文章 进化树构建方法及原理

...）保守区用于构建进化树保守区选择是系统发育分析过程中一个重要的步骤。分析时可以选择保守位点，也可以选择基因全长序列，但是当序列差异大时，建议保留保守序列用于进化树构建。常用的保留序列保守区的软件有Gblock...

问题 老师们，想问一下我有留下来的snp数据，需要用snp2caps分析酶切位点，这个软件如何使用

导入了最新的内切酶，我的Excel数据导入哪里

问题 老师，我想在TCGA数据库里提取用药相关的临床信息，不知道怎么下载？用别人提供的R需要下载出来的都只有年龄，性别等一些信息。

问题 想问下用ADMIXTURE进行群体结构分析后，用课程提供代码可视化的时候，一直出现如下图的报错是怎么回事儿？应该怎么办？谢谢大家。

问题 用MCScan做共线性分析时，准备allmRNAID.txt文件，发现有些转录本定位在了contig上，这些定位在contig上的转录本需要算进去吗？

问题 老师，我用自己的电脑跑代码，跑到构建进化树时显示错误，但是我把所有的软件都关掉了也一样，重启也一样，这个是什么原因呢

文章 高质量黑麦基因组组装揭示重要农艺性状基因

...源自网络) 三.研究结果 1. 基因组组装与注释 该篇文章中，作者使用了多种组装策略，利用高通量二代测序、PacBio单分子测序、染色质三维构象捕获 (Hi-C)、单分子光学图谱（Bionano）和高密度遗传图谱等技术构建了一个高质量...

问题 老师，从原版上或者你的改进版上下载或者安装qtlseq的时候，用conda创建环境安装的时候，怎么分别安装到两个人的版本？

如果我利用下面的安装，我安装的是黄老师的，还是原来的那个人的？怎么分别？或者怎么安装到两个版本

文章 TCGA数据处理流程中各种组织机构介绍

图中总结了TCGA的样品到数据处理流程： 1.组织样本及其临床数据是由Tissue Source Sites(TSS)组织来源点收集的，然后送交给Biospecimen Core Resources(BCRs)生物标本核心资源。 2.BCRs提交临床数据和元数据到Data Coordinating Center(DCC)数据整...

问题 老师，您好。我用这个流程做另外一个基因家族，从ncbi下载下这些RNA Seq的sra文件之后该怎么继续做下去？期望能得到您的帮助。

问题 老师您好我用咱们线下课程的代码做WGCNA，和样品数据相比，我自己的数据在第一步输出的结果都不一样。麻烦老师帮忙解答一下

问题 对于基因家族进化树构建前的一步，请问用MAFFT进行序列对齐、gblocks提取保守结构域、clustalw进行多重序列比对这三个动作的最佳先后顺序是什么？？

问题 老师好，请问做ITS真菌多样性，计算a多样性的时候应该用什么代码啊？我直接删掉-t及后面的进化树文件就报错了

问题 老师您好，用tassal跑出的曼哈顿图没有数据点，但qq图正常，gemma也一样是什么原因？还有var.txt 大小为0是怎么回事

问题 老师您好，做基因家族分析有几个问题不明白想问问您：（1）实在找不到组装到染色体的基因组，可以用scaffold水平的画基因重复性图吗？会不会影响发文章 （2）能不能分析两个比较有相关性的基因家族或者结合转录组分析，增加一点文章接受几率？（3）用hmmsearch筛选蛋白，构建新模型，再筛选，筛出来200多个蛋白，但是alignment之后发现保守结构域差别很大，gap特别多，是出了什么问题吗？