找到约 15 条结果

问题 关于图形泛基因组中的Minigraph-Cactus的问题。

...is the default graph. Stretches of sequence >10kb that were not aligned to the underlying SV/minigraph are removed. "Dangling" nodes (ie that don't have an edge on each side) that aren't on the reference path are also removed, so that each chromosome only has two tips in the graph.  请问为什...

文章 Linux的shuf命令对文件的行进行随机排序

...。-n, --head-count=COUNT        只输出前COUNT行。-o, --output=FILE                     将随机排序后的输出写到一个文件中 示例： 生成3个范围为1-100的随机数到文件rand.txt中 shuf -i 1-100 -n 3 -o rand.txt

文章 批量邮件推送python代码模板，可支持html邮件格式

...art('related')msgRoot['From'] = Header("组学大讲堂", 'utf-8')msgRoot['To'] =  Header("组学大讲堂学员", 'utf-8')subject = 'Python SMTP 邮件测试'msgRoot['Subject'] = Header(subject, 'utf-8') msgAlternative = MIMEMultipart('alternative')msgRoot.attach(msgAlternative)  # mail_msg = "...

问题 群体结构clean.vcf.gz转换成phy文件失败

...但是只停留在[pool-1-thread-1] INFO net.maizegenetics.analysis.data.FileLoadPlugin - Start Loading File: /work/my_pop_cucu/00.filter/clean.vcf.gz time: Aug 5, 2025 21:07:19 [pool-1-thread-1] INFO net.maizegenetics.analysis.data.FileLoadPlugin - guessAtUnknowns: type: VCF   就没有任何...

文章 ggplot2点图geom_point中点的shape有多少？

...single character-- which uses that character as the plotting symbol, # a . to draw the smallest rectangle that is visible (i.e., about one pixel) # an NA to draw nothing p + geom_point() p + geom_point(shape = 5) p + geom_point(shape = "k", size = 3) p + geom_point(shape = ".") p + geom_point(shape ...

文章 两分钟做一张让人羡慕的系统进化树图！

...用前记得要安装JAVA。  第一步：选择合适的树形 使用File – open 打开树文件（一般为.nwk文件），在左上方绿色框内有三种不同形式的系统进化树 树形可供选择。大家可以根据自己的分析目的来选择合适的树形。矩形进化树...

文章 blast XML结果解析，获得更多blast比对信息 perl

... $searchio     = new Bio::SearchIO(    -format => "$format",    -file   => "$fi");open OUT,">$out" or die "$!";######################################print OUT "query_name\thit_name\tquery_length\thit_length\tidentity\talign_length\tmismatch\tgaps\tquery_start\tquery_end\thit_start\...

文章 seqkit计算基因组大小

利用seqkit统计基因组大小 seqkit stat test.fa 结果如下： file      format  type  num_seqs      sum_len  min_len      avg_len     max_lentest.fa  FASTA   DNA        149  396,098,845   10,246  2,658,381.5  44,776,151 此外，我们在网易云课堂...

问题 突然出现不能为虚拟机打开一个新任务，没有找到跟我一样的报错问题。详细报错如下

Call to WHvSetupPartition failed: ERROR_SUCCESS (Last=0xc000000d/87) (VERR_NEM_VM_CREATE_FAILED). 返回 代码: E_FAIL (0x80004005) 组件: ConsoleWrap 界面: IConsole {872da645-4a9b-1727-bee2-5585105b9eed}

文章 geo_gene_exp_download.r GEO数据自动下载与整理

...tte name from RColorbrewer [default Accent]  -G gpl, --gpl gpl     GPL file for annotation [default None]  -s Gene Symbol, --symbol Gene Symbol                        Gene Symbol column name [default Gene Symbol]  -x, --no.xaxis        not show x axis sample name [default False...

问题 fst_pi_select_sweep.r软件不可用

...i_select_sweep.r: /biosoft/miniconda/bin/Rscript: bad interpreter: No such file or directory

问题 合并选择区域时出现错误，请教一下，要怎么解决呢？是不是把前面的- 删掉

...>fst_top0.5_selected_region.txt Error: Sorted input specified, but the file - has the following out of order record hic_scaffold_13100014100002.170817908590890.004903580.00525442 -0.0996961085700556FS_D selected region

文章 Mac | Mac M 芯片应用意外退出问题

...执行以下命令 /usr/sbin/softwareupdate --install-rosetta --agree-to-license 安装Rosetta 2成功后，即可成功打开应用 ————————————————

问题 老师，我在做基因家族鉴定，提取结构域序列，出现这样提示，请问怎么解决

Can't locate Bio/SeqIO.pm in @INC (you may need to install the Bio::SeqIO module) (@INC contains: /home/pc/miniconda3/lib/site_perl/5.26.2/x86_64-linux-thread-multi /home/pc/miniconda3/lib/site_perl/5.26.2 /home/pc/miniconda3/lib/5.26.2/x86_64-linux-thread-multi /home/pc/miniconda3/lib/5.26.2 .) at ...

问题 cafe5#基因家族总数#这一步报错

...tandardPaths: error creating runtime directory '/run/user/1037' (Read-only file system)