在人类基因组的广袤海洋中，隐藏着许多生物学上重要的结构，其中之一就是CpG岛。这些富含CpG二核苷酸的DNA序列区域在基因表达调控中扮演着关键角色。然而，要想有效地理解这些岛屿的功能，首先需要能够准确地预测它们的...
...是一个判断是否显著的阈值。但是在对多组数据同时进行比较的时候，简单地使用0.05作为阈值可能就不那么合适了。换句话说，在同时对多组数据进行处理和比较的时候，很可能其中部分数据因为随机效应而超过阈值，造成假...
...成一个表格如下： distance based表示：特殊转换后的相异系数矩阵，bray curtis距离、Jaccard 距离，Unifrac距离矩阵 Raw dada based表示：输入的为不经转换的欧式距离 这里面牵涉到排序、降维排序、非约束排序和约束排序排序、线...
...表，做好高级个性化分析发表高分1区不是梦！T2T基因组/比较基因组/泛基因组分析学习链接：T2T基因组组装与注释分析；动植物泛基因组分析 ；比较基因组分析4. 群体重测序遗传进化分析+GWAS文章，篇篇10+分，缩短分析周期，...
...软件就是STRUCTURE。但Structure分析还有其他软件可以选择。比较经典的软件包括：ADMIXTURE、FRAPPE。这两个软件的运行速度都大大超过STRUCTURE。但FRAPPE的不足没有提供方法估算最佳K值。ADMIXTURE使用与STRUCTURE相同的模型，而且运行效...
...跳转进入具体的显示界面，并可以开始对进化树进行显示调整和美化操作。各项显示的操作主要在右侧Controls面板进行，包括基础(basic)的进化树显示性状、标签字体大小、枝长、角度等等，同时还包括进一步的调整（advanced)，具...
...万。 在大公司待过的都知道，大公司做事的过程其实是比较严谨和缓慢的，这可能是任何一家大型组织的共性。 以前在京东做产品，可能有近三分之一以上的时间是在找人，有时候甚至是一半的时间都是在找人。 真的一点都...
...生物学重复，在这部分数据介绍时依然是传统套路，整体比较不同品种间或不同发育阶段间的差异表达基因数及基因功能注释差异。时间倒退六七年，写到这里再做个qPCR就可以发文章，不过现在可不行了，继续看看作者如何行...
我所注释的物种比较小众，是真菌。拟南芥等基因组比较大，老板说不用跟他对比，所以我找了两个他的同源物种但是并没有结果。本物种的参考基因组没有相关的gff文件，我应该怎么注释。
...以及距离计算方法的选择。比如我只想保留pearson,spearman系数>0.8的边构建网络，如何进行设置呢，看教程好像是采用Pearson、Spearman、BC以及KLD4方法组合，但并没有进行其大小的设置，这个设置了选择范围与后面的网络阈值的设...
有什么工具比较方便进行韦恩图的绘制
...，然后对在同一条染色体上的SNP标记的Δ(SNP_index)进行LOESS回归拟合，获得关联的阈值，选择阈值以上的区域作为与性状相关的关联区域，最后通过注释信息找到备选的突变基因。SNP-index方法通常需要亲本的测序信息，这样做有两...
...！ iTOL简介 iTOL是一款进化树在线展示及注释工具，操作比较简单，但功能非常强大。不仅能够对进化树实现调整树枝、标签的颜色、形状和字体等常规编辑，更能导入不同的注释信息，展示更多的数据信息。iTOL网站地址：http:...
...方法，要求：方差齐性、正态分布。如T检验（两组之间比较差异），ANOVA（多组之间比较分析差异）等 非参数检验：即不考虑总体分布类型是否已知，不比较总体参数，只比较总体分布的位置是否相同的统计方法，要求：总体...