annovar注释snp和indel,在重点关注剪切区的信息时,发现并不遵守GT-AG法则,后来发现annovar注释所依赖的unknown_refGene这个文件(依据咱们得脚本所得到)与基因组注释文件基因坐标信息不一致,均前移一位,特异去看了教程文件,一样的情况呢!

annovar注释snp和indel,在重点关注剪切区的信息时,发现并不遵守GA-AT法则,后来发现annovar注释所依赖的unknown_refGene这个文件(依据咱们得脚本所得到)与基因组注释文件基因坐标信息不一致,均前移一位,特异去看了教程文件,一样的情况呢!您可以看一下教程的文件,比如这里AT4G00020.5这个基因是3892起始,但是注释文件并不是,个人觉得这个问题比较严重,麻烦您尽快解答一下!

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

我们这个是按照ANNOVAR软件官方推荐构建的库;

如果出现大量错误,应该是你的vcf用的基因组版本和ANNOVAR库基因组版本不匹配造成的,你检查你的数据核实一下;

ANNOVAR前移动一位是正常现象,GFF基因组碱基索引是从1开始,ANNOVAR 基因组碱基索引是从0开始;

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  • 渃芷轩 提出于 2024-02-02 15:27

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