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文章 IF=5.6|GBM单细胞数据挖掘实践

...astoma cell differentiation trajectory predicts the immunotherapy response and overall survival of patients. Aging (Albany NY). 2020 Sep 21;12(18):18297-18321. doi: 10.18632/aging.103695. Epub ahead of print. PMID: 32957084; PMCID: PMC7585071.延伸阅读GEO数据库挖掘—WGCNA鉴定骨肉瘤转...

文章 OTUtable标准化方法

1.抽平方法： single_rarefaction.py -i pick_de_novo_otus/otu_table_clean.biom -o pick_de_novo_otus/otu_table_clean_rare.biom -d 2032 2.css方法或者deseq2方法 normalize_table.py -i otu_table_clean.biom -a CSS -o otu_table_clean_css.biomnormalize_table.py -i otu_table_clean.biom -a DESeq...

文章 BSA分析之MutMap分析原理详解！

...都是是纯合的。为了方便分析，作者定义了一个参数SNP-index，突变体类型的SNP所占的比例（也就是上图中右下角图示）。那么在突变位点，SNP-index为1，越往两侧，SNP-index越小，并最终接近于0.5。对SNP-index进行滑窗作图后，就会...

文章 阿里云短信发送API笔记

...uest├── aliyunsdkdysmsapi #原aliyunsdkdysmsapi库│ ├── init.py│ └── request├── const.py #配置key、secret等参数├── demo_sms_api.py #通过mns获取队列回执├── demo_sms_query.py #短信发送状态查询├── demo_sms_se...

文章 木薯KUP基因家族分析-基因组质量差也挡不住基因家族鉴定分析

...容解读： 1. 木薯中KUP基因家族鉴定 首先，作者从UniPort and RGAP蛋白质收录数据库网站中分别下载拟南芥和水稻中KUP家族基因的蛋白序列作为种子序列建立KUP基因家族基因的HMM隐马尔科夫模型；基于这个模型再利用hmmer搜索木薯...

文章 TCGA数据库重大更新-数据如何下载？

...最新的数据，详细代码及说明如下： #安装最新的 TCGAbiolinks R 包 BiocManager::install("BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks") #一个方法，可以将ensembl ID 转换成 gene name ensemblToName<-function(expr,gene.info){ expr=as.data.frame(expr) #顺序保持一致 gene.i...

文章 linux系统当中源码安装R，无root权限安装

...，或者有些包根本安装不上去，所以必须更新一下自己linux 上的R版本了，这里我源码安装了一下R最新版本，分享一下。一、安装依赖库：可参照这个地方：http://pj.freefaculty.org/blog/?p=3151.安装zlib1.2.5版本及以上cd zlib-1.2.11 ./configur...

问题 位点注释老师出错，跑不出想要的VCF+txt文件,使用annotate_variation.pl不会报错

...的annotated_variants.refGene.exonic_variant_function.orig文件内容：line3523389 nonsynonymous SNV Os10g0100200:Os10t0100200-01:exon1:c.G87C:p.W29C chr10 44989 44989 G C . . .，但是总是报错：NOTICE: Running with system command <coding_change.pl  /work/my_reseq/innovation.re...

文章 使用Dockerfile制作生物信息分析基础镜像

... Dockerfile 是一个文本文件，其内包含了一条条的 指令(Instruction)，每一条指令构建一层，因此每一条指令的内容，就是描述该层应当如何构建。 还以之前定制 centos7 镜像为例，这次我们使用 Dockerfile 来定制。 在一个空白目...

文章 敏捷实践经验分享，企业如何在敏捷开发中实施DoD

...成。   为了避免这个问题，在敏捷软件开发中，常用Definition of Done“完成的定义”来表示工作是否已完成，不同的活动有不同的完成定义。首先要知道，所有的DoD都不是一成不变的，在随着时间的推移、经验的积累、成员的变...

文章 环境因子分析

...多0值的群落物种数据时，推荐使用） ```{r} otu = decostand(otu, "hellinger") # 将环境因子进行log+1自然对数转化，使得环境因子数据更均一 env = log1p(env)     ``` ## 3 环境因子之间相关性分析(pearson) ```{r} #相关性分析 env_cor...

文章 代谢组数据上传NGDC！简单又快捷！

...数据中心。 2020年中心开发了8个全新数据库 (2019nCoVR，Aging Atlas，BrainBase，CGIR，GTDB，LncExpDB，scMethBank和TransCirc)，更新和丰富了多个核心数据库资源 (BioProject，BioSample，GSA，GWH，GVM，GEN和生物多样性资源等)，涉及疾病、衰老、调...

文章 corrplot包绘制相关性图，简单又好看！

... local({r <- getOption("repos") r["CRAN"] <- "http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/" options(repos=r)}) # 依赖包列表：自动加载并安装 package_list <- c("dplyr","corrplot","RColorBrewer","devtools") # 判断R包加载是否成功来决定是否安装后再加载 for(p in pack...

文章 Python 操作 读取 写出 Excel 文件 提高工作效率

...如 xlrd & xlwt & xlutils 、 XlsxWriter 、 OpenPyXL ，而在 Windows 平台上可以直接调用 Microsoft Excel 的开放接口，这些都是比较常用的工具，还有其他一些优秀的工具这里就不一一介绍，接下来我们通过一个表格展示各工具之间的特...

文章 桑基图绘制

...的分支的宽度对应数据流量的大小，因1898年Matthew Henry Phineas Riall Sankey绘制的“蒸汽机的能源效率图”而闻名，此后便以其名字命名为“桑基图”。 载入数据 rm(list=ls())data("iris")iris$Class <- ifelse(iris$Petal.Width>1.2,"A","B")iris$...