种子序列建立KUP基因家族基因的HMM隐马尔科夫模型；基于这个模型再利用hmmer搜索木薯...

文章 TCGA数据库重大更新-数据如何下载？

...最新的数据，详细代码及说明如下： #安装最新的 TCGAbiolinks R 包 BiocManager::install("BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks") #一个方法，可以将ensembl ID 转换成 gene name ensemblToName<-function(expr,gene.info){ expr=as.data.frame(expr) #顺序保持一致 gene.i...

文章 linux系统当中源码安装R，无root权限安装

...，或者有些包根本安装不上去，所以必须更新一下自己linux 上的R版本了，这里我源码安装了一下R最新版本，分享一下。一、安装依赖库：可参照这个地方：http://pj.freefaculty.org/blog/?p=3151.安装zlib1.2.5版本及以上cd zlib-1.2.11 ./configur...