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问题 rnaseq分析中片段inner size出现问题

片段inner size，片段选择是否异常 输入命令后：for i in DL125NS1 DL125NS2 DL125NS3 DL125PS1 DL125PS2 DL125PS3; do echo "RUN CMD: inner_distance.py -i $workdir/3.map/hisat2/${i}.bam  -r $GENE_BED  -o ${i}_inner_size" inner_distance.py -i $workdir/3.map/hisat2/${i}.bam  -r $GENE...

文章 BMC genomics|26个玉米基因组中萜烯合酶的多重变异模式

...族分析文章——“Multiple variation patterns of terpene synthases in 26 maize genomes”于今年发表在BMC genomics杂志上，影响因子为4.4，中科院分区为2区。 在玉米中，有一种重要的次生代谢产物——萜类化合物，在玉米的生长，授粉，抗虫...

文章 进化树构建的方法及原理详解

...Comparison of the accuracies of several phylogenetic methods using protein and DNA sequences. Mol Biol Evol. 2005 Mar;22(3):792-802. doi: 10.1093/molbev/msi066. Epub 2004 Dec 8. Erratum in: Mol Biol Evol. 2005 Apr;22(4):1160. PMID: 15590907.模型计算公式：https://cran.r-project.org/web/package...

文章 ggplot2点图geom_point中点的shape有多少？

ggplot2可以利用geom_point绘制散点图，而点的形状控制参数shape会显示多少效果呢？(注意此处只介绍shape的设定，不是aes(shape)映射） 可以通过查询?shape 获得以下内容： # Shape examples # Shape takes four types of values: an integer in [0, 25], #...

文章 百万样品GWAS解释精神疾病间的遗传关系

...考文献奉上： Verneri Anttila et al. Analysis of shared heritability in common disorders of the brain. Science, 2018; 360 (6395): eaap8757 DOI: 10.1126/science.aap8757

文章 IGV可视化使用

IGV是什么    Integrative Genomics Viewer(IGV) 是一款针对高通量测序数据进行可视化的专业软件。如转录组测序Reads与参考基因组序列比对结果，物种参考基因组序列和注释文件，都可使用IGV进行可视化浏览。 它支持各种数据类型，...

文章 按物种拆分blast本地库

...ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/taxonkit: https://bioinf.shenwei.me/taxonkit/download/ 二、构建本地库 2.1、解压 gzip -d nr.gz mv nr nr.fa gzip -d prot.accession2taxid.gz gzip -d taxdump.tar.gz 2.2、nr本地库构建 makeblastdb -in nr.fa -dbtype prot -title nr -...

文章 Nature：2019年度最佳科学图片top10，总有一张震撼到你！

...重逢 这是史上首次实现全女性太空行走，宇航员Christina Koch在联盟号宇宙飞船接近国际空间站时，NASA同事Jessica Meir拍下了这张照片。 7，脱壳 这是一张海龟胚胎的荧光透视图，要拍出这样的图片并不容易，科学家们将数百...

文章 外显子测序发现遗传性NK/T细胞淋巴瘤癌与FAM160A1基因突变相关

...否影响氨基酸的改变，变异的有害成度注释如SIFT, PolyPhen and Grantham prediction scores, phyloP conservation scores等等，是否为稀有变异最小等位基因MAF<1%（NCBI clinvar 注释）等等注释。 候选致病基因筛选： 根据变异的有害程度，以及是...

文章 linux下samtools安装指南

...ib目录，执行以下命令安装zlib ./configuremake make checkmake install 在make install这一步，由于要把zlib安装到/usr/local/lib 路径下，所以可能需要root 权限。安装成功后，可以在/usr/local/lib下找到 libz.a。zlib安装较为简单，通常可以顺利...

文章 MCScanX 在biolinux上安装及使用

...后生成文件如下： 其中at.collinearity 为共线性结果，at.tandem为串联重复基因结果，这两个文件最重要； 2.结合基因家族分析基因加倍与复制 上面做完全基因组共线性分析后，可根据自己的基因家族信息，绘制基因家族圈图...

文章 Win10家庭版也可以装Docker桌面版了！

...学大讲堂为了方便各位生信学习爱好者方便快捷的使用linux系统，推出了不少关于docker的使用教程（包括推文和视频教程）。然而，由于大多数的个人电脑系统是win10家庭版系统，这就导致无法安装Docker Desktop版本，只能选择安装...

文章 CAR-T质量检测ELISA试剂盒常见问题解析

...细胞的杀伤活性和特异性。 酶联免疫吸附测定（enzyme-linked immuno sorbent assay, ELISA）的技术基础在于抗原、抗体之间的特异结合反应。义翘神州自主研发的高品质细胞因子ELISA试剂盒，可准确定量检测血清、血浆和细胞上清液中细...

文章 基因组组装GC 含量与深度图：

...##########################parser <- ArgumentParser(description='Seurat single cell DimPlot analysis :https://satijalab.org/seurat/reference/dimplot')parser$add_argument( "-i", "--gc.table", type="character",required=T, default=NULL,help="input single Seurat obj in rds file [required]",metavar="fi...

文章 叶绿体基因组四个区边界作图——irscope：本地化及使用教程（2023.02）

...获取工具 irscope是一个在线工具，网址为：https://irscope.shinyapps.io/irapp/ 但是在线工具很不稳定，会经常会出现进网站很慢，或者运行时总是出错的情况，比如这样 所以我们可以利用R语言将irscope本地化，生成本地网站，运行...