...”Queue Submitter”，是Sun Grid Engine (SGE)集群管理软件中的一个命令行工具。它的主要作用是将用户提交的任务加入到队列中，等待计算节点执行。qsub可在Unix/Linux等操作系统下使用，是高性能计算集群中提交任务的标准方式之一。 ...
...样本转录组FPKM数据。 第一步、通过主成分分析选出10000个基因（共50000个），另外，通过STEM趋势分析得到两组显著差异的集合分别包含18000个基因和5000个基因。 第二步、分别对这3组基因集进行GO富集，筛选出层级大于7，P值小...
...得有什么？ 基因分离定律：父母本中决定一个性状的等位基因，在子代中会分离。 第一位当然是实验材料：以抗病的品种(Jazz)和非抗病品种(ACDC)进行杂交，子代F1群体中的抗病特性会存在分离。 ...
...的DEirlncRNA对做多因素cox回归从而得到风险模型计算每一个DEirlncRNA对的AUC值，最大AUC值的DEirlncRNA对为选择模型，绘制一年，三年，五年的ROC曲线，其中在五年的ROC曲线中，确定最大拐点，并将其作为风险分数的分界点，由此划分...
“ 苔藓植物全世界约有22000种。迄今为止，55个苔藓植物目中只有8个进行了基因组测序，为了进一步了解陆生植物基因组进化过程，这篇文章测序、组装并注释了123个高质量且高度完整的苔藓植物基因组，从而对苔藓植物进行...
一、数量统计方法 （A）下面分情况介绍下这 3 个命令的使用方法。 1、统计当前目录下文件的个数（不包括目录） ls -l | grep "^-" | wc -l 结果为4，只包括：data.cfg、 id.txt、 qstat.xls、 w.sh，这4个 2、统计当前目...
...929 468.8953 66.7984 108.79391 8.12127 1，计算矩阵内，每个对象（需计算的对象）--基因（或者其他）两两之间的相关性：相当于列两两之间计算 cor：pearson，构成一个12X12的对称2关系矩阵，行列皆为ABC.....，譬如A行，反应了基...
...、 MXMT1和 DXMT2 的序列 与其祖先种中果咖啡中转录组本有更好的一致性，这表明这些基因转录可能来自于中果祖先种所提供的那部分遗传物质；相反XMT2 、 MXMT2 和DXMT1 所表现出的一致性要差一些，所以这几个基因的转录组可能来...
...其适用。 简单的说，随机森林就是用随机的方式建立一个森林，森林里面有很多的决策树，并且每棵树之间是没有关联的。得到一个森林后，当有一个新的样本输入，森林中的每一棵决策树会分别进行一下判断，进行类别归类...
有两个文件,想让第一个文件的第一列，如果与第二个文件相同的话，则输出第一个文件的整行，例如 第一个 1.txta b 1b d 2c r 6d w 3e t 9第二个文件2.txtac输出的结果a b 1c r 6 类似于从gff文件中提取目标基因的注释
...面至关重要。割手密(Saccharum spontaneum) 基因组中鉴定出92个IAA家族成员，分布在32条（4n）染色体上，并基于系统发育和motif分为三个组，进行基因家族扩张分析。通过顺式作用元件预测了参与植物激素调节和应激反应的启动子，...
...迫应答相关；HKT基因家族，是一类非常小的家族，通常一个物种中HTK家族成员为个位数，非常的少，如果只分析一个物种中HKT家族基因的话，很多图标由于基因数量太少无法绘制，或者绘制之后很难看，这时候，我们可以在多个...
...实际关联不强，D'也可能接近1。而r²对样本量敏感，但能更好地反映位点间的预测能力，比如在关联分析中，r²高说明一个位点能较好地代表另一个位点。在实际的数据分析中，D'可能更适合用于确定历史重组事件，因为它能反...
...串联重复。 简单重复顾名思义就是以很短的序列为一个单元，比如5个碱基（ACGTA），连续进行重复多次的重复。根据重复单元的长短，可将其细分为如下几类。 < 6 bp 微卫星DNA10-60 bp 小卫星DNA100-300 bp 卫星DNA 等。。。今天介...
老师您好，我的基因组是1.37G的，目前我的298个重测序样本的数据平均覆盖度是7.76，平均比对率是96.21%，目前还有一些样本是平均覆盖度（18样本低于5X）和比对率（13低于85%、其中1个为68%）较低（见下图），想请教老师平均覆...