文章 NCBI 下载病毒基因组的gff3

...有gff3和gtf文件，此时如果我们想获得病毒的gff可以在send to中选择保存文件的格式： 通过这个方式保存的gff格式如下： 其中第三列feature并不符合许多软件识别的格式，可以自行进行修改。

问题 请求帮助！

....fa命令获得的WRKY_domain_new_out.txt文件，如下图： 图1 图2 老师分析完，此WRKY_domain_new_out.tx文件中有图2 的描述部分。 在棉花的gff文件中，我也利用老师的脚本只获得图1的内容（如图3），但图2描述部分是空的（如图4），不知...

问题 关于单倍型分析的问题

老师您好！ 不太明白这句话：A haplotype network of SD6. The haplotype network was constructed based on SNPs at the SD6 gene region using 3,000 rice genome data。这个snp是指vcf文件中0|1,0|0,这种数据吗？还是来自一条染色体某区段的snp位点的组合？https://www....

问题 mummer比对syri进行SV检测报错

...G - Chromosomes IDs do not match. Reading Coords - ERROR - Unequal number of chromosomes in the genomes. Exiting out.anno

文章 linux命令详解之ls

...isc列出文件和文件夹的详细信息[root@localhost /]# ls -l total 254 drwxr-xr-x 2 root root 4096 Jun 12 04:03 bin drwxr-xr-x 4 root root 1024 Jun 15 14:45 boot drwxr-xr-x 6 root root 4096 Jun 12 10:26 data drwxr-xr-x 10 root root 3520 Sep 26 15:38 dev drwxr-xr-x 75 root root 4...

问题 利用gff文件提取基因结构，结果文件是空的

...报错，但结果文件是空的 这是ID 这是脚本文件 Sirius21小时前 use Getopt::Long;my %opts;use Data::Dumper;GetOptions( \%opts, "in1=s", "in2=s", "out=s", "h" );if (   !defined( $opts{in1} )|| !defined( $opts{in2} )|| !defined( $opts{out} )|| defined( $opts{h} ) ){&USAGE...

问题 SNP分析

...--recode  --recode-INFO-all --stdout --maf 0.05 --max-missing 0.8 --minDP 2 -- maxDP 1000 --minQ 30 --minGQ 0 --min-alleles 2 --max-alleles 2 --remove-indels |gzip - > clean.vcf.gz这里的参数调整以后，直接影响结果的大小比较，比较迷茫，如何根据自己的数据去调...

问题 有参转录组分析，合并样本count值文件报错。

...t.py -p all_gene_count -f normal_rep1_gene.tsv -l normal_rep1 -f normal_rep2_gene.tsv -l normal_rep2 -f normal_rep3_gene.tsv -l normal_rep3 -f tumor_rep1_gene.tsv -l tumor_rep1 -f tumor_rep2_gene.tsv -l tumor_rep2 -f tumor_rep3_gene.tsv -l tumor_rep3 Traceback (most recent call last):   File "/mn...

文章 IF=13.8 | 青藏高原人群肠道微生物生物标志物的荟萃分析及微生物群衍生的丁酸盐在高海拔适应中的功能

...发表了一篇题为“Meta-analysis identifying gut microbial biomarkers of Qinghai-Tibet Plateau populations and the functionality of microbiota-derived butyrate in high-altitude adaptation”的文章，该文章找到了可能与高原适应相关的肠道微生物标志物，并揭示了丁酸...

问题 R语言“had non-zero exit status”安装报错

在linux  R语言安装某些R包时，出现以下报错，在网上搜了一些解决办法仍未能解决。 In install.packages(...) : installation of package ‘muscle’ had non-zero exit status

文章 endnote 如何插入书籍引用

...e books。例如我要引用 这本书里面《Biosynthesis and perception of melon aroma》关于甜瓜香气的章节（281–305页）：谷歌学术搜索第一个是一本书， 这里没有文献citation下载： 但是回到谷歌搜索的结果会有两个版本： 第二个，...

文章 用R做蛋白互作分析

...绘图相关的参数 options(SweaveHooks=list(fig=function() par(mar=c(2.1, 0.1, 4.1, 2.1)))) # 筛选出一部分结果，进行绘图 hits <- deg_mapped$STRING_id[1000] # 绘图 string_db$plot_network( hits,required_score =700) # 将所有的结果输出到文件，后面采用cytoscape ...

问题 老师，图1是我用图2的代码实现的，现在我想仿照提取细胞亚类的方式，使用图3的代码单独提取TIP这个maker基因，不提取整个cluster3，这个代码可以实现吗，或者是否有其他代码可以使用

文章 linux 重定向

...而 >> 是在原有内容后一行追加。 然后是 1>、 2>、 1>>、 2>>的使用，其作用是在需要将正确输出和错误输出分开保存时用到。例如在执行脚本时。用一个简单的python脚本说明： 脚本如下： # coding: utf-8 if __nam...

问题 我在进行比对的时候就无论怎样都报错Warning: [Errno 2] No such file or directory: '/home/chn/文' (ERR): Read file '/home/chn/文' doesn't exist Exiting now ...求大佬解惑