...主要物种）在各样方中的丰度分布规律。然后再通过多元回归的方式将环境变量被动地添加到非约束轴中，观察各样方所处的环境梯度，并使用环境变量对群落组成及物种分布作出解释。 envfit()的线性拟合 首先将物种多度...
R内置函数 cor() 可以用来计算相关系数：cor(x, method = c("pearson", "kendall", "spearman"))，可计算pearson、kendall、spearman三种相关系数。 cor函数计算的是列与列间的相关系数，得到的举证C(i,j)是第i列与第j列相关系数。 例如如下数据：...
...做好基本功，才能成功。  那么我们...
在阅读文献过程中经常可以看到一些比较复杂的弦图，比如说《A simplified herbal formula for the treatment of heart failure: Efficacy, bioactive ingredients, and mechanisms》这篇论文中的弦图（下图所示），首先该图总体想要传递的信息为不同基因...
R表达式中常用的符号 推荐学习R语言获得更多生物信息分析技能：R语言画图、R语言快速入门与提高 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分...
...换（stats）：对数据进行的某种汇总，如分组计数、线性回归等。可选，但很有用。 标度（scale）：将数据的取值映射到图形空间，如用颜色、大小或形状来表示不同的取值，使读者可以从图形中读取原始数据。展现方式为绘制...
group_list=myLoad$pd$Group myDMP <- champ.DMP(beta = myNorm,pheno=group_list) 这里是怎么确定case组和control组啊，我自己对差异后的探针求和，发现好像反了，也不知道如何调整
...长度根据冲刺的长度而定，占用整个冲刺的5%左右时间是比较合理的，比如两周的冲刺应该控制在4小时以内，一个月的冲刺应该控制在8小时以内。 冲刺规划过程应该由整个团队协作完成，产品负责人从现有的产品列表清单中...
首先模拟一份数据集df<-data.frame(x = c(1:100))df$y<- 2 + 3 * df$x + rnorm(100, sd = 40)head(df)ggplot2基本的散点图并添加拟合曲线library(ggplot2)p<- ggplot(data = df, aes(x = x, y = y)) + geom_smooth(method= "lm", se=FALSE, color="black", formula = y ~ x...
...是一个判断是否显著的阈值。但是在对多组数据同时进行比较的时候，简单地使用0.05作为阈值可能就不那么合适了。换句话说，在同时对多组数据进行处理和比较的时候，很可能其中部分数据因为随机效应而超过阈值，造成假...
1.理解 像素，DPI，打印尺寸之间的关系： 图像分辨率，像素数和打印尺寸在数学上关系： 像素=分辨率（DPI）×打印尺寸（以英寸为单位）; 其中，DPI为每平方英寸像素数目，也就是图像细节程度的度量。理解了上述概念我们...
...。 Docker下载完毕默认存储位置是C盘，很多小伙伴的C盘比较满，因此需要或更改Docker的存储位。 一、查询当前docker的状态，退出Docker Desktop 1.首先，我们以管理员的身份打开power shell或者cmd（管理员身份的权限更高），这里...
...软件就是STRUCTURE。但Structure分析还有其他软件可以选择。比较经典的软件包括：ADMIXTURE、FRAPPE。这两个软件的运行速度都大大超过STRUCTURE。但FRAPPE的不足没有提供方法估算最佳K值。ADMIXTURE使用与STRUCTURE相同的模型，而且运行效...
在人类基因组的广袤海洋中，隐藏着许多生物学上重要的结构，其中之一就是CpG岛。这些富含CpG二核苷酸的DNA序列区域在基因表达调控中扮演着关键角色。然而，要想有效地理解这些岛屿的功能，首先需要能够准确地预测它们的...
...成一个表格如下： distance based表示：特殊转换后的相异系数矩阵，bray curtis距离、Jaccard 距离，Unifrac距离矩阵 Raw dada based表示：输入的为不经转换的欧式距离 这里面牵涉到排序、降维排序、非约束排序和约束排序排序、线...