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文章 R高效数据处理包—reshape2 长数据 vs 宽数据

...何使用reshape2包将宽型数据转换成长型数据,反之亦然。这个是由Hadley Wickham开发和维护的。 升级包 tidyr:https://www.omicsclass.com/article/1475 长数据 vs 宽数据 对于宽型数据,每列代表一个不同的变量。例如datasets包中的mtcars...

文章 boxplot绘图中的离群值Outliers 如何去除

...间。 有时候我们需要对boxplot中的异常值进行去除,这个时候我们可以利用R语言的boxplot完成: 得离群值的索引: OutVals = boxplot(x)$out which(x %in% OutVals) 如果想删除离群值: x[! x %in% OutVals] 不想绘图,只想得结果可...

文章 Sci-hub一键下载文献-真香!内有详细设置教程!

...载安装任意版本的谷歌浏览器;2、安装谷歌访问助手,这个插件安装成功之后可以让你更好的使用谷歌浏览器,同时可以正常的使用谷歌学术搜索文献。安装方法可以参考我们之前的文章《谷歌学术搜索可以用了!》(此处可...

文章 空间转录组数据预处理

...python里查看,结果里会直接提供一个html文件,我们可以通过这个文件对结果做一个简单的了解 这个UMI实际上是一段短的随机的核苷酸序列,文库构建的时候就被添加上去了,目的是为了计数每个原始序列的拷贝数,防止pcr扩增偏差...

文章 华西博士3年发46篇SCI论文,论文高产的秘诀你知道吗?

...?而且头发还那么浓密? 所谓人红是非多, 果不其然,这个邓学霸就因为论文“高产”遭了很多的讨论乃至非议。 想要“质疑”别人,首先得拿出“证据”来, 学霸姐姐作为一只柠檬精,去搜索了一下邓同学的46篇文章, ...

文章 读博的目的,就是为了进高校当老师?真相是——

...211的研究生,只要是进入互联网行业,基本上都能够达这个工资水平,甚至远超这个水平。 然而,还是有很多人宁愿去当老师,不愿意去企业。 因为我国的博士教育,当下确实有严重的师范化倾向, 大家都觉得高校...

文章 WGCNA知识点详解-提升你的转录组论文档次

...对样本数量的要求? 一般来说需要至少15个样品以上,这个是包含了生物学重复的(如5个点,各3个重复)。当然,样品数量越多,结果会越准确。 3、不同批次的测序数据可以放在一起进行WGCNA分析么? 理论上是可以的,但...

问题 (WGCNA) 已有基因模块分析结果,如何将其继续转换成可以用于cytoscape作图的文件?

...代码做基因-模块相关性分析热图(如下图),我这里有这个图相关的数据(包含所有样本基因与模块特征值的相关系数与P值),不知道可不可以这个数据切入原本的WGCNA分析过程里面?

文章 你不知道的微生物互作分析方法

...这一分析方法开发出了Cytoscaep相应的分析插件CoNet,利用这个插件可以直接进行分析,操作简单上手快! 数据准备 CoNet分析应用的文件可以是BIOM文件,可以是由它转换而来的OTU丰度矩阵文件。格式上的要求(如下图):第...

文章 Science乌龙论文:不好意思,作者把狗狗左右脑弄反了.....

..., 发现狗是用左脑对语言进行处理的, 然后,他们的这个研究发表在了顶级学术期刊Science上, 论文是这样的: 论文成功发表,这个团队因此骄傲了嘛! 那肯定是要骄傲一段时间的。。。。。 然鹅,直论文发表7个月之...

文章 利用NCBI和Pfam数据库查找基因家族保守结构域相关信息

...时候往往要用蛋白保守结构域的隐马尔科夫模型文件,这个文件可以在pfam数据库得。今天分享如何在pfam数据库下载该文件 获取蛋白保守结构域在pfam的索取号 下图即为pfam数据库的主页,首先需要获取蛋白保守结构域在pfam...

文章 毕业答辩现场,导师扔了自己的论文怎么办?

...初衷没有错,是一个优秀的、有责任的老师, 但扔论文这个行为,是否太过草率,毕竟作为老师,更多应该耐心教诲。 同时,有不少本校同学及网友表示:该老师认真负责,大学生已属于成人, 很多学生过于安逸,学习、...

文章 nfs的一个缺陷

...以重启消除此问题,可有几十台都要如此,那就惨了! 这个问题是nfs的一个缺陷,很难解决。我只能建议你下次在mount这个nfs server的时候用 -o soft=true来指定nfe client 可以在server无响应的时候结束连接。用timeo=nnnn来制定timeout的...

问题 老师,我的基因组有113个,今天运行整理泛基因集列表中共线性分析生成pangene.bed和pangene.cds那一步,已经运行了18个小时了,才运行79个基因组,其他步骤是,比较慢,有没有快一点的方法呢?与网络有关系吗,换一个快的网线能加快进度吗?或者有没有其他命令可以加快。

文章 菠萝WRKY基因家族分析

...是:tandem duplication和segmental duplication的区别与联系,关于这个问题的解答,我已经在我们组学大讲堂问答网站上进行了详细回答,感兴趣的可以 www.omicsclass.com 网站上搜索关键词“tandem”就可以详细答案,我这里就不详细...