问题 基因结构注释效果不理想

...录本注释以后，得到的结果evm.out.gff中的基因数量在20000个左右，但是相关文章中已经有30000+的基因注释了，那怎么去提升注释的结果啦。

问题 使用lordec 利用二代数据校正三代数据

有4个时期的二代数据 每个时期三个重复 一共12组数据 利用二代数据对三代数据进行校正，是选取 十二组中的一组还是都要进行校正

文章 python 版本的MCScanX分析物种之间分共线性

...与  基因家族分析  课程中学习！ MCscan可以用于查看多个基因组（或单个基因组内）中共线性区段的关系。今天我们介绍python版的MCscan(JCVI 包)，其中包装了很多的绘图功能。这里介绍具体使用方法（以葡萄和桃子两基因组分析...

问题 基因家族鉴定

老师您好，我所研究的基因家族通过PFAM和HMMER筛选出187个符合条件，但是将其fasta文件提交至SMART在线数据库有多达42个是no match，请问那是把找不到的删除掉吗？还有就是我所选择的基因家族包括两个亚族，两个亚族下面有分为1...

文章 目前已测序植物基因组汇总

有个网站plabipd 收录了目前已经测序的361种植物基因组信息，包括基因组大小，发表年份和对应的文章链接。 如下图所示，最近几年发表的植物基因组越来越多。点击物种名称，即可跳转到物种基因组对应的文献。

问题 基因家族分析 scaffold 基因可以删除吗

基因家族分析后，90个基因中有一个定位在scaffold上，这个基因可以删除吗？不删除的话后续染色体定位和共线性分析作图不好看

问题 老师，您好，我正在泛基因家族分析，想问课程中用到的结构变异的vcf文件all_merge.vcf是泛基因组全基因组范围的变异吗，

...我这边是要foxtail_millet.GRASgene.list  文件呢，其中中有5502个（在02.gene_family中最后一步得到的额cat *.GRASgene.list > foxtail_millet.GRASgene.list），还是Fam_gene.list，其中有996个GRAS成员（03.PAV中得到的基因家族编号对应的基因编号的从属...

问题 run_pipeline.pl -Xmx30G -importGuess all.clean.vcf.gz -ExportPlugin -saveAs supergene.phy -format Phylip_Inter 做iqtree分析的时候，转换文件格式报错

问题 老师，提取出来的结构域是下图那样，这条命令应该怎么改：#选择第一个结构域进行后续分析 sed -i "s/_.*$/_${ind}/g" ${ind}.UGT_domain1_final.fa

问题 重测序

水稻样品，重测序3个样本，深度分别为13×和60×和34×，然后得到了all.clean.vcf里面只有一万多的snp。但是我们老师call到的snp太少了，老师说就是即便是同一个品种测了两次，也不会只有一万多的snp，至少几十上百万。我参数用的...

问题 群体遗传分析数据过滤

请问老师，公司给返回的SNP 结果里SNP 和indel是2个文件，merge.SNP.gz, merge.indel.gz，处理merged.SNP.gz的时候还需要运行过滤indel附近的snp这一步吗？我试了一下merge.SNP.gz过滤前39G， 过滤完了还剩22G了，不知道这个结果对不对

问题 跪求解答，关于基因组文件大小

您好，我在Ensembl下载了海葵基因组序列，怎么这么小，这是不全还是就是小尼，另外基因家族分析时家族成员只有7个可以吗？家族成员数量和文章档次相关吗

问题 Java环境变量配置的问题

老师，您好 我在配置Java环境变量时，cmd后报错'Java' 不是内部或外部命令，也不是可运行的程序或批处理文件。如下图，右边是我配置的环境变量，左边是报错。另外，您看我的Path，点了编辑之后，有以下几个内容。

文章 deepseek绘图之--FPKM小提琴图

...果,首先确认自己的路径和绘图需要的文件,我们只需要一个基因表达量文件即可，格式如下： 文件准备完成后，即可询问AI如何编写代码，写完了的提示词如下,大家可以参考一下格式 ------------------------------------------ 读取1...

文章 从原始测序数据开始分析单细胞数据

...ist --stdin data/12-22-3_L2_1.fq.gz \ #                    --bc-pattern="(?P<discard_1&gt;CTCTTTCCCT)(?P<cell_1&gt;.{10})(?P<discard_2&gt;ACGACGCTCTTCGAGTGATTGCTTGTGACGCCTT)(?P<cell_2&gt;.{8})(?P<umi_1&gt;.{12})T{4}.*" \ #                    --set-cell-number=200...