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文章 基因家族分析文章思路解析

...了一篇毛竹bHLH基因家族分析文章（发表在《Plant Physiology and Biochemistry》（IF=2.718）上），这篇文章于2018年7月9日投稿，8月28日就返修并接收了，可见该类型文章仍然在不停的产出。 此类论文写作模式类似，且近年发表数量依...

文章 WGCNA、生存分析、ROC共同筛选biomarker

...疾病的诊断和治疗。 参考文献: Yang Q, Wang R, Wei B, et al. Candidate Biomarkers and Molecular Mechanism Investigation for Glioblastoma Multiforme Utilizing WGCNA[J]. BioMed research international, 2018. 相关课程： TCGA-基因差异表达分析、 TCGA-生存分析 、 G...

文章 简单实验+蛋白质组=4分文章， So Easy！

...状态。因此，小编就用一篇今年10月12号发表在“Frontiers in Microbiology”上的蛋白质组学文章为大家简单介绍一下研究思路。 01/研究材料 本文的研究对象是灰霉病菌，具体是采用茶树油（TTO）处理灰霉病菌，取未处理的作为对照...

文章 NCBI上传高通量测序数据到SRA数据库 aspera 支持续传

...文件数量有限；一旦链接断开就得重新来： 这里介绍用linux中aspera的命令行来执行上传数据，会更稳定： linux当中安装与使用： 1.安装，下载地址：https://downloads.asperasoft.com/en/downloads/62 得到文件如下： 64-bit Linux: aspera-cli-x....

文章 GWAS cFDR 多效基因分析

...unction(p1,p2,                            xlab=expression(nominal-log[10]~~(q[expected])),                            ylab=expression(empirical-log[10]~~(p[observed])),t="Stratified Q-Q Plot"){        library(ggplot2)        #p1 = p1[p1!=0]        #p2 = p2[p2!...

文章 蛋白信号肽预测—SignalP使用详解

...utoffvalues一般默认即可；结果图片格式可以选择第三个PNG and EPS（矢量格式）；输出格式一般选择Standard 和Long；Method选项是区分蛋白序列中是否存在跨膜区域（TM regions），假如明确知道无跨膜区域，就选择不包括跨膜区域预测会...

文章 cutree对pheatmap返回结果实现聚类cluster划分

... by hclust. cutree() only expects a list with components merge,height, and labels, of appropriate content each.kan integer scalar or vector with the desired number of groupshnumeric scalar or vector with heights where the tree should be cut. 所以将热图结果中的list$tree_row作为tree...

文章 25天破解“粮食杀手”草地贪夜蛾基因组

...境内的草地贪夜蛾可能是从非洲入侵（注：这里原文说是invaded from Africa，但新华每日电讯的稿件说是从美国飞入）。这些族群信息、基因组特性、入侵预测都为害虫的防治提供了重要的帮助。 为什么我的测序这么慢？ 人家做...

问题 rnaseq分析中片段inner size出现问题

片段inner size，片段选择是否异常 输入命令后：for i in DL125NS1 DL125NS2 DL125NS3 DL125PS1 DL125PS2 DL125PS3; do echo "RUN CMD: inner_distance.py -i $workdir/3.map/hisat2/${i}.bam  -r $GENE_BED  -o ${i}_inner_size" inner_distance.py -i $workdir/3.map/hisat2/${i}.bam  -r $GENE...

文章 BMC genomics|26个玉米基因组中萜烯合酶的多重变异模式

...族分析文章——“Multiple variation patterns of terpene synthases in 26 maize genomes”于今年发表在BMC genomics杂志上，影响因子为4.4，中科院分区为2区。 在玉米中，有一种重要的次生代谢产物——萜类化合物，在玉米的生长，授粉，抗虫...

文章 进化树构建的方法及原理详解

...Comparison of the accuracies of several phylogenetic methods using protein and DNA sequences. Mol Biol Evol. 2005 Mar;22(3):792-802. doi: 10.1093/molbev/msi066. Epub 2004 Dec 8. Erratum in: Mol Biol Evol. 2005 Apr;22(4):1160. PMID: 15590907.模型计算公式：https://cran.r-project.org/web/package...

文章 ggplot2点图geom_point中点的shape有多少？

ggplot2可以利用geom_point绘制散点图，而点的形状控制参数shape会显示多少效果呢？(注意此处只介绍shape的设定，不是aes(shape)映射） 可以通过查询?shape 获得以下内容： # Shape examples # Shape takes four types of values: an integer in [0, 25], #...

文章 百万样品GWAS解释精神疾病间的遗传关系

...考文献奉上： Verneri Anttila et al. Analysis of shared heritability in common disorders of the brain. Science, 2018; 360 (6395): eaap8757 DOI: 10.1126/science.aap8757

文章 IGV可视化使用

IGV是什么    Integrative Genomics Viewer(IGV) 是一款针对高通量测序数据进行可视化的专业软件。如转录组测序Reads与参考基因组序列比对结果，物种参考基因组序列和注释文件，都可使用IGV进行可视化浏览。 它支持各种数据类型，...

文章 按物种拆分blast本地库

...ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/taxonkit: https://bioinf.shenwei.me/taxonkit/download/ 二、构建本地库 2.1、解压 gzip -d nr.gz mv nr nr.fa gzip -d prot.accession2taxid.gz gzip -d taxdump.tar.gz 2.2、nr本地库构建 makeblastdb -in nr.fa -dbtype prot -title nr -...