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问题 请问:要注释的fa文件同源注释的时候,所选的两个物种没有结果,注释迁移失败。应该如何注释

我所注释的物种比较众,是真菌。拟南芥等基因组比较大,老板说不用跟他对比,所以我找了两个他的同源物种但是并没有结果。本物种的参考基因组没有相关的gff文件,我应该怎么注释。

文章 腾讯、阿里、百度的项目管理能力为什么这么强?

...万。 在大公司待过的都知道,大公司做事的过程其实是比较严谨和缓慢的,这可能是任何一家大型组织的共性。 以前在京东做产品,可能有近三分之一以上的时间是在找人,有时候甚至是一半的时间都是在找人。 真的一点都...

问题 韦恩图(Venn)如何绘制?

有什么工具比较方便进行韦恩图的绘制

文章 在线进化树美化网站-iTQL

...跳转进入具体的显示界面,并可以开始对进化树进行显示调整和美化操作。各项显示的操作主要在右侧Controls面板进行,包括基础(basic)的进化树显示性状、标签字体大、枝长、角度等等,同时还包括进一步的调整(advanced),具...

文章 如何正确选择差异统计检验

...方法,要求:方差齐性、正态分布。如T检验(两组之间比较差异),ANOVA(多组之间比较分析差异)等 非参数检验:即不考虑总体分布类型是否已知,不比较总体参数,只比较总体分布的位置是否相同的统计方法,要求:总体...

文章 BSA分析算法中的ED算法和SNP-index有什么区别?

...,然后对在同一条染色体上的SNP标记的Δ(SNP_index)进行LOESS回归拟合,获得关联的阈值,选择阈值以上的区域作为与性状相关的关联区域,最后通过注释信息找到备选的突变基因。SNP-index方法通常需要亲本的测序信息,这样做有两...

问题 用Conet对Otu构建网络时,参数的设置问题

...以及距离计算方法的选择。比如我只想保留pearson,spearman系数>0.8的边构建网络,如何进行设置呢,看教程好像是采用Pearson、Spearman、BC以及KLD4方法组合,但并没有进行其大的设置,这个设置了选择范围与后面的网络阈值的设...

文章 blast 中的e-value值如何理解?

最近在使用blast进行序列检索的时候,有两个比较重要的评价标准,即Max score和e-value: score值很好理解,即根据不同的打分矩阵,对序列间的匹配程度进行打分,得分矩阵比如PAM和BLOSUM(氨基酸): e-value值的概念看起来就相...

问题 在Method menu进行相关性、相似性以及距离计算时,我想设定pearson,spearman系数>0.6的边构建网络 在Method menu进行相关性、相似请问老师设置参数的时。是在进行permutation时设置,还是在进行Bootstrap时设置。

文章 Excel快速画出美观饼图

...直接分析数据,合理形成初始图片,之后进行多方面细节调整即可。 2、如果没有圈选该两列数据,直接点击“插入“,并选择了饼图,设定图片类型,将显示出空白图表区。此时需要右键点击图表区——>点击“选择数据”...

问题 我想问下我在可视化的时候,部分窗口(点)展示不完全(只展示半个点)我应该怎么调整?点的大调整过了 还是不行。需要用哪个参数进行调整呀?谢谢各位大佬!

文章 iTOL绘制好看的系统发育树

...! iTOL简介 iTOL是一款进化树在线展示及注释工具,操作比较简单,但功能非常强大。不仅能够对进化树实现调整树枝、标签的颜色、形状和字体等常规编辑,更能导入不同的注释信息,展示更多的数据信息。iTOL网站地址:http:...

问题 单细胞测序数据做聚类分析后图片聚类结果不清晰且很丑,应该调整哪些参数?怎么调整

老师好!单细胞测序数据做聚类分析后图片聚类结果不清晰且很丑,应该调整哪些参数?怎么调整

文章 R markdown 常用设置

...使只有一个错误,文档生成也会失败。 12.当R Markdown文章比较长,包含的R代码比较多, 或者代码段运行需要比较长时间时,反复编译整篇文章会造成不必要的计算,因为有些代码段并没有修改,依赖的数据也没有改变。 knitr提...

问题 重复文章代码出错

...在“人工智能(AI)在微生物组中的应用-随机森林分类与回归预测 ”一文中,运行到第10步(如上图)出错,提示:Error in rfImpute.default(m, y, ...) : No NAs found in m    请问,该如何解决,谢谢!