问题 请问mcscanx做基因组间分析时，有以下报错是什么原因呢？是因为Python环境不到位

问题 群体结构分析课程中文件格式转换这一步按着课程代码输入怎么也不成功，这是为什么呀

问题 使用Bwa mem命令时，使用-M和不适用时候，对后续数据分析有影响？是否需要加-M？

问题 请教老师，用自己的hmm文件，进行了domain的二次搜索，结果如下图所示。结果显示仍然会有很多只是匹配了一部分序列片段。我用这些部分比对上的结果截取序列后，再三大数据库对比发现也存在我想要的domain. 现在的问题是，如果要这些部分的结果截取序列，做进化树就会差异太大。如果不要部分比对上的，又怕少了家族序列。这样的情况如何处理，有没有相关的标准？谢谢

文章 生物汪看《疯狂的外星人》，心真累！

...基因球”本身并不符合外星人神级科技文明的身份，据我分析电影中的这颗“基因球”仅仅兼具了样本的采集和存储能力，获取人类基因组信息似乎还需要外星人回收“基因球”后再测序分析才行。仔细想想，这与我们常用的“...

问题 在用WGCNA进行模块与性状数据分析的时候，做出如下热图，模块与性状之间的关联特别小，不知道这是因为数据本身引起的还是分析过程中设置的数据不合理？谢谢~

abline(h = 1000000, col = "red") minModuleSize = 80 MEDissThres = 0.35

文章 影响GWAS关联分析好坏的因素

GWAS关联分析课程推荐：https://bdtcd.xetslk.com/s/2KgXQq 1996年，人类基因组还没有完成，二代高通量测序也还没有横空出世，测序还是一门昂贵的技术，但是已经有大牛在《SCIENCE》上预测，GWAS可以用于研究人类复杂疾病[1]。再后来...

问题 请问泛基因家族分析实操课程中老师用到的泛基因列表为什么和课程泛基因集构建得到的列表不一样呢？

老师课中 用到的泛基因列表为上面这张，我根据课程泛基因集构建做出的表为下面这个，为什么格式也不一样呢？另外，课程中用到的结构变异分析结果以及基因表达量数据表格，老师说提前下载的，请问哪里可以下载呢？

问题 gwas分析tassel软件GUI界面PCA文件，表型，和hapmap文件合不起来

GUI界面这三个文件进PCA文件，表型，和hapmap文件进行intersect JOIN的时候毫无反应。用代码跑就说Eorror：expecting argument beginning with dash: importGuess，但我看-fork2 importGUESS是表性文件。

文章 基因组版本 Primary 和 Alternate的区别

Primary assembly: a complete assembly with long stretches of phased blocks. The concept has been used by GRC. BAC-to-BAC assemblies can all be regarded as primary assemblies. Falcon-unzip is perhaps the first to produce such assemblies for whole-genome shotgun data.Alternate assembly: an incomplete...

文章 植物单细胞转录组文章

...细胞分辨率转录组数据，并建立了一个用于数据可视化的在线门户网站，为相关研究提供了宝贵的资源。 Sun, T., Bonthala, V.S., Stich, B., Luginbuehl, L.H. and Hibberd, J.M. (2026), Conserved spatial patterning of gene expression in independent lineages of C4 pla...

文章 文本去重并统计重复次数

...一下：1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结...

问题 基因家族共线性分析的时候，水稻基因组按照脚本来还是查找不到想到了的 ，提取不出想要的序列

问题 GWAS课程中LD分析使用示例数据一直做不出来，检查很久都没有解决问题，麻烦老师进行解答。

问题 你好，想问一下在用wgcna分析时，导入后显示不允许有重复的row.names，请问这个问题怎么解决

> datTraits = allTraits[match(rownames(datExpr0),allTraits$tea),] > rownames(datTraits) =  datTraits[,1] Error in `.rowNamesDF<-`(x, value = value) : 不允许有重复的'row.names' 此外: Warning message: non-unique values when setting 'row.names':