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问题 GEO下载lncrna芯片注释问题

...据没有问题， 但是下一步是对探针进行注释，换了好几个芯片，都是发现没有对应的GPL注释文件，就算打开，也只有 来源与Platform GPL16956 这样一个没有什么实质意义啊，无法下一步， 或者是Platform GPL19615 这个平台也是无法...

问题 叶绿体基因组组装、注释、建树

我的最终目的是想通过叶绿体的基因组建树，有7个体，但是组装出的叶绿体基因组其中3个不成环，CPGAVAS2没法对不成环的叶绿体基因组进行注释，而建树需要叶绿体的注释文件。请问有没有办法跳过不成环这个情况进行建树？

文章 低成本转录组跨种遗传进化分析

...无常环境下有极强的适应性；金蕨属（Acrostichum）包含三个种：A. danaeifolium Langsd. & Fisch., A. aureum L. and A. speciosum Willd2 。这三种蕨类又具有不同环境的适应性，且金蕨属是唯一生长在潮汐带上的蕨类，在蕨类植物中占用特殊的...

问题 怎么根据基因ID来找到对应的基因功能呢？

我的是无参物种，做了个转录组实验，公司给的差异分析结果里，基因都是以trinity开头的ID，我在NCBI里找不到相关的信息，请问怎么知道这些基因对应的功能呢？

文章 R报错：incompatible dimensions

...出现报错： Error in cor(x, y, use = use, method = method) : incompatible dimensionsCalls: corr.test -&gt; cor 到脚本里看发现报错出现在这个函数里： cor.result <- corr.test(A,B,method = method,adjust = adjust) 原因调查： 查资料发现原因如下： 解决办...

文章 直方图---ggplot2（每组内添加对应的count 或者density文本标签）

利用ggplot2绘制直方图，基于几何对象geom_histogram()函数 geom_histogram(mapping = NULL, data = NULL, stat = "bin", position = "stack", ..., binwidth = NULL, bins = NULL, na.rm = FALSE, show.legend = NA, inherit.aes = TRUE) 其中mapping图形属性映射涉及多个，需统计...

问题 群体重测序, 进化树中如何添加外群?

老师您好, 我的项目中对植物群体进行重测序之后, 得到的snp进行进化树的构建, 但是由于没有外群, 无法确定根的位置, 如何在进化树中添加拟南芥作为外群呢? 麻烦老师给指个方向, 非常感谢!

问题 蛋白结构域完整性的验证

...！老师。最近学习了组学大讲堂的基因家族分析课程，有个问题想请教您。 比如说我鉴定到一条NBS-LRR基因，用NCBI中的CDD工具发现它的NBS结构域是完整的，但是用Pfam数据库验证又不是完整的，让人很迷惑。 到底该怎样去判断...

文章 一文教你转录组数据如何挖、文章怎么写！

转录组是一个很有效、简便、普遍的研究手段，具有材料要求低，实验设计简单，数据产生周期短等特点；但是很多人仍不知道该如何利用转录组技术去解决自己的科研问题，究其原因，无非是以下两种： 转录组数据结果似懂...

文章 说好了不哭 | 周杰伦是最懂青春的人，CORNERSTONE只想成为最懂你的人

...使做了还是低估这次的并发峰值，说白了，还是低估了那个最懂我们青春的人啊。   当人人都在谈论周杰伦的这次歌曲好不好听时，开发或者测试应该从这次事件中思考些什么呢？   性能测试的必要性？ 1.由于信息传播的...

文章 shell脚本报错——value too great for base

使用linx shell编程时遇到进制问题的报错“value too great for base”： for a in {001..009}; do b=$(printf "%03d" $(($a+1))) if [[ -f "./$a.cds" ]] &amp;&amp; [[ -f "./$b.cds" ]]; then echo "python3 -m jcvi.compara.catalog ortholog NH$a NH$b --cscore=.99 --no_strip_names" fi done ...

问题 关于wgcna模块内基因数目的问题

...ble(moduleColors) 显示模块里面的数目 我的兴趣模块有600来个基因数 之后我在cytoscape那个文本里面，node文本里面，我发现只有400来个。 之后检查了下，cytoscape里面的node数目全都少于table出来的数目。 我不知道哪里出问题，我...

文章 R语言基础入门—函数

...： function_name <- function(arg_1, arg_2, ...) {   Function body  函数组件 函数的不同部分 ： 函数名称 -这是函数的实际名称。它作为具有此名称的对象存储在 R 环境中。参数 -参数是一个占位符。当函数被调用时，你传递一...

问题 WGCNA-MAD

...sing = T)[1:5000],]) dim(datExpr) 根据上面的代码，我想把1.8w个基因缩减下，结果在进行MAD筛选前5k个基因的时候，出现， &gt; datExpr = t(datExpr[order(apply(datExpr,1,mad), decreasing = T)[1:5000],])Error in x - center : non-numeric argument to binary operator我...

文章 BiocManager::install("seqinr")时报错

make: *** [surfaceArea.o] Error 1 ERROR: compilation failed for package ‘sp’ * removing ‘/share/work/biosoft/R/R-v4.2.2/lib64/R/library/sp’ * installing *source* package ‘Rcpp’ ... ** package ‘Rcpp’ successfully unpacked and MD5 sums checked ** using staged installation ** libs g++ -...