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文章 大数据分析 Hbase Shell命令

第一部分:Hbase基础查看 1. Hbase版本查看 hbase(main):008:0> version 2.2.3, r6a830d87542b766bd3dc4cfdee28655f62de3974, 2020年 01月 10日 星期五 18:27:51 CST Took 0.0002 seconds 2. Hbase状态查看命令shell hbase(main):009:0> status 1 active master, 0 backup masters, 1 s...

文章 近期常用命令记录——比对并提取fq,ncbi下载并转化为fq,序列提取等

...atq文件 1.二代数据比对  bwa-mem2 #检索引并比对bwa-mem2 index reads.fabwa-mem2 mem -t 20 reads.fa 1.clean.fq.gz >alignment.sam#sam文件转化为bam文件samtools sort -@ 4 -O bam -o align1.sorted.bam alignment1.sam#bam文件索引samtools index align1.sorted.bam#提取比对...

文章 qiime2 18S 分类器构建

...s-filt.qza  \    --i-taxa 18S_SILVA132_99_taxonomy.qza \    --p-rank-handles 'silva' \    --p-mode 'uniq' \    --o-dereplicated-sequences 18S_SILVA132-nr99-seqs-derep-uniq.qza \    --o-dereplicated-taxa 18S_SILVA132-tax-derep-uniq.qza#全长分类器构建qiime feature-classifier fit-clas...

问题 请问老师有根据基因ID一次性提取UTR,EXON,INTRON的脚本吗?

...大讲堂基因家族分析课程里给的脚本貌似只能提取EXON和INTRON,请问能给一个把UTR也提取出来的脚本吗?谢谢! 编程太菜,一时半会儿琢磨不出来 T_T||| 我试了组学大讲堂之前提供的一个脚本貌似不行,.....https://www.omicsclass.com/a...

文章 生成OTU方法如何选择,OTU/ASV?

...Sequence Patterns 2.UNOISE2: improved error-correction for Illumina 16S and ITS amplicon sequencing 3.DADA2: High-resolution sample inference from Illumina amplicon data 此外,我们在网易云课堂上有各种教学视频,有兴趣可以了解一下: 1.docker 生物信息工具安装...

文章 怎样提高论文投稿命中率?这些“潜规则“你一定要知道!

...: 这篇论文是2016年4月发表在Physica A: Statistical Mechanics and its Applications上。 (学霸姐姐内心os:看到没,又是4月,请叫我神算子。。。) 感兴趣的朋友可以自己去看一下,这篇文章有详细的数据分析,还算是一个比较严谨的一...

问题 这个脚本如果直接从ensamble下载cds和pep还需要去提取吗,是不是可以直接转换格式

for species in Anser_brachyrhynchus Equus_caballus Homo_sapiens Mus_musculus Oryctolagus_cuniculus Ovis_aries_rambouillet Sus_scrofa.Sscrofa;do      genome=$datadir/$species.genome.fa.gz   gff=$datadir/$species.gff.gz   #保留蛋白编码基因   agat_sp_filter_feature_by_attribute_value...

文章 2024最新版《基因家族分析实操》直播培训开始报名了!

...ch、International Journal of Biological Macromolecules、Industrial Crops and Products 上不乏该类文章。 目前来看,基因家族分析加qPCR+亚细胞定位实验基本就可以发到二区期刊,如果有更多的功能验证实验比如转基因等,那就可以冲一区...

文章 R语言中转换成dummy dummy-variables 虚拟变量

...则需要对定性因素(或分类变量)进行虚拟编码(dummy coding),将其转为虚拟变量,可以考虑将虚拟变量引入回归模型来解决此类问题。 那么我们在数据分析时,面对这种情况应该如何操作呢?因此,本期内容主要就这一问题...

文章 PICRUSt2扩增子功能预测与差异比较分析

...ine.py -i feature_table_tax.biom -m picrust2_out_pipeline/marker_predicted_and_nsti.tsv.gz -f picrust2_out_pipeline/EC_predicted.tsv.gz \ -o EC_metagenome_out --strat_outadd_descriptions.py -i EC_metagenome_out/pred_metagenome_unstrat.tsv.gz -m EC \ -o EC_met...

文章 HKT 基因家族分析-家族成员只有个位数10个以内该如何发文

...家族成员,完成基因家族分析:     杂志:Ecotoxicology and Environmental SafetyIF: 3.9 HKT基因家族成员在9个物种中的鉴定流程 进化树分析-分类 通过MEGA进行多序列比对,HKT家族成员根据序列相似性分为5大类 基因结构-Motif分析 ...

文章 小尺度的种群历史分析——∂a∂i原理解析

...ion map provides insights into the genetic basis of cucumber domestication and diversity”,在这个文章中,作者对来自印度、西双版纳、欧洲和东亚四个地方的黄瓜进行了种群分化的研究,同时通过遗传多样性和选择性清除定位了与驯化密切相关...

文章 NCBI下载SRR并转换为fastq文件

文献链接:Population-genomic analyses reveal bottlenecks and asymmetric introgression from Persian into iron walnut during domestication | Genome Biology | Full Text (biomedcentral.com) 数据可用性:The entire genome resequencing data have been deposited at GenBank under the accession PRJ...

文章 muscle软件介绍

1、软件介绍MUSCLE(Multiple Protein Sequence Alignment)是一款蛋白质水平多序列比对的软件,在速度和精度上都优于 ClustalW。在进行多序列比对的时候,大多数情况下可以优先使用 MUSCLE。有本地版和在线版,在线版网址如下:http://www.ebi....

文章 基因组重复序列分类 转座子

...转座子讲解视频: https://dls.ym.edu.tw/course/hb/lec07-chromosome-and-genome.html https://www.youtube.com/playlist?list=PLubKl2ZLAkpp-LLpS1SUbXjLR7LZf0I9E