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问题 动植物泛基因组分析实操课程资料问题

在动植物泛基因组分析实操课程中,首先,发的百度网盘的资料中ara_pangenome/01.prepare_data文件夹解压出来是空的;其次,运行01.prepare_data.sh命令时,出现错误,而且我发现教程中的演示(在动植物泛基因组分析实操课程,中的数...

文章 R语言计算平均值,中位数

...一下:1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程2. 转录组数据理解深入?图表看懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结...

文章 samtools tview 可视化查看比对结果

...程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解深入?图表看懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学...

问题 SNP分析软件SNPT最小SNP分析结果疑问

...题,希望您能在百忙之中为学生答疑解惑。使用mininum snps分析时最终会产生两个结果对应两个txt文件,软件左侧Sets of MinimumSNPs found应该对应使用标记的个数和鉴别效率。然后总共32个标记却产生了35和44的结果。txt结果文件表明...

文章 群落分析的冗余分析(RDA)概述

扩增子分析课程推荐:https://bdtcd.xetslk.com/s/qZRiF  约束排序之冗余分析(RDA)概述 前篇先后简介了主成分分析(PCA)、对应分析(CA)、主坐标分析(PCoA)以及非度量多维尺度分析(NMDS)。这些排序方法均属于非约束排...

问题 您好,我要买一个无参转录组分析,请问近期有优惠么?因为是初学者,如果碰到什么懂得可以请教您吗?

文章 Linux磁盘配额

...额。 可以看到,内核已经支持磁盘配额功能,现在的版本都是默认支持的,所以一般问题都大,如果内核支持磁盘配额的话,就需要重新编译内核,加入quotasupper功能。 2、关闭SELinux,或者手工修改SELinux规则,否则磁盘...

问题 老师,我在两个基因组间的共线性分析时,在excel中用到vlookup时,出现了跟您在课程里实操分析时数据筛选时,只出现了#N/A,知道是什么原因

问题 gff文件里的geneID和CDS,蛋白质里的对上,下了好多版本都这样,有什么办法处理一下吗?

问题 进行基因家族共线性分析的时候,拟南芥的可以提取到蛋白序列,但是另外物种在提取蛋白的的时候,pep.fa文件是空的?最后一节课的解决CDS文件提取成功的方法适用此问题

跟拟南芥一样,也是转录本第一个是在基因名后面加的.1,为什么提取了蛋白序列呢 我看了一下蛋白序列文件中的转录本ID都是后面加的.1, 跟拟南芥的差多啊,为啥提取出来呢

文章 GATK4对于大量样品的项目进行变异检测

...下: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解深入?图表看懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)...

文章 cactus下

...nomicsToolkit/cactus 选择的是Pre-compiled Binaries Linux Tarball这个版本: wget https://github.com/ComparativeGenomicsToolkit/cactus/releases/download/v2.9.9/cactus-bin-v2.9.9.tar.gz 安装配置: # 解压缩tar -xzf cactus-bin-v2.9.9.tar.gz# 进入文件夹cd cactus-bin-v2.9.9# 要...

问题 单细胞测序数据分析时,修改seurat对象的Idents,并添加细胞类型信息到metadata中,并增加mycelltype列时,增加

单细胞测序数据分析时,修改seurat对象的Idents,并添加细胞类型信息到metadata中,并增加mycelltype列时,增加上,Rscript $scripts/seurat_add_celltype.r -i $workdir/04.seurat_integrate/pbmc.rds \   -c celltype.tsv  -p pbmc.added.celltype   -n mycelltype,tsv...

文章 Python学习-利用Python对植物基因组注释文件(gff3格式)进行处理

...息。1则表示位于玉米的1号染色体上,第二例表示注释的版本信息,第三列通常为gene,mRNA,CDS等信息,同时一个基因可能对应多个mRNA,对生物有些了解的也知道,一个mRNA即是一个转录信息, 这个和注释过后的序列文件也是一...

文章 IF=4.1|玉米ARF基因家族的泛基因组分析和表达验证

...研究基于玉米泛基因组数据,全面鉴定了ZmARF家族成员,分析了其基因结构、染色体分布、进化关系及变异特征。结合同组织及胁迫条件下的表达数据,验证了关键ZmARF基因的表达模式,并探讨其可能的生物学功能。随着泛基...