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问题 affy包的函数处理dataframe时,要求dataframe是什么样的呢?

...t;- rma(data) Error in (function (classes, fdef, mtable)  :    unable to find an inherited method for function ‘probeNames’ for signature ‘"data.frame"’ data是一个生成的数据框,有行号和列号,数据都是numeric格式的。

文章 这种机器学习算法已经在微生物分析中成功应用

...贡献度权重高低进行排序。 varImpPlot(random,main = "Dotchart of variable importmant") 用MDSPlot()函数可以绘制MDS二维图,不同颜色或形状的点代表不同环境或条件下的样本组,横、纵坐标轴的刻度是相对距离,无实际意义。Dim1、Dim2 分...

问题 devtools::install_github("BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks")运行错误

...时,出现了“Error in value[[3L]](cond) :    GDC server down, try to use this package later”的代码,然后按照社区里的解决方案运行了代码 结果一直报错,显示Error in utils::download.file(url, path, method = download_method(), quiet = quiet,  :    cannot open U...

问题 蛋白序列ID和cds序列ID不一致

... 下面是gff文件 获取基因与mRNA的对应关系perl script/mRNAid_to_geneid.pl Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3 mRNA2geneID.txt,提取到的ID=Zm00001d027240_T001,而在hmm搜索的结果ID=Zm00001d027240_P001,在去除重复的hmmer搜索的转录本ID时,ID不一致,同时hmm...

问题 What can Amino Acid Structure Chart and Reference Table help us do?

There are 20 standard amino acids in the amino acid table, what are the functions of them?

问题 利用gff文件提取基因结构时,运行完程序,遇到如图所示的问题,老师能给解答一下吗?下面图使用老师视频中拟南芥中的数据做的,结果如图

perl /home/manager/workspace/GbRLCKVII/gene_structure/script/get_gene_exon_from_gff.pl -in1 WRKY_domain_new_out_removed_redundant.txt -in2 Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3 -out gene_exon_info.gff

问题 在singuarity使用gatk时调用不了HaplotypeCalle指令

...ingularity/bin/singularity exec /public/home/huangyou/docker-images/reseq-v2.0.sif gatk --java-options HaplotypeCaller -R /public/home/wangyongsheng/PepsiCo_OT3098_V2_panoat_nomenclature.fasta \ -I /public/home/wangyongsheng/oats/text/picard-bam/${i}.sorted.dedup.bam \ -O /public/home/wangyongshe...

文章 sci分区,是按JCR还是中科院分区?哪个更靠谱?

...”期刊——Nature Communication, 它平均影响因子10分以上、2年内总被引达302306次、各种话题不断、Nature亲儿子....... 然而,它却被划中科院划到了2区。 到底分区的高低是不是判断一刊杂志好坏的一种标准呢? 我们发SCI论文到底...

问题 重测序

...ATK ############################################################# #方法2:样品多可先生成GVCF,再合并,适用于集群服务器,可并行运行, ############################################################ # 每个样品分开运行,生成gvcf for i in $(cat $workdir/data/data.t...

文章 兰花发育中器官发生的时空图谱数据下载示例

...下载: wget -c "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE198128&format=file" -O GSE198128_RAW.tar 样本信息 #series_sample_iddevelopmental_stagetissuecodeSRRslideGSM5939574bud1-6FlowerAM559-ST-010001SRR18292617slide1GSM5939575bud7FlowerAM559-ST-010003SRR18292616slide2GSM5939576...

问题 提取基因在染色体位置时发现gff3文件中的染色体编号不好理解。疑惑。

...不一样,1-9就是阿拉伯数字,10-33的反而是bd_数字1×数字2。我不懂数字1和数字2各自代表什么意思?猜测数字1代表染色体编号。是这样的吗?但是数字2又不知何意了。 另外,提取基因结构以及在染色体位置时,发现有两个...

文章 GFF与GTF格式转换

...是用来注释基因组,格式如下: J15     glean   gene    25308430        25309140        .       +       .       ID=Gglean067903; status=novel;J15     glean   mRNA    25308430        25309140        0.976879        +       .       ID=Gglean0679...

问题 SNP分析软件SNPT最小SNP分析结果疑问

...析时最终会产生两个结果对应两个txt文件,软件左侧Sets of MinimumSNPs found应该对应使用标记的个数和鉴别效率。然后总共32个标记却产生了35和44的结果。txt结果文件表明使用7个标记时鉴别效率高达99.4%,然而实际分析KASP标记分型...

文章 IF=13.8 | 饮食调节山羊肠道微生物的纤维素利用效率

...25年3月 BMC Plant Biology杂志发表了一篇题为“Dietary selection of distinct gastrointestinal microorganisms drives fiber utilization dynamics in goats ”的宏基因组分析文章。” 01 — 研究背景 整个生物界的生物资源是有限的, 反刍动物(如羊)能够...

文章 2维韦恩图各部分基因上下调数量统计

...l venn_up_or_down.pl  -in All_DEG_venn.xls  -id1 left_DEG.final.xls  -id2 right_DEG.final.xls  -k trans_full_table.xls -od out 该脚本的输入文件都为转录组分析结果文件,All_DEG_venn.xls是画韦恩图时生成的,*_DEG.final.xls分别是两个差异组合的。trans_full_t...