问题 NCBI中下载SRA数据不成功

...学大讲堂里面的几篇贴子，用了2种方法都没有成功下载数据 第一种，按照操作方法获得了SRR List文件： 按照规律生成ftp下载地址： 粘到迅雷中发现都是空的。   第二种方法是获得了SraRunInfo.csv文件，如下： 在biolinux中...

问题 如何用荧光定量数据绘制热图？

... used for the statistical analyses. 作者是用的2-ΔΔCT的方法做的数据分析，可是结果怎么会是负数呢？ 在问答社区内看到莫非他是用的-ΔΔCT？恳请老师们解答，谢谢了

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-非小細胞肺癌（NSCLC）(GSE127465)

数据介绍： 来自谷歌翻译： 肿瘤浸润性髓系细胞 (TIM) 包括单核细胞、巨噬细胞、树突状细胞和中性粒细胞，已成为癌症生长的关键调节因子。这些细胞可以分化成一系列状态，这些状态可能会促进或限制肿瘤生长，但目前...

文章 投稿时-SCI期刊文章中图片大小如何设置

...的尺寸是不是30mm：354/300*2.54*10=29.97mm，  最后相乘的两个数据是把英寸换算成毫米，正好是30mm。所以知道了上述关系我们就可以利用Photoshop来编辑我们的图片了； 下图为图示大小： 3.Photoshop调整图片： 例如我这里有一张图...

问题 老师，使用非ensemble数据库的蛋白质序列和基因组染色体fasta文件脚本要怎么进行修改呢？

最近在做油菜相关基因家族的相关工作，ensemble数据库里的pep和toplevel文件下载之后解压总是提示unexpected end of file, 就从其他数据库下载了pep和toplevel的文件， 在除重复的hmmer搜索的转录本ID，多个转录本ID保留一个作为基因的...

问题 数据库里面没有对应格式

老师：       我想下载18年新出的基因组，里面只有gbff、bbs、fsa_nt,文件，文件内容和老师说的fna,faa,gff格式不一样，怎么解决呢，怎么弄成像fna,faa,gff里面的信息内容呢

问题 我想问一下怎么利用别人发表的转录组文章里面的数据分析自己基因的表达情况，比如别人发了盐度胁迫的转录组文章，我想看一下我的基因在盐度胁迫下的表达，该怎么用他的数据分析

问题 下载COAD数据提示列不一致保存不成功

> # 下载数据, 数据比较大，耐心等待 > GDCdownload(query = query, +             directory = DataDirectory,files.per.chunk=6, method='client') Downloading data for project TCGA-COAD Of the 521 files for download 521 already exist. All samples have been already downloaded ...

问题 TCGA下载数据保存

下载FPKM的时候，保存结果时出现Error in read_connection_(con) : Evaluation error: error reading from the connection. In addition: Warning message: In (function (con, what, n = 1L, size = NA_integer_, signed = TRUE,  :   invalid or incomplete compressed data

文章 R语言基础入门—数据结构（2）

R语言数据结构包括向量，矩阵和数据框，数组， 列表，因子等，主要是线性代数中的一些概念。 前面我们已经讲了向量、矩阵和数组，今天小编继续介绍剩余的数据结构。 数据框 统计分析中最常见的原始数据形式是类似...

文章 组学大讲堂视频教程推广指南-20%佣金等你来拿

...因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...

文章 TCGA数据库中应该下载哪种表达量数据HTSeq-Counts，HTSeq-FPKM，HTSeq-FPKM-UQ

...到Gene A上的reads数量：1000     3. 比对所有基因上的reads数据量：1,000,000     4. 样品1中覆盖75%基因的reads数：2000  那么，FPKM和FPKM-UQ的计算结果如下：     FPKM  = (1,000)*(10^9)/[(3,000)*(1,000,000)] = 333.33     FPKM-UQ  = (1,000)*(10^9)/[(...

文章 biolinux虚拟机安装指南

...因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...

问题 测定植物内生真菌时需要注意什么？测多少数据量合适？

问题 老师，请问一下颠茄的基因组数据哪儿可以找到呢？