文章 vscode更新导致低版本系统无法登陆的问题

...下 ▶ ldd --version #来看一眼自己的glibc版本 ldd (GNU libc) 2.37 Copyright (C) 2023 Free Software Foundation, Inc. This is free software; see the source for copying conditions. There is NO warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. Written by Roland M...

文章 多基因间共线性及局部基因水平的共线性

...zome Tcacao $ python -m jcvi.formats.fasta format --sep="|" Tcacao_233_cds.fa.gz cacao.cds $ python -m jcvi.formats.gff bed --type=mRNA --key=Name Tcacao_233_gene.gff3.gz -o cacao.bed 2.共线性搜索 $ python -m jcvi.compara.catalog ortholog peach cacao --cscore=.99$ p...

问题 使用 singularity exec /share/singularity_images/ampliseq-q2_v1.4.sif conda activate picrust2 命令激活picrust2功能的问题

...，你好！在使用 singularity exec /share/singularity_images/ampliseq-q2_v1.4.sif conda activate picrust2 命令激活picrust2功能时，会遇到如下图片所示意界面，按照提示运行singularity exec /share/singularity_images/ampliseq-q2_v1.4.sif conda init <powershell>，重...

文章 linux 重定向

...而 >> 是在原有内容后一行追加。 然后是 1>、 2>、 1>>、 2>>的使用，其作用是在需要将正确输出和错误输出分开保存时用到。例如在执行脚本时。用一个简单的python脚本说明： 脚本如下： # coding: utf-8 if __nam...

问题 我使用的服务器，由于文件很多，在使用FOR循环的时候一直出错，老师可以帮忙看一下是哪里有语法错误吗？

/public/singularity exec /public/reseq.sif  for i in FP180000114BR_L01_142 FP180000114BR_L01_143 FP180000114BR_L01_144 FP180000114BR_L01_146 FP180000114BR_L01_147 FP180000114BR_L01_148; do  echo "RUN CMD: fastp --thread 30 --qualified_quality_phred 10 \     --unqualified_percent_limit 50 \ ...

问题 进行16S分析时，对样品按照分组进行分类汇总出现问题。

...e_$i.biom \         -o taxa_summary_group/taxa_summary_relative.$i -L 2,3,4,5,6,7     summarize_taxa.py -i taxa_summary_group/feature_table_$i.biom \         -o taxa_summary_group/taxa_summary_absolute.$i -a -L 2,3,4,5,6,7 done ##附我的metadata文件 ##metadata文件使用...

文章 libgomp.so.1: version `GOMP_4.5' not found 报错

...= DLLpath, ...): unable to load shared object '/share/work/biosoft/R/R-v4.2.0/lib64/R/library/data.table/libs/data_table.so':  /share/work/biosoft/lib/libgomp.so.1: version `GOMP_4.5' not found (required by /share/work/biosoft/R/R-v4.2.0/lib64/R/library/data.table/libs/data_table.so) 原因是 ...

文章 linux下samtools安装指南

... # --prefix 添加安装路径make make install 由于之前的准备工作都做完了，所以这时候安装samtools就会很顺利了，小编也没有再遇到任何的报错信息。到这里samtools的安装就完成了。希望小编的努力对大家有所帮助！ 最后祝您科研...

问题 老师您好，我在运行OrthoFinder2时，出现下面报错，请老师解答

...st index out of range File "/share/work/biosoft/OrthoFinder/OrthoFinder_v2.5.4/scripts_of/parallel_task_manager.py", line 209, in Worker_RunCommands_And_Move fn(fns) File "/share/work/biosoft/OrthoFinder/OrthoFinder_v2.5.4/scripts_of/trees_msa.py", line 262, in trim_fn trim.main(fn, fn, ...

文章 picrust1 16S 微生物功能预测

...nt_method rdp >>otu_params.txt #echo assign_taxonomy:rdp_max_memory 20000 >>otu_params.txt #echo assign_taxonomy:confidence 0.5 >>otu_params.txt #对数据进行标准化与过滤 pick_closed_reference_otus.py -r $greengene_16S_97_seq \     -t $greengene_16S_97_tax -i $wor...

文章 淡黄的长裙，蓬松的头发？拿什么拯救你，我的项目

...将任务和相关的负责人对应起来，并且明确每一个任务的工作量和完成时间。 ![在这里插入图片描述](https://img-blog.csdnimg.cn/20200330142203955.png?x-oss-process=image/watermark,type_ZmFuZ3poZW5naGVpdGk,shadow_10,text_aHR0cHM6Ly9ibG9nLmNzZG4ubmV0L3FxXzQxMTM3NDk...

问题 想请教一下，conet网络构建的课程，用提供的数据文件分析完全可以，但是用我的数据文件就报错。我尝试了用测序公司提供的xlsx格式，并把数据形式改成和课程提供数据完全一样，再转化成txt制表符文件格式后输入，选择第二个选项（由biom格式转化来的文件），结果报错。把测序公司提供的biom格式文件输入，选择第三个选项（biom HDF5格式，还是报错）。这是什么问题呢？

问题 pip install RSeQC安装时候报错，是不是底层的库不全？怎么解决呢

...g RseQC   Downloading http://mirrors.cloud.aliyuncs.com/pypi/packages/ad/2d/b522357135fbaebcd34e57183045107b87015155542ff4b84e73f95f69a2/RSeQC-2.6.4-py2-none-any.whl (130kB)     100% |████████████████████████████████| 133kB 15.6MB/...

文章 merged.gtf 合并同一转录本的exon位置

...001"; transcript_id "TCONS_00000001"; exon_number "1"; gene_name "MD00G1000200"; oId "CUFF.2.1"; nearest_ref "mRNA:MD00G1000200"; class_code "j"; tss_id "TSS1";Chr00   Cufflinks       exon    38607   38710   .       +       .       gene_id "XLOC_000001"; transcript_id "TCONS_0000000...

文章 Pacbio三代无参全长转录组(Iso-Seq) 的转录本合并策略

...于序列的相似性，进行转录本的合并，转录本的ID都不会变动。 2. 缺点：     2.1    无法区分那些转录本来自同一个基因。     2.2    无法提供转录本序列质量信息 Cogent合并策略 1 优点：     1.1    提供基因和转录本...