问题 有参转录组结果中有基因CDS序列信息吗？

有参转录组想要拿到基因的cds序列，需要到网上去找，还是结果文中就有？

问题 已知一个蛋白质，想要通过生物信息学方法找与他相互作用的lncRNA

想要通过生物信息学方法找与已知蛋白质具有相互作用的lncRNA。或者通过与已知蛋白质具有相互作用的miRNA找到这个lncRNA。不知道该怎样操作，麻烦指点一下，万分感谢。

问题 老师，分析基因的在染色体上的外显子，内含子，UTR位置信息时，

...tf是什么作用，第二个脚本运行完，生成的 gene_exon_info.gff信息中为什么没有CDs的信息？

问题 sam文件转换成bam文件是不能识别头部信息

...: failed to read header from "aln.sam"。打开aln.sam文件，发现头部信息很乱，如下图：

问题 ensemble下载的物种GFF文件没有染色体信息该怎么办

问题 注释完绘图出现报错信息

求老师解答：实验室组内服务器，没有用docker镜像。出现 Error in library("getopt") : there is no package called ‘getopt’ Execution halted 检查R里已经安装了getopt，调用这个R包也是正常的，但是perl $scriptdir/vcf_stat.pl -vcf snp.unknown_multianno.vcf -t...

文章 TCGA临床信息如何正确的保存格式

...割，而excel 无法区分 空格和tab。 这就需要采用一个临床信息中没有的分隔符，对数据进行分割 ，比如，采用星号（*）去分割。 # 将数据保存到文件 clinical_file <- paste0(DataDirectory, "_","clinical",".txt") write.table(clinical, file = clinica...

问题 基因组间共线性关系图位置信息错误

这里面蓝色条带应该去到下方红色2号染色体(中间，但是成图之后去到了红色2号染色体左端。检查了bed文件也没问题。但是图上的位置显示就是错误的，这有可能是什么原因？

问题 下载的gff注释文件中没有 两端 UTR信息，有没有批量识别UTR的工具或者网站？

如题。物种基因组虽有，但是质量不是太好，提取pormoter得到长串的“NNNNNNNNNNNN”。用别的基因组版本的话，没有UTR信息， 请问有没有批量识别UTR的工具或者网站？

问题 在分析基因上游顺势元件时出现这个报错信息时，怎么办

输入文件为以下两个文件 脚本为

问题 如何根据注释文件信息，提取并计算基因组相应区域（如CDS，exon，intron）区域的长度？

老师你好，请问如何根据注释文件信息，提取并计算基因组相应区域（如CDS，exon，intron）区域的长度？

问题 annovar注释snp和indel，在重点关注剪切区的信息时，发现并不遵守GT-AG法则，后来发现annovar注释所依赖的unknown_refGene这个文件(依据咱们得脚本所得到)与基因组注释文件基因坐标信息不一致，均前移一位，特异去看了教程文件，一样的情况呢！

annovar注释snp和indel，在重点关注剪切区的信息时，发现并不遵守GA-AT法则，后来发现annovar注释所依赖的unknown_refGene这个文件(依据咱们得脚本所得到)与基因组注释文件基因坐标信息不一致，均前移一位，特异去看了教程文件，一...

问题 get_gene_exon_from_gff.pl 这个脚本提取不出CDS信息，无法绘制基因结构图

GFF文件如下： 脚本信息：

文章 OMIM 人类孟德尔疾病信息数据库疾病表型说明

...（？）表明表型和基因型之间的关联是暂时的，更详细的信息见数据库详情病症后括号内的数字（1/2/3/4）（1）通过对比野生型定位致病基因；（2）通过疾病本身找到致病基因；（3）该疾病的分子基础已知；（4）由于染色体的...

问题 请问我要分析的物种里gff文件没有染色体命名信息，该怎么办