请问一下老师为什么我解压出来的script里面的脚本不全，做顺式作用元件预测时并没有：get_gene_weizhi.pl这个脚本？（与视频课程里相比缺少了好几个脚本）
经常看到组学文献中提到，掩盖1%的SNP，先填充再推断，还是先推断再填充，计算填充率和准确性。这种模拟的过程是怎么个编程思路？
一个有两个结构域的基因家族在分析的时候必须把这两个结构域的对应的蛋白序列分别截取出来吗？还是只要把这两个结构域分别分析之后得到的基因ID取个交集，直接用这个基因ID对应的蛋白质全长序列继续往下分析就可以？
老师好，我正在进行PAV分析，公司帮我整理的这几个数据和shell中的数据对应不上，我应该怎么处理。具体问题如下：1.两个tsv文件有啥差异。2.shell中的26Pan-genes.list文件对应哪一个文件？是last.gene.pair文件，但是我看内容格...
...，可以尝试使用函数式编程 函数式编程，顾名思义，整个代码都由相互独立的纯函数构成，而且参数和返回值都可以是函数，纯函数还有个优点，他比较稳定不会改变引用值， 但普通函数会，举个例子 def num_1(list):for index in r...
...置比较合理？那在运行的时候就要减少分配的内存了，一个任务分给20G，同时运行5个任务可以把？不知道分给20G的内存够不够？ 这并行运行和直接分给100G 一个任务运行，速度有差别吗？ nohup ParaFly -c w.sh -CPU 5 > w.sh.o&
水稻样品，重测序3个样本，深度分别为13×和60×和3×，然后得到了all.clean.vcf里面只有一万多的snp。但是我们老师call到的snp太少了，老师说就是即便是同一个品种测了两次，也不会只有一万多的snp，至少几十上百万。我参数用的...
因为这个家族只在拟南芥里鉴定过，只有18个成员，我做的亚族只有4个成员。现在拟南芥和大麦构建进化树的结果没法做比较
老师： 我在做基因加倍与复制blast all时，运行约7个小时后，没有生成mcscan/AT.blast文件，这是怎么回事呢？
...，您好，关于根据...hmm_out结果文件提取结构域序列，这个文件可能是一个基因的几个转录本都在，所以提取结构域序列的时候是不是会提取到一个基因不同转录本的结构域序列都提取出来了啊，实际上我们只需要一个基因的一...
...钥文件。 这里假设主机A（192.168.100.3）用来获到主机B（192.168.100.4）的文件。 在主机A上执行如下命令来生成配对密钥：ssh-keygen -t rsa 遇到提示回车默认即可，公钥被存到用户目录下.ssh目录，比如root存放在： /root/.ssh/id_rsa....
我用示例文件报错也是这个。用自己文件也是 ../scripts/ggtree.r -t fasttree.nwk -f ../data/pop_group.txt -g GROUP -n fasttree 这个是我给的命令行 WARNING: ignoring environment value of R_HOME --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omics...
...基因名称不同，但其位置信息完全相同（比如下图中的3个不同基因的在基因组中的位置信息完全相同），请问这种现象正常吗？还是基因组注释的有问题？在数据分析时，应该处理这些基因呢？需要删除其中的基因吗？
用三代数据sv结果对二代数据进行基因分型，合并两个结果时出现问题，bcftools merge合并的结果，缺失率太大，导致用plink进行pca分析时因缺失率太高无法进行，survivor merge 1000 1 1 0 0 50，合并后样本名减少，并且计算Fst为几个固定...
...行多因素的分析。 # 构建多因素分析的公式 multi_var <- paste0(sign_rbsure_gene_names, collapse = '+') fml <- as.formula(paste0('mysurv~', multi_var)) # 进行多因素分析 Multi_cox <- coxph(fml, data=exprSet) # 汇总多因素分析结果 Multi_sum <- summary(Multi_co...