在做qPCR时,想比较根、茎、叶中某一基因相对于其根、茎、叶中内参基因的相对表达量。这样的情况应该怎样计算呀?谢谢!
...群体的变异进行过滤的时候,为什么min and max-alleles都是2,在群体中,一个位点的变异很可能大于2呀,这样的设置不会导致过滤掉丰富变异的位点吗?vcftools --gzvcf all.varFilter.vcf.gz --recode --recode-INFO-all --stdout --maf 0.05 --max-missing 0...
...f3 -T -o Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gtf和perl ../script/get_gene_exon_from_gff.pl -in1 WRKY_domain_new_out_removed_redundant.txt -in2 ../Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3 -out gene_exon_info.gff,那么第一个叫脚本代表什么意思,生成的.gtf是什么作用,第二个脚本运...
老师 您好 我在Bio-Linux中解压谷子基因组文件和gff3文件时遇到了以下问题,都显示 unexpected end of file
HISAT2比对时报错|sam文件为空白,summary文件为(ERR): hisat2-align died with signal 9 (KILL),后续检查了内存什么的下图请问为何执行不了,是运行空间不够还是什么?
1、安装 下载链接:https://github.com/rajewsky-lab/mirdeep2/archive/v0.1.3.zip 参考说明:https://github.com/rajewsky-lab/mirdeep2 2、分析流程 第一步:建立索引(Myzus_persicae_O_v2.0.scaffolds.fa为参考基因组序列) bowtie-build Myzus_persicae_O_v2.0.scaffo...
...报错Error: .bim file has a split chromosome. Use --make-bed by itself to remedy this. 添加--make-bed后依旧没有解决 命令: plink --vcf SV.vcf --maf 0.01 --geno 0.5 --recode 12 transpose --out SV_filter --set-missing-var-ids @:# --allow-extra-chr --keep-allele-order --make-bed
老师,这个网站打不开,是需要翻墙么? 还是网站歇菜呢? 在染色体位置和转录本结构分析时有没有其他可以代替的网站或者软件。
就在11月12日,一条突发消息引起很多人担心, 北京市朝阳医院确诊了2例鼠疫患者,朝阳区人民政府网站进行了通报。 目前的最新消息是:鼠疫患者一名病情危重,一名病情稳定。 谈起鼠疫,之所以让人害怕, 是因为在我...
我发现 DEG_list_kegg是1487行,而map_ids是1468行。 这个是得出DEG_list_kegg的代码, degs一开始是1487行,去除没有entrezid的行后,为1468行 degs<-degs[!is.na(degs$entrezid),] #去除没有entrezid的行 #将字符转换成数字,注意一个基因有...
...esearch杂志在线发表了一篇题为“The haplotype-resolved telomere-to-telomere carnation (Dianthus caryophyllus) genome reveals the correlation between genome architecture and gene expression”的基因组组装+基因表达水平相关性分析的文章 研究背景 康乃馨(Dianthus ...
...进化树fasttree -nt -gtr supergene.phy > fasttree.nwk#方法2:iqtree 构建进化树 设置boots值,最大似然法iqtree2 -s supergene.phy -st DNA -T 2 -mem 8G \ -m GTR -redo \ -B 1000 -bnni \ --prefix iqtree #方法3:raxml 构建进化树 最大似...
...持转录组数据和miRNA数据的下载和数据合并 1.2 支持临床数据的下载,但是数据的合并,该软件还存在bug 2. 数据分析 2.1 差异表达分析, 支持DeSeq2, edgeR, lima 等删除算法进行差异表达分析 ...
下图是KaKs Calculate的运算结果。Ks中有一个大于1的数。 这是Ks的定义式,根据这个公式,怎么会得出大于1的数呢?同义突变率大于100%,是这个意思吗?还是我理解错了?
我得到的PTR2_remove_redundant_IDlist.txt如下我的gff文件如下 执行命令所用的PTR2_domain_new_out_selected文件 执行命令所用的mRNA2geneID文件