老师好，请问我在群体遗传分析构建进化树这一步运行转换为phy格式的文件，“run_pipeline.pl -Xmx180G -importGuess $workdir/00.filter/clean.vcf.gz -ExportPlugin -saveAs supergene.phy -format Phylip_Inter” 得到了如下结果，一直提示不能有染色体名...
我手里的数据只有这种。
... 2. 二级结构预测 如下图，第一行为序列位置，氨基酸基于性质着色：极性的氨基酸 A,S,T,G,P 为黄色，疏水性的氨基酸 M,I,L,V 为绿色，荷电性的氨基酸 K,R,E,N,D,H,Q 为红色，芳香性的氨基酸 W,Y,F,C 为紫色；置信度评估行：红色表...
ProteoWizard 是一套用于蛋白质组学数据分析和转换的开源软件工具，它支持多种质谱数据格式转换、可以用于谱图查看、质谱仪器参数查看、还可以用于蛋白序列模拟酶切…… ProteoWizard官网：https://proteowizard.sourceforge.io/ 一、软...
...如果超过10，默认为10。 2. 数据文件准备 01. 通过数据分析获得混池的snp位点信息all_sample_snp.vcf。 对all_sample_snp.vcf中的snp位点进行过滤，过滤掉亲本杂合以及亲本相同的位点。 02. 格式转换 /share/work/biosoft/GATK/latest/gatk Variants...
...这些文件里没有基因-基因的对应关系，我看到课程里有代码做基因-模块相关性分析热图（如下图），我这里有这个图相关的数据（包含所有样本基因与模块特征值的相关系数与P值），不知道可不可以用这个数据切入到原本的WGC...
...强大的、可定制的、易于维护的生物分析工作站。Bio-Linux基于Ubuntu提供500多个生物分析程序，由一个图形化的菜单进行管理，能方便地访问到其生物分析文档系统及对测试程序有用的样本数据。用于处理新型序列数据类型的Bio-Li...
...engene的数据库，注意,只有sliva的数据可同时用于16s及18s。基于greengene构建的数据库只能用于16s数据分析 而my_classifier中的文件则是特异引物构建的物种分类数据库，我们从官网下载数据并自己构建的数据库，原始数据已删除，如...
...数据产品经理的最终目标是让数据自我表达，为业务提供基于各类日志的，从报表到智能预测工具套件。 一方面产品要不断的从各个业务汲取和整合各类数据；另一方面要将数据通过各种工具稳定、快速的表达出来，让业务...
tidyr主要提供了一个类似Excel中数据透视表(pivot table)的功能 tidyr包主要涉及： 1)长宽数据转换 gather-把宽度较大的数据转换成一个更长的形式，它类比于从reshape2包中融合函数的功能 spread-把长的数据转换成一个更...
...集enricher（gene_list,TERM2GENE=ko2name ,TERM2NAME=ko2gene ) 具体代码与操作见视频课程：https://bdtcd.xetslk.com/s/29EigM
...行差异表达分析 2.2 ceRNA 网络构建： 方便基于lncRNA, 编码蛋白的基因以及miRNA 构建ceRNA 网络 2.3 生存分析： 针对差异表达显著的分子，可以进行生存分析 2.4 基因功能富集分析： 针对差异表...
...uby，相对而言前者更加稳定。那时，社区已经构建出来了基于 Vagrant 虚拟机的编排方案，并采用构建虚拟机镜像的方式（Packer）构建生产环境的设施并部署应用，使得开发到生产环境上的差异最小化。 不过，Docker 对 Vagrant ...
...化。互联网的高速发展的时代，管理软件形成一套完整的基于互联网的项目管理便利性和灵活性，打开浏览器即可开展工作。业务流程自动化。将企业的各个环节进行抽象统一，业务流程重构，实现数据自动流转。使用门槛降低...