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文章 对水稻做GO和KEGG富集分析，如何获取水稻的数据库？

....eg.db/releases/download/v0.01/org.Osativa.eg.db.tar.gz", repos = NULL,  type="source") 下载不了的可以直接下载压缩包手动安装。 wget -c https://github.com/xuzhougeng/org.Osativa.eg.db/releases/download/v0.01/org.Osativa.eg.db.tar.gzR CMD INSTALL org.Osativa.eg.db.tar.gz #直...

问题 重测序中SNP分析

...件，报错提示如下：--> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/ --> R beginners ? I suggest your  learning  R language: https://study.omicsclass.com/index  SNP-Density Plotting. Error in seq.default(0, chorm.maxlen/bp, round(xticks[2])) : ...

问题 重测序中SNP分析

...件，报错提示如下：--> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/ --> R beginners ? I suggest your  learning  R language: https://study.omicsclass.com/index  SNP-Density Plotting. Error in seq.default(0, chorm.maxlen/bp, round(xticks[2])) : ...

问题 请教：基因结构分析时，输出的gene_exon_info.gff文件为空。该如何解决？

... ../script/get_gene_exon_from_gff.pl -in1 Carb_anhydrase_removed_redundant_and_confirmed_IDlist.txt -in2 ../Phaeodactylum_tricornutum.ASM15095v2.47.gff3 -out gene_exon_info.gff 图1 图2

文章 IF=13.8 | 饮食调节山羊肠道微生物的纤维素利用效率

...25年3月 BMC Plant Biology杂志发表了一篇题为“Dietary selection of distinct gastrointestinal microorganisms drives fiber utilization dynamics in goats ”的宏基因组分析文章。” 01 — 研究背景 整个生物界的生物资源是有限的, 反刍动物(如羊)能够...

问题 当保留蛋白编码序列时，为什么会提示有这个报错？检查发现'!'应该是没有输入错误的

原命令：agat_sp_filter_feature_by_attribute_value.pl --gff $gff --attribute biotype --value protein_coding -t '!' -o $species.protein_coding.gff3 报错：The test to apply is Wrong: !. We want something among this list: <,>,<=,>=,! or =.

问题 用R包TCGAbiolinks下载TCGA的miRNA数据报错

... Error in GDCdownload.aux(server, manifest.aux, name.aux, path) :    There was an error in the download process (we might had a connection problem with GDC server). Please run this function it again. Try using method = `client` or setting files.per.chunk to a small number. 把files.per.chun...

问题 动植物泛基因组分析实操课程资料问题

...rl-5.22.1/lib/site_perl/5.22.1/auto/share/dist/AGAT/agat_config.yaml file The test to apply is Wrong: !. We want something among this list: <,>,<=,>=,! or =.[），最终导致运行结果是空的

文章 R语言输出pdf图片，如果有中文出现乱码解决办法

...。 例子： CairoPDF("chinese.pdf",family="SimSun")plot(1:10,1:10,type="n");text(2,10,"宋体",family="SimSun");text(2,8,"黑体",family="SimHei");text(2,6,"楷体",family="KaiTi_GB2312");text(2,4,"隶书",family="LiSu");text(2,2,"幼圆",family="YouYuan");text(6,10,"Arial",family="Arial");t...

问题 老师，我在做基因家族鉴定，提取结构域序列，出现这样提示，请问怎么解决

Can't locate Bio/SeqIO.pm in @INC (you may need to install the Bio::SeqIO module) (@INC contains: /home/pc/miniconda3/lib/site_perl/5.26.2/x86_64-linux-thread-multi /home/pc/miniconda3/lib/site_perl/5.26.2 /home/pc/miniconda3/lib/5.26.2/x86_64-linux-thread-multi /home/pc/miniconda3/lib/5.26.2 .) at ...

文章 subset_row.r 提供列表，在行上取数据子集

...IDoptional arguments:  -h, --help            show this help message and exit  -i input, --input input                        input data matrix data [required]  -m idlist, --idlist idlist                        input idlist [required]  -c colname, --colname colname ...

文章 Graphpad Prism 绘制的直方图美化

...设置界面。 1.Data set 选择直方图中的柱子。 2.Bars and boxes 可以对柱子的填充色，网格，网格颜色，边框粗细，边框颜色进行设置。 3.Error bars 可以对误差线颜色，形状，粗细，显示等进行设置。 4.修改图注，图中...

文章 linux下samtools安装指南

...zipcd htslib-develop 安装指令：  autoconf       #Generate the configure script, if needed./configure    #Optional, needed for choosing optional functionalitymakemake install 在./configure过程中可能会报错，原因是有些库或包没安装，根据报错信...

文章 世界500强常用的管理方法和工具推荐

...能取得完善每一项工作，完善自己的人生。 5、5W2H What: 命工作的内容和达成的目标 Why:  做这项工作的原因 Who:  参加这项工作的具体人员，以及负责人 When:在什么时间、什么时间段进行工作 Where:工作发生的地点 How:   ...

问题 用Docker进行单细胞测序数据合并时，执行合并代码时候，报错。

...码时候，出现这个问题：Error in gzfile(file, "rb") : cannot open the connection Calls: MergeObject -> lapply -> FUN -> readRDS -> gzfile In addition: Warning message: In gzfile(file, "rb") :   cannot open compressed file ' -p', probable reason 'No such file or directory' Exec...