问题 老师，使用非ensemble数据库的蛋白质序列和基因组染色体fasta文件脚本要怎么进行修改呢？

最近在做油菜相关基因家族的相关工作，ensemble数据库里的pep和toplevel文件下载之后解压总是提示unexpected end of file, 就从其他数据库下载了pep和toplevel的文件， 在除重复的hmmer搜索的转录本ID，多个转录本ID保留一个作为基因的...

问题 我想问一下怎么利用别人发表的转录组文章里面的数据分析自己基因的表达情况，比如别人发了盐度胁迫的转录组文章，我想看一下我的基因在盐度胁迫下的表达，该怎么用他的数据分析

问题 如何用荧光定量数据绘制热图？

... used for the statistical analyses. 作者是用的2-ΔΔCT的方法做的数据分析，可是结果怎么会是负数呢？ 在问答社区内看到莫非他是用的-ΔΔCT？恳请老师们解答，谢谢了

文章 R语言基础入门—数据结构（2）

R语言数据结构包括向量，矩阵和数据框，数组， 列表，因子等，主要是线性代数中的一些概念。 前面我们已经讲了向量、矩阵和数组，今天小编继续介绍剩余的数据结构。 数据框 统计分析中最常见的原始数据形式是类似...

问题 数据库里面没有对应格式

老师：       我想下载18年新出的基因组，里面只有gbff、bbs、fsa_nt,文件，文件内容和老师说的fna,faa,gff格式不一样，怎么解决呢，怎么弄成像fna,faa,gff里面的信息内容呢

问题 下载COAD数据提示列不一致保存不成功

> # 下载数据, 数据比较大，耐心等待 > GDCdownload(query = query, +             directory = DataDirectory,files.per.chunk=6, method='client') Downloading data for project TCGA-COAD Of the 521 files for download 521 already exist. All samples have been already downloaded ...

文章 biolinux虚拟机安装指南

...因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...

文章 TCGA数据库中应该下载哪种表达量数据HTSeq-Counts，HTSeq-FPKM，HTSeq-FPKM-UQ

...到Gene A上的reads数量：1000     3. 比对所有基因上的reads数据量：1,000,000     4. 样品1中覆盖75%基因的reads数：2000  那么，FPKM和FPKM-UQ的计算结果如下：     FPKM  = (1,000)*(10^9)/[(3,000)*(1,000,000)] = 333.33     FPKM-UQ  = (1,000)*(10^9)/[(...

文章 从华为云的对象存储服务OBS下载测序数据

...有华为云都有对象存储服务OBS服务，非常方便的成熟测序数据，它们会给客户提供如下所示的信息： obsutil share-cp  "https://e-share.obs-website.cn-north-1.myhuaweicloud.com?token=Kd7334FTVKdTMcPievJeu4rZ6I1oiAA==" ./ -ac=250701 -f -r

问题 TCGA下载数据保存

下载FPKM的时候，保存结果时出现Error in read_connection_(con) : Evaluation error: error reading from the connection. In addition: Warning message: In (function (con, what, n = 1L, size = NA_integer_, signed = TRUE,  :   invalid or incomplete compressed data

问题 泛基因家族分析数据准备

老师您好，我运行了这个    cat ../id.txt|while read ind;do ln -s ../data1/${ind}.fa ./ ln -s ../data1/${ind}.gff ./ done 结果如图所示，请问软连接成功了吗？我看和课程不一致，课程有文字是高亮的。

文章 常见的OrgDB包，方便对应物种注释

... org.Xl.eg.db 　 　 注：全基因组注释，由EntreZ对应多个数据ID和信息 　 org.Hs.eg.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for Human3org.Mm.eg.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for Mouse5org.Rn.eg.dbBioconductor Package Maintai...

文章 ConsensusClusterPlus 包对基因表达数据进行一致性聚类

...，是一种常见的癌症亚型分类研究方法，可根据不同组学数据集将样本区分成几个亚型，从而发现新的疾病亚型或者对不同亚型进行比较分析。这类文章一般会对基因表达量（芯片数据或者RNA-seq数据）或甲基化等数据进行聚类...

问题 测定植物内生真菌时需要注意什么？测多少数据量合适？

问题 老师，请问一下颠茄的基因组数据哪儿可以找到呢？